康熙二十年代中期以后，准噶尔博硕克图汗噶尔丹大举东进，喀尔喀三部分崩离析，部众溃散。康熙毅然决策，接纳归附喀尔喀汗王及其离散部众，并借此天赐良机，派出漠南蒙古各旗贤能都统、副都统，由蒙古王等带队，将喀尔喀“俱照四十九旗编为旗队”，“以来年草青时为期，指示法禁，如四十九旗一例施行。”（注：《清圣祖实录》卷一四二，康熙二十八年十月辛未。） 康熙三十年（1691）多伦会盟，命“喀尔喀七旗与四十九旗同列”，喀尔喀王贝勒贝子公等放弃“蒙古礼”，对康熙皇帝“三拜九叩”（注：《清圣祖实录》卷一五一，康熙三十年五月丁亥。），表示臣服。喀尔喀既与四十九旗同列，理藩院遂题请照四十九旗例给与印信，将土谢图汗、车臣汗、亲王策妄扎卜三部落分为三路：土谢图汗为北路喀尔喀，车臣汗为东路喀尔喀，亲王策妄扎卜为西路喀尔喀。（注：《清圣祖实录》卷一五五，康熙三十一年五月癸酉。） 喀尔喀正式纳入国家版图，并被康熙倚为比历史上长城还要坚固的“长城”，但不是为防御中国多民族大家庭内北方民族的，而是“防备朔方”（注：《清圣祖实录》卷一五一，康熙三十年五月壬辰。）。
    从清朝文献考察，漠北喀尔喀蒙古各部落的名称、统属和定位在康雍之际发生了显著的变化。康熙《会典》中喀尔喀蒙古列于《理藩院三·柔远清吏司》条目之下，记其“以时朝贡，奉职惟谨”，“国家以羁縻之意，溥怀柔之仁”，地位“视四十九旗又为远矣”（注：康熙《大清会典》卷一四四。）。具体的区别是这样表述的：“凡蒙古部落之率先归服者，悉隶版图，犹视一体；及后至者弥众，皆倾国举部乐输厥诚，既地广人繁矣，乃令各守其地，朝岁时奉职贡焉”（注：康熙《大清会典》卷一四二，《理藩院一》。）。康熙《会典》记载止于康熙二十五年，其时喀尔喀尚未“内属”，如此记载，无疑忠实于当时清朝与喀尔喀蒙古关系的事实。雍正《会典·理藩院》列有多处喀尔喀“内属”“编旗分佐领”并与内蒙古四十九旗“一例”的记载，但缺少对其地位变化的总的概括。原因似乎是，喀尔喀各部落自康熙二十九年（1690）乌兰布通之战及翌年多伦会盟开始，编旗设佐、封爵给俸、会盟朝集、贡献赏赉、年班围班、刑罚边务等一应制度性建设不可能一蹴而就，势必经历一段随时随事立法和事例积累梳理的摸索过程，喀尔喀新的定位才会逐渐明晰起来。喀尔喀的“内属”地位，犹如漠南蒙古从关外时代到康熙中才固定下来视同“内八旗”一样，也经历了漫长的岁月，到乾隆年间续修《会典》时，历史尘埃落定，才自然得出“与漠南诸部落等”的喀尔喀四部八十二旗“咸入版图”（注：乾隆《大清会典》卷八十，《理藩院·典属清吏司》。） 的结论。其疆理“东至黑龙江界，西至阿尔泰山与准噶尔接界，南至内扎萨克界，北至俄罗斯界”（注：乾隆《大清会典则例》卷一四二，《理藩院·典属清吏司》。）。其后嘉庆、光绪《会典》，喀尔喀或称“外蒙古喀尔喀”，或称“外扎萨克”，均列于“理藩院”条目之下，以示其统属关系；而在乾隆、嘉庆《一统志》中则与漠南蒙古同列于内地各省统部之次的《新旧蒙古统部》（注：乾隆《大清一统志》卷四百四。《四部丛刊》续编，上海书店。） 或《蒙古统部》（注：嘉庆《大清一统志》卷五三四。《四部丛刊》续编，上海书店。），以示与内地各行省无异。
    准噶尔（厄鲁特）与清朝时战时和的对峙状态在喀尔喀内属后又持续了半个多世纪。经过康雍乾这三位清代历史上最有作为的皇帝的持续奋斗，终于在乾隆二十年代最终实现了太祖、太宗的政治理想。
    从《会典》和《一统志》的记载看，在喀尔喀之后厄鲁特蒙古（及其所属的回部）所在的整个西域新疆地区纳入国家版图、视同内地郡县的过程，似乎要曲折得多。据康熙《会典》记载，厄鲁特“以时朝贡，奉职惟谨”，地位“视四十九旗又为远矣”（注：康熙《大清会典》卷一四四，《理藩院三·柔远清吏司》。《近代中国史料丛刊》三编第七十二辑，台湾文海出版社。），至雍正《会典》，厄鲁特仍“视四十九旗为外”（注：雍正《大清会典》卷二二二，《理藩院·柔远清吏司》。《近代中国史料丛刊》三编第七十七辑，台湾文海出版社。）。对与清朝长期处于时战时和对峙状态的准噶尔即厄鲁特蒙古来说，上述定位符合历史事实。乾隆十二年（1747）开始纂修、二十九年（1764）成书的《会典》和《会典则例》，记事止于二十三年（1758），其时平定准噶尔战争刚刚结束，《会典》等没有也不可能立刻反映准噶尔地位的变化。成书于乾隆八年（1743）的《大清一统志》缺载还可以理解，但“天威震叠，开拓西域地二万余里”的空前伟业竟在号称一代巨典的《会典》付诸阙如，这不能不使乾隆和他的大臣们深感遗憾。乾隆二十九年（1764）十一月御史曹学闵以“近年来，平定准噶尔及回部，拓地二万余里，实为振古未有之丰功”，奏请将西域新疆增入《一统志》。军机大臣奉旨议覆，该御史所奏自属可行。乾隆谕示：“西域新疆，拓地二万余里。除新设安西一府及哈密、巴里坤、乌噜木齐，设有道、府、州、县、提督、总兵等官，应即附入甘肃省内。其伊犁、叶尔羌、和阗等处，现有总管将军及办事大臣驻扎者，亦与内地无殊。应将西域新疆另纂在甘肃之后。”（注：《清高宗实录》卷七二二，乾隆二十九年十一月戊申。中华书局1986年版。） 于是有《一统志》续修之举，与《一统志》同时重修的《会典》等也恪遵上述“与内地无殊”旨谕，对西域新疆部分（包括准噶尔和原准噶尔所属的回部）重新定位。重修的乾隆《会典》，实际上只重修了《理藩院》，其内容亦止于二十七年（1762）。该书《理藩院·典属清吏司》、《理藩院·柔远清吏司》条下记“准噶尔之地咸入版图，其封爵、会盟、屯防、游牧诸政，事厥有专司”，“画疆置吏，有如郡县”，昔日强盛一时的厄鲁特各部落已风流云散，《会典》及《则例》只记录了新疆与新疆以外地区的厄鲁特余部的名称--贺兰山厄鲁特、乌兰乌苏厄鲁特、推河厄鲁特、额济内土尔古特、都尔伯特（注：乾隆《大清会典》卷八十，《理藩院·典属清吏司》。）--及其牧地四至（注：乾隆《大清会典则例》卷一四二，《理藩院·典属清吏司》。）。而作为平准战争的延续，平定回部大小和卓木叛乱的胜利，使天山南麓维吾尔族人民聚居的南疆各城，也相继纳入大清版图。乾隆《会典》记载“天戈所指，臣服迩遐，拓西域版图数万里之遥。今自嘉峪关以外，旧部若哈密、辟展、吐鲁番，新疆若哈拉沙拉、若库车、若沙雅尔、若赛里木、若拜、若阿克苏、若乌什、若喀什噶尔、若叶尔羌、若和田，棋布星罗，同属内地。”（注：乾隆《大清会典》卷八十，《理藩院·徕远清吏司》。） 昔日准噶尔所踞西域新疆地区，遵照乾隆皇帝谕示，新设的安西州、鎮西府、迪化州，皆归陕甘总督管辖，故《大清一统志》列在“甘肃统部”之后；至伊犁东西路库尔卡乌素、塔尔巴哈台，回部自哈密、辟展至哈喇沙尔、库车、塞喇木、拜、阿克苏、乌什、喀什噶尔、叶尔羌、和田，则创建“西域新疆统部”，“次于直省之后”（注：乾隆《大清一统志》凡例；卷四百十四至四百十九“西域新疆统部”。）。嘉庆《一统志》如之。通过及时续修的《大清一统志》，使大一统的中国西北疆域版图得到了权威的确认。
    附带谈一点，厄鲁特等虽曾以“国”自称，甚至与承继中华正统的大清国分庭抗礼，以至兵戎相见，甚或有取代清朝为中华大皇帝之念，但他们与清开国时期欲取代明国的努尔哈赤、皇太极一样，从来不自外于“中国”，原因何在？除了清朝士马强盛和怀柔政策的成功外，经济联系的纽带、对中华文化认同的历史传统，特别是藏传佛教这一独特的精神纽带的作用，不可低估。当喀尔喀离散彷徨之际，哲布尊丹巴呼图克图以“俄罗斯素不奉佛，俗尚不同我辈，异言异服，殊非久安之计，莫若全部内徙，投诚大皇帝，可邀万年之福”（注：张穆：《蒙古游牧记》卷七。载《清代蒙古史料合辑》（二），全国图书馆文献缩微复制中心。） 一言而决，遂全部归附清朝；准噶尔博硕克图汗噶尔丹向康熙一再表白“中华与我一道同轨”（注：《清圣祖实录》卷一四六，康熙二十九年六月甲申。）、“我并无自外于中华皇帝、达赖喇嘛礼法之意”（注：《清圣祖实录》卷一三七，康熙二十七年十一月甲申。）；雍正时准噶尔汗策妄阿喇布坦向清朝使臣坦陈：“皇帝者，乃一统砸木布提布之大皇帝，经教划一，日后必令我得以安逸，而西梵汗、俄罗斯察罕汗虽为较大之员，但皆属于异教，无用之人”（注：《雍正朝满文朱批奏折全译》上册，第1010页。黄山书社1998年版。），又称“无喇嘛佛法，何以为生？”（注：《雍正朝满文朱批奏折全译》上册，第6页。） 蒙古僧俗人士也相信“中华皇帝，乃活佛也”（注：《清圣祖实录》卷一八一，康熙三十六年三月庚辰。康熙中哲布尊丹巴呼图克图觐见康熙时说：“蒙圣主大沛洪恩，特加拯救，是即臣等得遇活佛也。”（《清圣祖实录》卷一五一，康熙三十年五月丁亥））。无视准噶尔与清朝治下中国的历史的、文化的、经济的、宗教的不可分割的事实，夸大其独立于中国倾向的观点，是缺乏根据的。中国大一统实现以后，土尔扈特以“大圣皇帝（指乾隆）甚为仁慈，广兴黄教”，决策回归祖国，进一步证实藏传佛教精神纽带的作用。（注：据《满文土尔扈特档案译编》，土尔扈特渥巴锡汗与策伯克多尔济、舍楞等密议，以“大国（中国）富强”，“大圣皇帝（乾隆）甚为仁慈，广兴黄教”，决策脱出俄罗斯回归祖国。见该书第111页。民族出版社1988年版。） 当然所有这一切，与自努尔哈赤、皇太极以来，一贯有意识地坚持奉行尊崇黄教的政策关系极大，诚如康熙所言：“达赖喇嘛深知朕护持宗喀巴之法”。（注：《清圣祖实录》卷一五七，康熙三十一年十一月丁卯。）