首先是科学的治史态度，主要在于倡导怀疑与理性批判精神。他认为，“学原于思，思起于疑”，疑难是思想的第一步〔26〕。在古史研究中，尤须具备一种“疑古的态度”，比如中国古书中有关盘古以来的上古史记载，看似有根有据，实则很成问题，故“宁可疑而错，不可信而错”，“我们疑古的目的，是在得其‘真’，就是疑错了，亦没有什么要紧〔27〕。”这些说法，虽有些偏激，但他反对盲从，把勇于怀疑作为从事科学研究的基本出发点，要求以新的观念重新评估传统学术思想和一切旧说成见，则是合理的。
    其次是研治历史的方法。具体来说，包括二个方面：（1）关于科学方法的程序规定。依据杜威的“思维五步术”，胡适把科学研究的程序概括为三步，即发现疑难，提出“假设”和验证。后来又将其简化为“尊重事实，尊重证据”和“大胆假设，小心求证”几个字。他认为，从思维方式看，“假设”一般多由直觉产生，这“在临时思想的时候是不可强求的，是自然涌上来，如潮水一样，压抑不住的；他若不来时，随你怎样搔头抓耳，挖尽心血，都不中用〔28〕。”当然，这种“直觉”亦非凭空而生，乃是“根据于经验的暗示，从活经验里涌出来的〔29〕。”至于假设是否正确，还须看求证的结果如何。在这方面，胡适主要谈了小心寻求证据的方法，强调对于任何证据的来源及其可靠性必须严加盘查，凡不相关或间接传闻之事，以及个人意见均不得作为证据。在求证过程中，不但要注意归纳与演铎的结合运用，还要有一种自觉的批评和自我批评意识，以提高研究结果的可靠度。（2）关于注重“历史演进”的考察法。这一方法，本自西方近代的进化论。按照胡适的说法，“进化观念在哲学上应用的结果，便发生了一种‘历史的态度’，”即注重事物发生、发展、演变过程的考察〔30〕，学术研究的对象如文学、古史传说、文物制度、道德观念等，无不处于不断的变化之中，故在研究中，应以“历史的线索做我们的天然系统〔31〕，”来求得一事一物的演变顺序（明变）和因果（求因）。
    应当承认，胡适所设定的由疑难、假设到求证的程序方法，确反映了科学研究中的某些思维过程和特点，因而具有一定的科学性，这也是其史学研究能时有创新并取得相当成就的重要原因。如他的禅宗史研究，便是从对一些传统说法特别是禅宗六世祖慧能传奇性事迹的怀疑开始，通过分析唐代遗留下来的几篇有关文献，认为很可能中唐时期的神会和尚（慧能的弟子）才是禅宗史上使南宗取代北宗居于支配地位的关键人物。然后极力发掘《大藏经》、《续藏经》和敦煌文献中的资料加以证明，并整理编辑了《神会和尚遗集》和《荷泽大师神会传》，为整个禅宗史的研究提供了崭新的思路。其余如《红楼梦考证》、《醒世姻缘传考证》等，用的也是这一方法。
    在运用“历史演进的方法”治史方面，其成就尤为显著。如主张在研究中国古史记载时，把每一件事的种种传说，依先后出现的次序排列起来，通过前后比较，究明其在各个时代的衍变过程，进而解释每一次演变的原因。他认为，有关中国古史的记载，从三皇五帝到禹汤文武周公的故事，多经历了“由简单变为复杂，由野陋变为雅驯，由地方的（局部的）变为全国的。”甚至由神话寓言变为“历史”的过程，故“没有一件不可用这个历史演进的方法去研究〔32〕。”依据这一方法，他还对古典小说进行了一系列富有新意的考证。如《水浒传考证》，从抄辑《宋史》中关于宋江等三十六人的记载开始，依次考察了《宣和遗事》、元代杂剧直到《水浒传》中梁山泊好汉故事的情节演变，并指出了南宋至明各时代条件与这种演变的关系。循此门径，其对《西游记》、《三国演义》和《三侠五义》的考证，也都有不同程度的创获。
    奉“史学本是史料学”为治史格言的傅斯年，更为强调史料搜集与整理考订对历史研究的特殊意义，他认为，“只要把材料整理好，则事实自然显明了。一分材料出一分货，十分材料出十分货，没有材料便不出货。两件事实之间，隔着一大段，把他们联络起来的一切涉想，自然有些也是多多少少可以容许的，但推论是危险的事；以假设可能为当然，是不诚信的事。所以我们存而不补，这是我们对于材料的态度；我们证而不疏，这是我们处置材料的手段。材料之内，使他发见无遗，材料之外，我们一点也不越过去说〔33〕。”据此，其对史学方法的论述主要从以下二个方面作了展开。
    （一）关于史料的搜集。在历史研究中，傅斯年最为注重原手史料及各种新材料的发掘运用，以为“凡能直接研究材料，便进步。凡间接的研究前人所研究或前人所创造之系统，而不繁丰细富的参照所包含的事实，便退步。”“凡一种学问能扩充他研究的材料便进步，不能的便退步。”因此，要推进史学的现代化，就必须改变旧史学中“书院学究”的研究方法，吸取自然科学重视经验和实地考察之法，到“地方上求材料，刻文上抄材料，档案中出材料，传说中辨材料，”通过实地调查神祗崇拜、歌谣、民俗和考古发掘，尽量扩充材料范围，进而“利用各地各时的直接材料，大如地方志书，小如私人的日记，远如石器时代的发掘，近如某个洋行的贸易册，去把史事无论巨者或细者、单者或综合者条理出来，是科学的本事。”并在为中央研究院历史语言研究所制定的工作计画中，提出了具体的实践步骤，确定新材料的采集，第一步可沿京汉路，经安阳至易州，一路考察发掘安阳殷墟、燕赵故都、卫邶故城等地古物。第二步在洛阳一带展开工作，“将来一步一步的西去，到中央亚细亚各地，就脱了纯中国材料的范围了。”而广东及其周围邻省，因“最富于语言学和人类学的材料”，应尽快组织力量对当地的许多方言、人类学和民俗学资料进行采集，作比较的调查，并连带注意南洋一带丰富的地质生物和人类学材料。只有这样，才配叫做“科学的研究〔34〕。”
    （二）关于史料的整理。从傅斯年的有关论著看，其在这方面的讨论大致集中于二点：一是充分运用现代“一切自然科学的工具”，以为“凡一种学问能扩充他作研究时应用的工具的，则进步；不能的，则退步〔35〕。”这里所谓的“工具”，指地质、地理、考古、生物、气象、天文等各种科学的知识及研究方法。其所主持的史语所在安阳殷墟发掘中对人类学、地质学和天文历法等的综合运用，在语言学研究中采用实验科学方法，更在这方面提供了成功的实例。二是比较的方法。他说：“假如有人问我们整理史料的方法，我们要回答说：第一是比较不同的史料，第二是比较不同的史料，第三还是比较不同的史料。”“史料学便是比较方法的应用〔36〕。”因为史料反映的史实有正有误，有缺有全，有不同的侧重面或特点，只有通过不同来源和不同类型史料的对勘互补，才能逐步接近史实的真相。为此，其《史学方法导论》中对此作了较详讨论，并归纳出八种史料对勘法：（1）直接史料对间接史料；（2）官书与民间私记；（3）本国记录与外国记录；（4）近人记述对远人记述；（5）不经意的遗留与有意的保存；（6）本事对旁涉；（7）直说对隐喻；（8）口说对著文。同时指出，各类史料互有长短，如官书所记，多本自档案，于年月、职官、地理，“每较私记为确”，然时有为统治者隐讳之处；私记则少忌讳，往往能言官书所不能言，缺点在“时而失之诬”。他对明成祖朱棣身世的考证，便兼采官、私史籍及敌国文书加以比较，否定了成祖为明太祖皇后马氏所生或元顺帝“遗嗣”的流言，得出了当出自“碽妃”的比较可信结论，进而提出：“凡官书失之讳，私记失之诬。明国史略成祖之生母，讳也。明野史谓成祖为元孳，诬也。”“后之学者，驰骋于官私记载之史，即求断于讳诬二者之间。史料不可一概而论，然而此义是一大端矣〔37〕。”而外国人记中国事，虽不如本国所记详尽亲切，甚至以讹传讹，然因无所顾忌，有时反较客观，研究古代边裔民族及中外关系，尤须借重于它。至于新发现的直接史料，特别是考古资料与自古相传的间接史料，更应在比较的基础上，取长补短，不可偏废。
    比较胡、傅两家的史学方法，至少可得出以下几点结论：第一，傅斯年所谓“自然科学工具”的直接涵义虽较胡适的“科学方法”似乎更广些，兼顾到自然科学的研究方法和知识两方面，但两者的核心都在于强调以近代西方自然科学研究中发展起来的经验方法充实历史学的研究手段，都属实证论和科学主义的思想方法范畴。第二，两者的方法论基本上都是围绕着史料的搜集、整理和考订而展开的，这一点，尤以傅斯年为甚。第三，就方法论的构建思路和实践而言，两者的差异主要在于，胡适较着眼于科学研究的程序与分析问题的角度选择，体现出一种哲学逻辑思维的细致严密风格：傅斯年则更侧重于史料观念的更新和史料采集、整理方法的拓展，如一再强调吸取考古学、人类学、民俗学、地理学等野外勘察和实地调查法，运用天文、地质、生物、语言诸学科知识考史等，虽细密不足，然自具一种粗放雄阔的开拓气象，更敏感的迎合了二十世纪多学科交叉发展的学术新潮流。在这一点上，胡、傅两家有关史学方法的论述实际上又起着相互补充的作用。