郑天挺教授在继续开展其他方面的课程教学（如讲授过《隋唐史》、《史料学》等课程）和科学研究（如发表有《历史科学是从争鸣发展起来的》、《关于曹操》等文）的同时，大力开展了明清史学科的课程教学和研究。这是他在南开大学发展明清史学科的又一重要举措。在这一阶段，他开设的有关课程包括《明清史》、《明史专题》、《清史专题》等，听课的既有本科生，也有研究生，自1956年起至文革内乱爆发，他先后收有陈生玺、陈世昭、曾至喜、冯尔康、赵涤贤、彭云鹤、倪明近、夏家骏等近十名研究生；他发表的有关论文，主要是《清入关前满洲族的社会性质》、《清代的八旗兵和绿营兵》、《马礼逊父子》，以及《关于徐一夔〈织工对〉》等，它们都是论述深刻、在史学界引起广泛注意的力作。郑天挺教授的这一举措，不仅提高了南开大学明清史学科的学术水平，而且扩大了这一学科的学术队伍，培养了大量新生力量，为其长期持续发展准备了条件。
    3.积极参与全国性史学建设活动
    郑天挺教授来南开大学以前已是史学界大师级的专家，对全国史学界的发展多有影响和建树，来到南开大学之后，全国性的史学建设活动，仍旧需要他的积极参与。郑天挺教授怀着强烈的社会责任感，满足了这一需要，在到南开大学的前15年中，在努力建设和发展南开大学历史学科的同时，继续热情地参加了多项全国性的史学建设活动。他积极参加历史学界热点问题的讨论，诸如中国资本主义萌芽、中国封建社会土地制度、中国古代史分期、中国古代农民战争和中国历史上的清官等问题，他都写有文章，或发表过谈话，其精辟的见解为推动这些问题的深入研究、提高中国史学界的学术水平，作出了不可忽视的贡献。他在南开大学先后接受了鄂世镛（辽宁大学）、黎邦正（西南师范大学）、孟昭信（吉林大学）、魏谦志（河南师大）等多位外校教师前来进修明清史，指导其学业，为兄弟院校提高明清史师资水平尽心尽力。更应一提的，是他多次参加了国家教育部组织的关于历史教学的研究或教材编写活动，从而对全国历史教学水平的提高，发挥了重大的影响。他参加的这类全国会议计有1953年9月的综合大学会议、1954年7月的文史教学研究座谈会、1956年6月的教材会议等。1955年， 与武汉大学唐长孺共同编写了部定高校历史系《中国通史教学大纲》。1961年以后，参与了教育部组织的文科教材工作，担任历史组副组长，与组长北京大学剪伯赞教授一起主编了卷帙颇多的《中国通史参考资料》，单独主编了《史学名著选读》（共出版五本）。这时由于工作需要，郑天挺教授必须经常住在北京，对南开大学历史系的行政工作无法兼顾，因而于1964年辞去了系主任之职。但他每隔一二个星期，即回南开一次，指导明清史研究室的研究工作，为研究生和进修生讲课。1963年上级还任命他为南开大学副校长。在北京期间，除主持教材的编纂工作外，他还经常应邀为北京大学等高校以及中央党校等机构讲课或作报告，传播历史知识和治学方法。一直到1966年文革内乱爆发，他才回到学校。郑天挺教授在1966年以前对全国性史学建设活动的积极参加，在促进全国史学研究与教学发展的同时，也为南开大学增添了骄傲和光彩。
    1966年爆发的文革内乱，打断了中国高等学校的正常发展，南开大学的历史学科遭受到严重的摧残，明清史研究室被解散，郑天挺教授本人更被当作“资产阶级反动学术权威”，由北京召回学校，遭到残酷的批判，打入牛棚，管制劳动，参加正常社会工作和学术活动的权利被取消。四人帮垮台后，郑天挺教授于1978年被落实知识分子政策，获得平反。1979年重新出任副校长之职。自此，他不计个人的十年冤屈，趁着知识分子春天到来的大好时机，重新精神抖擞地投入到推动历史学科发展的繁忙的社会工作和学术活动之中。由1976年至其1981年逝世，共计5年，这一阶段虽然时间不长，而且郑天挺教授已属高龄， 但其推动历史学科发展的社会工作和学术活动的内容却是非常丰富的，概括起来，其贡献主要有如下3项。
    1.重建明清史研究室和明清史学科
    1978年，在上级的支持下，郑天挺教授召集分散在历史系及校内有关部门的原明清史研究室成员郑克晟、林树惠、王文郁、汤纲等，重新恢复了明清史研究室的建置，并出任研究室主任之职。鉴于其已年近八十，经各方面协商，笔者被作为新成员调入该室，担任副主任，帮助组织日常工作。后来，又有李小林、陈生玺、邱成希等相继调入，至郑天挺教授去世前，全室成员最多时达16位之多。自1978年起，郑天挺教授还开始招收硕士研究生，到1981年止，连续招收3届，计有白新良、 林延清、汪茂和、王处辉、何本方等5人。 为了培养这些研究生和室内的中青年教师，郑天挺教授不顾年高体弱，亲自登上讲台或在家中讲课，每周一次或两次，每次二至三小时，所开课程有《清史概论》、《清代制度》及《明清史研究》等。此外，又鼓励林树惠先生招收近代史方向的研究生，扩大了研究室的教学范围。在科学研究方面，郑天挺教授自己写出了《清入关前满族的社会性质续探》、《清代的幕府》等多篇论文；应中华书局之约，将历年所写论文，精选43篇，汇为一集，题名《探微集》，于1980年出版；组织研究室人员整理蒋氏《东华录》等有关古籍；制定和实施了全室集体编写教育部推荐全国文科选用教材《清史》的研究计划，并根据室内人员的具体条件，组织和引导每个人就明史或清史的某一具体领域，撰写论文和专著。为了督促和交流科研成果，室内实行了双周学术讨论会制度，届时轮流由一人就其研究心得，进行专题发言，而后与会者质疑补充，展开讨论。每次讨论，郑天挺教授都认真发言，这成了他传授学问的重要场合之一。上述举措，使南开大学的明清史学科一扫文革内乱爆发以来的停顿萎靡局面，再度振作兴盛起来。
    2.重返全国性的史学活动舞台
    1979年下半年，郑天挺教授受教育部的委托，在南开大学明清史研究室主办了全国高校明清史教师进修班。入班学习者有来自吉林大学（梁希哲）、武汉大学（张薇）、山东大学（周祚绍）、兰州大学（唐景绅）、四川大学（李映发）、内蒙古大学（包文汉）、暨南大学（杨国儒）、河北师大（白淑惠）、湖南师大（陈权清）、华中师院（张洪）、西北师院（徐立志）和广东高等教育出版社（詹家豪）等11个院校、单位的11位中青年明清史教师和明清史研究者。在开班半年中，郑天挺教授亲自并组织研究室研究人员，每周上课两三个单元。为了便于其学习，还特地主编了教材《明清史资料》上下两册。除了讲课外，又组织到西陵等地参观，以期增加感性认识，提高教学效果。