明代研究魏晋南北朝史的著作，数量虽多，但质量一般不高。《四库全书总目》史部著录的11部书中，正式入四库的只有1部，即杨时伟编的《诸葛忠武书》10卷。其余10部均入存目，它们是：1、谢陛的《季汉书》56卷，“其书遵朱子《纲目》义例，尊汉昭烈为正统”，“吴、魏之君则别为世家。”2、茅国缙的《晋史删》40卷，乃删改唐修《晋书》而作。3、蒋之翘的《晋书别本》130卷，参考多种史书编成，材料较丰富。4、荀廷诏的《蜀国春秋》18卷，专记蜀地割据政权历史，自汉公孙述至元明玉珍，内容不限于魏晋南北朝。5、王士骐的《武侯全书》10卷，搜罗诸葛亮史料较完备，有一定价值。6、韩昌箕的《王谢世家》30卷，考六朝王、谢二家人物，各为之传，并有谱系图及同名考。7、王涣的《两晋南北奇谈》6卷，乃“摘录《晋书》以下八史琐语杂事”而在。8、张毓睿的《三国史瑜》8卷，选择《三国志》中的主要事迹，“条分件系，缀以评语”，“既非纪传，又非编年”，体例不一。9、姚士粦的《后梁春秋》2卷，专记萧詧江陵后梁政权史事。10、唐顺之的《两晋解疑》1卷，评论两晋史事，持论乘舛，多不足取。
    清代研究魏晋南北朝史的著作，多以考证见长，如：陈景云的《三国志辨误》3卷，辨析陈寿原书及裴注之误，凡魏志28条、蜀志8条、吴志21条。杭世骏的《三国志补注》6卷，“订讹考异”，亦以“所得为多，于史学不为无补。”沈名荪、朱昆田同编的《南史识小录》8卷、《北史识小录》8卷，“取《南》《北》二史，摘其字句之鲜华，事迹之新异者，摘录成编”，提供遗文琐事，以备选用，功能与《艺文类聚》等书相类似。沈炳巽的《水经注集释订伪》40卷，“遍检《史记》、《汉书》志表及诸史各志，取其文字异同”，对《水经注》加以考订，“其用心之勤至，虽不能尽出前人范围，而钩索考证之功，亦未可没也。”赵一清的《水经注释》40卷刊误12卷，“条理分明”，“其考据订补，亦极精核。”以上著作，堪称佳作，均入四库。其余入存目的书，如王复礼的《季汉五志》12卷、郭伦的《晋纪》68卷、张愉曾的《十六国年表》1卷及孔尚质的《十六国年表》22卷，质量均一般。陈维崧的《两晋南北集珍》6卷，采南北朝故实，各加标目，只是为作骈体文采掇之用。此乃词章之学，并非史学。
    三
    按照“六经皆史”的观点，《四库全书》经部著录的图书中，亦有相当数量的书，应该作为研究魏晋南北朝史的资料，加以利用。
    易类：《陆氏易解》1卷，乃明姚士舛所辑吴陆绩《周易注》；《周易注》10卷，上下经注及略例，乃魏王弼撰；《周易正义》10卷，魏王弼、晋韩康伯注，唐孔颖达疏。这些书是研究魏晋玄学及以玄释经之风的重要资料。
    诗类：《毛诗草木鸟兽虫鱼疏》2卷，《毛诗陆疏广要》2卷，均题吴陆机撰。陆机是东吴著名文学家，上述著作在《诗经》研究上有重要地位，对古代动植物研究有参考价值。
    春秋类：《春秋左传正义》60卷，晋杜预注，唐孔颖达疏；《春秋释例》15卷，晋杜预撰；《春秋谷梁传注疏》20卷，晋范宁集解。杜预是西晋时代军事家，曾参加指挥灭吴之战，对《左传》很有研究。范宁是东晋时代经学家，《晋书》本传称“此书为世所重”。
    四书类：《论语义疏》10卷，魏何晏注，梁皇侃疏；《论语正义》20卷，魏何晏注。何晏是魏晋玄学的开创者。
    小学类：《尔雅注疏》11卷，晋郭璞注；《广雅》10卷，北魏张楫撰；《重修玉篇》30卷，梁顾野王撰。郭璞字景纯，河东闻喜人，是著名训诂学家。张楫字稚让，清河人，北魏太和中官博士，是北朝重要经学家。顾野王于梁大同九年任黄门侍郎兼太学博士，是南朝著名学者。
    上述各类书合计，凡13部211卷。
    四
    子部书内容庞杂，涉及面广。《四库全书总目》子部中著录的与魏晋南北朝史研究有关的著作很多，以成书时代划分，大体有四种情况：第一种是魏晋南北朝人的著作。第二种是前人著作，魏晋南北朝时代的人作注。第三种是后人研究魏晋南北朝有关问题的著作。第四种是伪书，即后人假托这一时代人的名义编写的书。为了叙述及检索的方便，仍按《四库全书总目》的分类，介绍于下：
    儒家类：《孔子家语》10卷，魏王肃注。《傅子》1卷，晋傅元（玄）撰。王肃，字子雍，东海人，官至中领军散骑常侍，是魏晋时代重要经学家。傅玄，北地人，官至司录校尉，此书“论经国九流及三史故事”。
    兵家类：《握奇经》1卷，旧本题风后撰，汉丞相公孙宏（弘）解，晋西平太守马隆述赞。上述名义均为依托，但马隆是西晋军事家，平定凉州有军功，可见此书与他的关系当为最密。存目收入《江东十鉴》1卷，南宋李舜臣撰。“是编蒐辑江东战胜之迹，上起三国，下至六朝，共得十事：一曰周瑜赤壁之战，二曰祖逖谯城之战，三曰褚裒彭城之战，四曰桓温灞水之战，五曰谢元（玄）淝水之战，六曰刘裕关中之战，七曰到彦之河南之战，八曰萧衍义阳之战，九曰陈庆之洛阳之战，十曰吴明彻淮南之战。皆先叙其事，次加论断。”《江东十考》1卷，乃李舜臣子李道传撰。此书复考六朝屯兵之地、统兵之任、取兵之制、财赋之出、出师之途、馈运之方、舟师之利、出骑之用、守城之规、守江之要，是对其父之书的补充。又有《南北十论》1卷，南宋许学士撰。所谓“十论”是分朝代论述的，仅存其八，即吴、蜀、东晋、宋、齐、梁、陈及北魏。上述南宋史家对六朝军事史的研究，都有综括南北大势激励士气，洞察往古得失以借鉴的意义，同时也隐含着他们对南渡群臣的讽喻。这三部书价值较高，应与李焘的《六朝通鉴博议》一起整理点校，汇编成一册，以便读者利用。
    农家类：《齐民要术》10卷，北魏贾思勰撰。此书“起自耕农，终于醢，资生之乐，靡不毕书”，是我国古代一部记述农业科技及农副产品加工技术的名著。
    医家类：《甲乙经》8卷，晋皇甫谧撰，是我国古代一部针灸学名著。《肘后备急方》8卷，晋葛洪撰，是医学名著，涉及外科、急救、传染病学、药物学等方面的内容。还有《伤寒论》10卷，虽然作者是东汉末年名医张仲景，但编者却是晋代名医王叔和。