嘉靖年间，世宗昏愦，权臣擅政，贪贿之风盛行，吏治衰败。即便有为之官吏不厚结权臣，无论公私，事亦难行。朱纨主持浙闽海防，触犯了通倭官僚、富商大贾利益，在朝闽浙籍官员便“劾纨擅杀”，“祸发朝堂”（59），朱纨被迫自杀。严嵩当政，官吏“凡迁转，必赂世蕃始得，不尔，必不迁，且中以祸”（60）。王忬出督抗倭，颇有作为，因“阃外有遥制之忧，中枢失内赞之力”（61），竟以抗倭不力罢去。张经、周琉不买赵文华的账，先后遭其陷害。嘉靖三十五年（1556年）二月，胡宗宪由赵文华推荐升任抗倭总督，恃严嵩为内援，“东南帑藏，悉从调取；天下兵勇，便宜征用”（62），对他放手从事抗倭斗争十分有利。胡宗宪贿严、赵的目的是“豢之令为我用”（63）。他深知，贿结严、赵虽受恶名而终成抗倭大功，否则，自身难保，又将继张经、李天宠等后“肆诸市朝矣”（64）。对此，明人张鼎说：“不贿则身危而功不成，贿则幸成功而受恶名以死。疆场之臣难言哉，盖千古蹈斯弊也”（65）。何乔远说：“世讥宗宪内结严嵩，外比赵文华以自固”，但因他抗倭功大，“身没既久，浙人思之不忘。自古未有权臣在内而大将能立功于外者，道在委蛇矣”（66）。明末清初的史家谈迁指出，严嵩猖獗时，胡宗宪“果硁硁自好，立罢矣。江南中倭患，妇孺之命悬于矢刃，非胡尚书谁为出死力者。献瑞通赂，虽不轨于正，论其功宥以十世可也”（67）。他们对胡宗宪贿结严、赵党事是从抗倭大局考虑的，在封建社会，下级官吏贿赂上级乃至权臣可谓司空见惯。不能因胡宗宪贿结严、赵，就抹煞其抗倭功劳，亦不能将他划入严党集团，从其一生所作所为看，他与严党是有区别的，就连嘉靖帝也肯定地指出：“宗宪非严党，朕拔用八九年，人无言者”（68）。
    关于“军门倭主”。王直降后，胡宗宪“待以宾礼，使指挥某为馆主，全舆夫肩舆出入，复出薪米、肉酒供其舟人，日费百余金，且交质为信，保无他虞”（69）。“江南人汹汹，言宗宪纳直（王直）、善妙（日本人）等金银数十万，为求通市贷死”（70）。“军门倭主”由此得名。
    胡宗宪诱降王直后，江南人民拍手称快，要斩其首以解心头之恨。然王直虽降，其子王敖仍领数千倭寇盘据舟山，为稳住王直余党，争取他们归降，胡宗宪对王直采取优待措施，在当时是必要的。这种做法很容易引起江南人民误解，“疑宗宪纳贼赂”。（71）其实胡宗宪一面厚待王直，一面启奏朝廷，建议对王直或正法，或免死罪，使其立功自赎。（72）当接到斩杀王直诏令后，即将其下狱，斩于杭州。这就是所谓“军门倭主”之真相。
    对倭首王直、徐海，是招抚，还是剿灭，朝廷内一直争论不休。胡宗宪派人招抚王直时，有的大臣攻击他“且酿东南大祸”。王、徐被消灭后，倭寇又大举入犯，这些大臣借机弹劾胡宗宪“诱王直启畔”（73），利用江南人民不满情绪，诬他为“军门倭主”。事实说明，诱降倭首及其部众，只能加快平倭步伐。当时兵部尚书杨博认为，诱歼王、徐，“功实非常，赏宜从重”（74）。大臣许国热情洋溢地称赞胡宗宪“从容谈笑乎杯酒之间，而婴抚二酋于股掌之上”（75）。一个时期倭患加剧，正是由于对归降的王直处理不当，“其党大恨”而致，与胡宗宪招抚并无联系。嘉靖帝当时就把将倭患加剧之因看成“诱王直启畔”的观点斥为“不分是非，不明功罪”（76）。严嵩倒台，徐阶当政，那些大臣为迎合新首辅，旧案重提。时人徐学谟对此看得十分清楚，说：“言事者阿新辅臣意，诬宗宪党（王）直勾倭，必欲杀宗宪以悦其仇。此天下之大冤而至今无人白之也”（77）。徐阶主修《世宗实录》，又将“军门倭主”说载入，造成千古奇冤。
    关于“加派”。嘉靖三十六年（1557年），胡宗宪“创编提均徭之法，加赋额外，民为困敝”（78），又“南畿浙闽多额外提编，江南至四十万（两）”（79）。有人据此认为胡宗宪搜刮民财，加重百姓负担，于抗倭不利。
    对“加派”问题，究竟如何看待？明嘉靖中叶，面临“南倭北虏”严峻局面，九边军费浩繁，朝廷大兴土木，帑藏匮竭，入不敷出，抗倭经费严重不足。而“夫欲足兵，必先足食”，自古皆然。加派固然增加百姓负担，但倭患不除，“身家且不能保，又何有于资财乎？是犹覆舟者，不思身命之重，而惟忧囊橐之溺也”（80）。正如户部尚书方钝所云：“民困固所当恤，倭情尤为可虑，设使地方无备，一时倭寇突至，则其焚劫杀伤之惨，将有甚于提编加派之苦者。”（81）持论允当，入木三分。胡宗宪顶着骂名，从抗倭大局出发，搞些加派，是不得已而为之。况且，加派大多是在未被倭患或倭患较轻处进行，对遭受倭害或自然灾害较重地区，则极力争取蠲免钱粮。需要指出的是，加派仅是胡宗宪筹措军费的途径之一，他主张多渠道筹集抗倭军饷，或取自官府，或取自富室，或暂借岁派。嘉靖三十五年五月，他奏准留浙江原派河工银36000两“于本省充饷”（82）。次年，奏留两淮余盐银30000两。四十一年（1562年），世宗降诏，令淮浙两运司各发银20000两，“运浙直军门充饷”（83）。从外省调来的兵马费用，胡宗宪请求各省支付，尽力把江南人民的负担减少到最低限度。
    关于“总督银山”。嘉靖三十八年（1559年）七月，科道官罗嘉宾、庞尚鹏弹劾胡宗宪“扣侵边饷为常规，有‘总督银山’之号”（84）；又“所侵官帑、敛富人财物亦不赀”（85）。次年六月，奏其侵盗军饷33000两（86）。