天文算法类：《海岛算经》1卷，晋刘徽撰。刘徽是我国古代著名数学家，他在运用勾股定理，测重差术及园周率均有重大贡献。《五经算术》2卷，北周甄鸾撰。还有《五曹算经》5卷、《夏侯阳算经》3卷、《张丘建算经》3卷，作者也都是魏晋南北朝时人。《周髀算经》2卷，“流传最古”，其注者为东吴数学家赵婴（又名赵爽，字君卿）。
    术数类：《太元（玄）经》10卷，汉杨雄撰，晋范望注，此书对于魏晋玄学之开创，关系尤巨，注中采录荆州学者宋衷与东吴学者陆绩研究《太玄经》的成果，弥足珍贵。《京氏易传》3卷，汉京房撰，吴陆绩注，此书对三国时期东南地区以玄释经风气的出现有重要影响。《葬书》1卷，晋郭璞撰。《玉照定真经》1卷及存目的《葬经》1卷，乃后人假托郭璞，可见其观察风水，选择葬地之说影响很深。还有《元包》5卷，北周卫元嵩撰，《灵台秘苑》15卷及存目的《灵台秘苑》120卷，北周庚季才撰，也都是术数之书，其中也都有不少后人附加的成分。
    艺术类：《古画品录》1卷，南齐谢赫撰。谢赫是著名画家，又是美术理论家。他在书中品题画家二十七人，并提出画有六法（气韵生动、骨法用笔、应物象形、随类赋彩、经营位置、传移模写），是对我国古代绘画技巧的一次系统总结。《续画品》一卷，旧本题陈吴兴姚最撰，余嘉锡先生考证姚最实隋人，此书品题画家二十人，是对谢赫之书的补作。《书品》1卷，梁庾肩吾撰，“是书载汉至齐梁能真草者一百二十八人，分为九品，每品各系以论，而以总序冠于前”，是一部研究书法艺术的著作。存目的《山水松石格》1卷，旧本题梁孝元皇帝撰，是后人假托梁元帝萧绎名义作。梁元帝善画人物，绘有《职贡图》，并不擅长山水画。
    谱录类：《古今刀剑录》1卷，梁陶宏（弘）景撰，“是书所记帝王刀剑，自夏启至梁武帝，凡四十事；诸国刀剑，自刘渊至赫连勃勃，凡十八事”，是研究古代刀剑制造与冶金史的重要材料。《鼎录》1卷，旧本题梁虞荔撰，《四库总目》考订“当为陈人”。《竹谱》1卷，旧本题晋戴凯之撰，从内容看，“他所援引，如虞豫《会稽典录》、《常宽《蜀志》、徐广《杂记》、《沈莹《临海水土异物志》、郭璞《山海经注》、《尔雅注》，亦皆晋人之书。”存目的《铜剑赞》1卷，梁江淹撰。江淹字文通，济阳考城人，官至散骑常侍左玉将军。齐永明中，掘地得古铜剑，江淹“因诠次剑事，考古人练兵用铜，后世铸兵用铁原委，以为之赞”。
    杂家类：《人物志》3卷，魏刘邵撰。刘邵，或作刘劭，字孔才，邯郸人，黄初中官散骑常侍，正始中赐爵关内侯。据余嘉锡先生考证，其注为凉刘昞所作。刘昞，字延明，敦煌人，被沮渠牧犍尊为国师。全书分为《九征》、《体别》、《流业》、《材理》、《材能》、《利害》、《接识》、《英雄》、《八观》、《七缪》、《效难》、《释争》十二篇，它是我国历史上第一部探究选材用人的杰出著作，也是世界上最早的人才学专著，至今在国外仍有一定影响。《全楼子》6卷，梁元帝萧绎撰。萧绎“博总群书，著述词章，多行于世。其在藩时，尝自号金楼子，因以名书。”“其书于古今闻见事迹，治忽贞邪，威为苞载。附以议论，劝戒兼资，盖亦杂家之流。而当时周秦异书未尽亡佚，具有征引。”因此，在历史文献学上有重要价值。《刘子》10卷，北齐刘昼撰。刘昼，字孔昭，勃海阜城人，名见《北史·儒林传》，余嘉锡先生有详细考证。《颜氏家训》2卷，旧本题北齐黄门侍郎颜之推撰，余嘉锡先生考证，“之推终于隋”。他原籍琅琊临沂，其先世随东晋渡江，寓居建康。其父颜协，曾在南朝做官。他初仕梁，在西魏军攻破江陵后，到了北方，由北齐入北周入隋。他熟谙南北风俗，书中记述南北士族风尚之不同，文风平易亲切，对沟通南北学术，起了重要作用。此书所述立身治家之法，辨正时俗之谬，于世故人情，深明利害，对搞好家庭教育很有启迪，是我国封建社会一部十分重要的家训著作。《古今注》3卷，旧本题晋崔豹撰。《四库提要》“以为豹书久亡”，已经余嘉锡先生重新辩证，其内容包括《舆服》、《都邑》、《音乐》《鸟兽》、《虫鱼》、《草木》、《杂注》及《问答释义》。存目的《感应类从志》1卷，旧本题张华撰，《四库提要》认为：“书中语多俚陋，且皆妖妄厌制之法，其为依托无疑也。”
    类书类：《古今同姓名录》2卷，梁元帝萧绎撰。古今同姓名者不少，有的时代相同，有的时代不同，如将其人相混，其事俱淆，甚至语皆失实，面目全非。研究历史人物，必须区分时代，辨析异同，此书具有开创性质，可谓“椎轮之始。”
    小说家类：《西京杂记》6卷，旧本题晋葛洪撰。此书作者有争议，经余嘉锡先生详细考定，实为葛洪所作。《世说新语》3卷，宋临川王刘义庆撰，梁刘孝标注。此书记载汉末至东晋士族的轶事和言谈，比较全面地反映了这个时期的社会生活和风俗习惯，是研究魏晋玄学与清谈的珍贵资料。刘孝标注采用裴松之注《三国志》的办法，对这部轶事小说进行补缺和纠谬，所引之书，博而且精，尤具有史料价值。《山海经》18，晋郭璞注。此书所叙山川，多参以神怪，书中道里山川，虽难考据，但绝非凭空杜撰，对历史地理研究有参考价值。《穆天子传》6卷，晋郭璞注，前有荀勖序。晋太康二年，汲县人不准盗发魏襄王墓，得竹书《穆天子传》五篇，又杂书十九篇。这是西晋时代考古学上的一次重大发现。《神异经》1卷，旧本题汉东方朔撰。此书撰著于两汉，而汉衍于六朝，乃经史之考镜，辞赋之渊峦，史学与文学价值并具。其书体例，与《山海经》相似，对古代域外地理研究有参考价值；而著书之宗旨，实与神仙家相近，乃受佛道二教之影响，可为思想史研究提供资料。《汉武故事》1卷，旧本题汉班固撰，实为南齐王俭所作。《汉武帝内传》1卷，旧本题汉班固撰，余嘉锡先生考定为晋葛洪撰。《汉武洞冥记》4卷，旧本题后汉郭宪撰，余嘉锡先生考定为梁元帝萧绎撰。《搜神记》20卷，旧本题晋干宝撰。干宝字令升，新蔡人，元帝时以著作郎领国史，迁散骑常侍。此书撰集古今灵异神祇，人物变化，但其中亦有与史书相符之处。因年代久远，传至今的虽非干宝原书，但后人缀辑，十之八九出于原书，亦并非伪撰之书，余嘉锡先生已作详细辨证。《搜神后记》10卷，旧本题晋陶潜撰，乃赝借其名，作者为六朝时人。《拾遗记》10卷，秦王嘉撰。王嘉字子年，陇西安阳人，乃苻秦方士。此书已经梁萧绮补缀，内容“荒诞，证以史传皆不合”，但文学性很强，刘勰所谓“事丰奇伟，辞富膏腴，无益经典，而有助文章”。《异苑》10卷，宋刘敬叔撰。刘敬叔曾为刘毅郎中令，以事忏毅，被免官。此书虽属小说，但亦有史料价值，如：《宋书·符瑞志上》及《幽明录》谓“孙坚之祖名钟”，《异苑》则载孙钟为孙坚之父。康秦《吴时外国传》载扶南国以鳄鱼决讼事，《异苑》中亦有类似记载，不过在鳄鱼之外又增加了虎。这些都可互相对照，加以研究。《续齐谐记》1卷，梁吴均撰。此书所记皆神怪之说，性质与庄子寓言相似但亦受佛教影响，如书中阳羡书生故事，即出自吴康僧会所译《旧杂譬喻经》。《还冤志》3卷，隋颜之推撰。据余嘉锡先生考证：“之推原书本名《冤魂志》。其称《还冤志》或《北齐还冤志》者，皆宋以后人所妄改也。”《博物志》10卷，旧本题晋张华撰，据《四库提要》考证，“或原书散佚，好事者掇取诸书所引《博物志》，而杂采他小说以足之。”余嘉锡先生称：“《提要》此篇，旁征博引，用力颇为勤至，与他篇之偶阅数条，便加论断者殊科。然其所考，亦尚有未尽然者。”他又作了更深入的考证，说明张华《博物志》，亦称《博物记》，并非二书。《述异记》2卷，旧本题梁任昉撰。任昉字彦升，乐安人，官至新安太守。据《四库提要》考证，此书“或后人杂采类书所引《述异记》，益以他书杂记，足成卷帙，亦如传世所传张华《博物志》”。存目的《续世说》10卷，旧本题唐陇西李垕撰，前有俞安期序，乃明代伪书，即俞安期等依托为之。此书“取李延寿《南》、《北》二史所载碎事，依《世说》门目编之，而增以博洽、介洁、兵策、骁勇、游戏、释教、言验、志怪、感动、痴异、凶悖十一门。”这部书实际上就是一部南北朝新语，但材料仅取《南史》、《北史》，“别无异闻可资考据。”
    释家类：《宏（引）明集》14卷，梁僧祐编。僧祐本姓俞，彭城下邳人，初出家扬都建初寺，武帝时居钟山定林寺。此书所辑皆东汉以下至于梁代阐明佛法之文，“六代遗编，流传最古，梁以前名流著作，今无专集行世者，颇赖以存。”对中国佛教史研究有重要史料价值。《广宏（弘）明集》30卷，唐释道宣撰，此书是续梁僧祐《弘明集》而编，采摭浩博，史料丰富，如梁阮孝绪《七录序》及其门目部分，赖此书得以保存，对中国目录学史的研究很有价值。但是，梁释慧皎的《高僧传》这样重要的著作，《四库》竟未著录，实在是一大缺陷。