不难看出，傅斯年基于对“纯粹客观史学”的追求和向往，极力排斥主观，消灭自然，以为只要“利用自然科学供给我们的一切工具，整理一切可逢着的史料”，就能“助成从事纯粹客观史学及语言学之企业”。但是，任何科学研究，都是在研究主体和研究客体交互作用下进行的；任何研究成果，都是研究主体和研究客体统一的结果。主体和客体完全隔离，就不会有任何科学成果。历史研究当然也不例外。即使在史料的搜集和整理过程中也难以做到“存而不补”、“证而不疏”和绝对客观。傅斯年在自己的著述中，就没有摆脱自己的主观意志。如在其《性命古训辩证》一书的中下卷中，就有大段大段的疏解和议论。由此看来，要绝对防止主观成分进入史学，即使把历史学局限于史料学范围之内也做不到，唯一的办法就是取消历史学。傅斯年自己后来也看到这一点，因此常常陷入苦恼和困惑之中：如果坚持纯粹客观的史学，他发现主观性总象幽灵般的在史学研究中闪现，无法根除；如果放弃客观性的追求，那他心目中的“科学史学”将化为泡影，难以实现。他在1943年12月为《史料与史学》撰写的发刊词中就表现出这一困惑。他说：“史学可为绝对客观乎？此问题今姑不置答，然史料中可得之客观知识多矣。有所不足，不敢不勉。”〔23〕直到晚年，他才有比较清楚的解释，他说：“这个主观客观之争，不是一句话可能解决的。而主观客观之说，也不是绝对的是，绝对的非”，“我想客观之一事，在社会科学和自然科学一样，是个理想的境界。”〔24〕
    应当承认，傅斯年对“科学”史学的认定和对“客观”的追求，对于中国现代史学的科学化是有一定积极意义的。首先，以自然科学为楷模建立历史科学，使得历史学和自然科学的关系空前密切了，自然科学的方法得到了尊重和应用，科学的态度得到了肯定和发扬，这对于中国现代历史学走上科学化之路，无疑是有益的。其次，明确肯定历史学是一门实证的、客观的科学，纠正了以前及当时中国史学的虚妄。虽然研究主体受多种因素的干扰，很难做到纯粹客观，但这种情况的存在不能成为放弃对客观性追求的理由。第三，明确肯定历史自身存在的价值，使得历史学不再是文学的分支，不再是道德教训的工具，不再是哲学和经学的附庸，第一次推翻了以往加在历史学上的一切外在的东西，使历史学获得独立，成为一门实实在在、不折不扣的科学，这是中国史学史上伟大的变革之一。总之，虽然历史学并不能完全等同于自然科学，历史研究并不能完全做到纯粹客观，史学家并不能完全放弃致用观念，但在史学科学化的初始阶段对以上方面的强调则是必要的。
    三
    傅斯年追求“科学”的、“客观”的历史学的思想，不仅表现在理论、方法的阐述和具体的史学实践中，而且贯穿于史语所的建设和组织中。他以史语所为大本营，在“要科学的东方学正统在中国”的大旗下，聚集、培养了一大批学者。这批学者后来实际上成为傅斯年在史学领域的代言人及其治史思想的传播者和贯彻者，他们的研究成果和路向无不体现傅斯年的治史思想，由此形成了一个以追求“科学”、“客观”的史学为目的，以整理、收集和考订材料为其内容，以“求真”和“务实”为其风格的学派--“科学史学派”。
    傅斯年十分重视“集团式研究”。在他看来，科学的、系统的史料学研究，仅仅靠个人的孤立研究，已经难以胜任了，研究的方式必须从个人的孤立研究转变为有组织的集体研究。他在《旨趣》一文中就明确地说：“历史学和语言学发展到现在，已经不容易由个人作孤立的研究了，他既靠图书馆或学会供给他材料，靠团体为他寻材料，并且须得在一个研究的环境中，才能大家互相补其所不能，互相引会，互相订正，于是乎孤立的制作渐渐的难，渐渐的无意味，集众的工作渐渐的成一切工作的样式了。这集众的工作有的不过是几个人就一题目之合作，有的可就是有规模的系统研究。”〔25〕他创办史语所，就是为这种集团式研究提供一个合适可行的组织方式，以使史学家在一个集体的研究环境中，各展所长，互补所短，互相引会和订正，以胜任较大规模的科研项目。与此同时，也是依靠这一研究集体，来实施和宣传自己的史学思想和主张。在史语所1928年的报告中，傅斯年就把“辅助能从事且已从事纯粹客观史学及语学之人”及“成就若干能使用近代西洋人所使用之工具之少年学者”作为聘请、招收和培养研究人员的标准。史语所成立时，他尽揽了当时学界名流，如陈垣、顾颉刚、徐中舒、岑仲勉、董作宾、罗常培、刘半农、李方桂等，都先后归之于其旗下。他所赏识和提拔的“少年学者”后成为大家的有陈乐素、严耕望、陈述、劳干、全汉升、郭宝均、凌纯声、丁树声等。这些专家和“少年学者”，大都以傅斯年的建立“科学的史学”为其奋斗目标，把《历史语言研究所工作之旨趣》一文，看作是自己行动的准则和研究的宗旨，甚至认为此文是“近年来中国历史研究经过上的重要文献”，具有“奠定了中国现代历史学的基础”的意义〔26〕。这一部分人的存在，使“科学史学派”作为一个具有强大声势和广泛影响的学术研究派别的出现成为可能，并从而影响中国史学研究领域长达半个世纪之久。
    史学研究的“集团化”自然促进专业化，使历史研究内部有明确的分工，渐成精细的科学研究。史语所成立时初设史料征集、汉语、文籍考订、民间文艺、汉字、考古、人类学、民俗学、敦煌材料研究八组。1929年6月史语所迁北平后，他又对原计划作了调整，决定成立历史、 语言、考古三组。傅斯年对这三个组的工作范围作了比较明确的规定，甚至对每一个人的研究都有具体的要求。正是由于傅斯年科学的组织，史语所各组成员本着“一分材料出一分货，没有材料不出货”的原则，“上穷碧落下黄泉，动手动脚找东西”，在各自的研究领域里，取得不少的成绩。历史组的学者们对于史事、文献作了大量考据学的功夫，其成绩俱见《史语所集刊》数百篇论文和各种专刊、专著中，有目共睹。语言组对全国各地方言、文字、制度和风俗的调查，以及明清档案的整理，都做出了很大成绩。考古组在1928年至1937年间，对安阳殷墟遗址进行了15次发掘，共出土带字甲骨24832片， 不仅为历史研究提供了重要依据，同时也促进了中国原始社会史、人类发展史和古代史的研究，使这些研究立于更坚实科学的基础上。