为使赏罚制度化，嘉靖三十八年（1559年）十月，胡宗宪规定死事诸臣为三等，“有功而又能死事者为一等，虽无功而能忠于所事者次之，勤无可录而事适不幸者又次之。其或失机偾事，虽身故仍须追夺官荫”（26）。
    在整顿军纪的同时，胡宗宪身先士卒，与将士同甘共苦。胡宗宪终年坚持在抗倭第一线，运筹帷幄，指挥作战，仅嘉靖三十四年就多次亲临歼倭战场。四月，同总督张经追倭至王江泾，“斩贼首千余级，溺死千余”（27）。四十年四月至次年十一月，胡宗宪率师与屡犯宁波、台州、温州等地的倭寇战于海上6次，战于陆上12次，俘斩1426人，焚溺死者无算（28）。
    总督亲临战阵，将士深受鼓舞，斗志昂扬。嘉靖三十五年八月，胡宗宪调兵进攻占据东沈庄的倭首徐海，倭寇穷凶极恶，保靖、河朔官兵先后为其所败。此时，胡宗宪“擐甲厉声叱永保兵左右列，大呼而入，瞰垒下击”（29），大败倭寇。同年十一月，倭兵侵犯会稽，报沈庄惨败之仇，来势凶猛，“官兵莫能御”，胡宗宪督促将领卢镗迎战，被他以士兵疲劳宜稍事休整为由拒绝，形势危急。宗宪不顾敌众我寡，“夜召亲兵袭破之，达旦，诸营方知，入贺，镗大惭服”（30）。在抗倭战斗中，胡宗宪常“辄自临阵，戎服立矢石间督战”，置生死于度外。倭寇围杭州时，他又“亲登城监视，俯身堞外，三司皆股栗，惧为流矢所加，宗宪恬然视之”（31），展示了身为统帅的风范。
    第四，重用和依靠一批抗倭将领。胡宗宪十分重视用人，主张“用兵之道，任将为急”（32）。在他手下有一批著名的抗倭名将，如戚继光、俞大猷、刘显、谭纶、唐顺之、王崇古、卢镗、任环、汤克宽、张四维及尹凤等。明廷对军队控制颇严，凡将领遇事必先奏准朝廷而后实行，往往丧失战机。鉴此，胡宗宪建议给诸将必要的权力，“欲责其决胜，必须假以重权，临阵之际，俱得以军法从事”（33）。如有紧急军务，允许将领“一面先行处置，一面具本奏闻”（34）。让他们在战斗中发挥主观能动性，机智灵活，不失时机地打击倭寇。
    上述将领中，胡宗宪尤为器重戚继光、俞大猷，充分发挥他们的军事才能。嘉靖三十五年，戚继光调往浙江抗倭的次年，胡宗宪就推荐他任参将，镇守倭患最烈的宁波、绍兴、台州三府，将他放在抗倭第一线。胡宗宪特别重视招募土著民兵训练参战，曾亲自“于沿海招募义勇，照依客兵支给口粮”（35）。他大力支持戚继光训练浙兵，实现其以浙人守浙土的主张。当时义乌县乡民正同处州来的矿夫为争夺采矿权展开大规模械斗，义乌乡民骁勇善战获得胜利。胡宗宪认为义乌民悍勇可用，指出：“外贼称悍，乌民一战歼之，勇可知矣，吾方求其人而不得”（36）。嘉靖三十八年（1559年）秋，戚继光奉命裁汰所部旧兵，去义乌招募3000兵丁，组成威震四方的“戚家军”。募兵的作法是对明代卫所制兵役的变革，调整了士卒世袭制，使军伍编制和领导体制更加适应抗倭战争的需要。不久，戚继光又献鸳鸯阵，胡宗宪高兴地说：“得之矣，自后义乌兵遂以劲名天下！”（37）嘉靖四十年夏，倭寇一、二万人犯台州，戚继光面对“敌众我寡”之势，分路策应，合力并击，以次歼灭。胡宗宪赞许道：“是时兵实千五百人，而一鼓殄二千贼于呼吸间，全师奏凯，可不谓奇耶？”在上疏中，他推崇戚继光“督战功最”（38）。
    可见，戚继光、俞大猷对平定倭寇做出的突出贡献与胡宗宪指挥、重用是分不开的。过去有人认为胡宗宪压抑戚、俞，这种观点也是不妥当的。
    第五，剿灭倭寇巨魁王直、徐海。王直、徐海长期以来在海上“南面称孤”，坐遣倭寇侵扰我东南沿海，为倭寇巨魁。胡宗宪不顾一些朝臣反对，决计剿、抚并施，铲除王、徐。他一面令戚继光、俞大猷痛击倭寇，一面派人到日本五岛招抚王直。此时，日方因连年进犯我国，伤亡颇大，或“全岛无一归者”（39），怨声载道。王直集团内部亦矛盾重重，他表示如明廷能免其罪并开放海禁，就可归附。嘉靖三十五年四月，徐海、叶麻与陈东率倭数万大举入犯，胡宗宪施离间计，倭寇自相擒杀。明军抓住时机，大败徐海、陈东部。徐海投河自尽，叶麻、陈东和辛五郎并斩于嘉兴。未几，势力日蹙的王直从五岛西渡至定海，欲同徐海联合，但徐部已被剿灭，王直进退维谷。胡宗宪即命戚继光“督健将埋伏数匝，水陆要害，星罗棋列，鱼鸟莫度”（40）。同时，答应为王直请封都官号，允许通商互市。王直迫于官军“兵威甚盛”及利禄诱使，投降官府。至此，王直、徐海部倭寇基本消灭，“两浙倭渐平”（41）。