第四阶段，从1879年到1884年，是晚清海防思想的深化时期。1879年，日本悍然吞并琉球，改为冲绳县，再次唤起朝野对海防问题的关注。薛福成上《筹洋刍议》十四篇，鉴于日本定购铁甲船，不无忧虑地指出：“彼欲骋所长，其势必迫我交锋；否则，彼所购之铁甲船三号，其穷亦必取偿于我。”（注：薛福成：《筹洋刍议》，辽宁人民出版社1994年版，第64页。）王先谦上疏条陈洋务，对海防问题亦有建言。他反对“以守为战”之说，认为“守之不可尽恃”，“必能战而后能防”（注：葛士浚编：《皇朝经世文续编》，台北，文海出版社1996年版，第102卷，第12页。）。此时，李鸿章的认识亦有所变化，由以陆防为主发展为海陆并重，承认“军事未有不能战而能守者”（注：《李鸿章全集》，海南出版社1997年版，《奏稿》，第37卷，第34页。），是其海防战略思想的一大进步。他觉察到日本必为中国永远之大患，认为必须拥有铁甲船才“足以言海战”（注：《李鸿章全集》，海南出版社1997年版，《奏稿》，第78卷，第17页。）。其后，何如璋也就海防问题向朝廷建言，提出立营制、编舰队、勤训练等项，所论多系整顿水师应办事项（注：中国史学会主编：《洋务运动》，上海人民出版社1961年版，第2册，第532-534页。）。当时，马建忠已从法国获博士学位回国，正为李鸿章办理洋务，披览何之奏章，对其所陈颇有同识，因就其所论加以引申和诠释，并附以己见，上于李鸿章。上书以其渊博的西学知识和对西方海军的深切了解，对于海军的领导体制、教育与训练、人才之选拔、营制之建立、规章制度之制订、舰队编成等等，都做了非常具体而深入的说明（注：马建忠：《适可斋记言记行》，《记言》，第3卷，第1-28页。）。并披肝沥胆，大声疾呼，提醒当政者切勿错过这一百载难逢的发展海军的机遇。数年之内，议海防者极其活跃，所论皆主积极防御的海防战略，从而推动了海军筹建的步伐。1879年，李鸿章曾致函驻德公使李凤苞向德国订造了7000吨级的铁甲船两艘。1881年，在英国订购的超勇、扬威两艘快船驶回中国。至此，北洋已拥有13艘舰船。于是，李鸿章奏请丁汝昌为统领，改三角形龙旗为长方形海军旗，标志着北洋海军的初步建成。
    第五阶段，从1884年到1894年，是晚清海防思想发展的高潮时期。中法战争爆发后，清政府愈加感到了加强海防建设的紧迫性。1884年春，总理衙门提出：“以沿海七省宜专设一海防衙门，举各省水师船政、营制、炮台、海径、机器、饷需诸大端，均归一重臣经画。”先是在前一年，总理衙门曾设海防股，掌南北洋海防之事。如今要将海防股升格为海防衙门，自然是一个进步。李鸿章立表赞同，但认为以“海防”名衙门不妥，盖“海防二字，顾名思义，不过斤斤自守，亦不足以张国威而詟敌情”，因此主张径设“海部”。并建议在北洋某口建置水师提督衙门，以便往来海面梭巡会哨（注：《李鸿章全集》，《译署函稿》，第15卷，第29-30页。）。其后，廷谕以张佩纶会办福建军务大臣兼署船政大臣。张奏称：“欲求制敌之法，非创设外海兵船不可；欲收横海之功，非设立水师衙门不可。”并力主“以水师一军应七省之防”，“自今遴选将帅，经画水师，在法事为后时，在海防犹为先。”（注：张佩纶：《涧子集》，《奏议四》，第2-6页。）1885年春，左宗棠鉴于马江之失，分析“水战不足恃”的原因，认为“攘夷之策，断宜先战后和；修战之备，不可因陋就简”，应“择要设立船政炮厂，专造铁甲兵船后膛巨炮，实国家武备第一要义。”（注：《左文襄公全集》，台北，文海出版社1983年版，《书牍》，第64卷、第6-8页。）《中法和约》签订后，清廷随即发布上谕：“当此事定之后，惩前毖后，自以大治水师为主。”（注：《光绪朝东华录》，中华书局1958年版，光绪元年四月，光绪十一年五月）于是，左宗棠、李鸿章等十几位大臣先后复奏，提出了许多积极性的建议。总理衙门综合各种意见，认为：“大致不外练兵、筹饷、用人、制器数大端，而目前自以精练海军，为第一要务。”并提出两项建议：第一，“请先从北洋开办精练水师一支”；第二，“请特派王大臣综理其事，并于疆臣中简派一二人会同办理。”（注：张侠等编：《清末海军史料》，海洋出版社1982年版，第58-59页。）根据总理衙门的建议，清廷派奕譞总理海军事务，奕劻、李鸿章会同办理，并责成李鸿章专司北洋精练海军之事。于是，北洋一面向英、德两国订造了四艘快船，一面先后加紧了旅顺港工程和威海基地的营建。与此同时，开始了《北洋海军章程》的草拟工作。1888年10月，《章程》经清政府批准，北洋海军终告正式成军。至此，北洋海军已有铁甲船2艘、快船7艘、蚊炮船6艘、鱼雷艇6艘及其它辅助船4艘，共25艘。与西方强？海军相比，尚有较大差距，故按《章程》之规划，还要添置各类舰船18艘，合计43艘，“以之防守辽渤，救援他处，庶足以壮声威而资调遣。”（注：《北洋海军资料汇编》，北京，中华全国图书馆文献缩微复制中心，1994年，下册，第746-747页。）就晚清时期来说，无论是海防思想还是海防建设，在此阶段中都达到了其发展的巅峰。
    由于清政府最高领导层满足于已有的成就，《北洋海军章程》添置新舰的规划未能实现。北洋海军成军后，北洋海军再未添置一艘战舰，也再未更新一门火炮。甲午战败后，机遇已经错过，虽筹议重整海军，数年间并无多大成效。1898年，西方列强乘机掀起了瓜分中国的狂潮，沿海的重要港湾几被攫夺殆尽，国将不国，自然更谈不上重整海军了。直到1906年，在“预备立宪”的推动下，兴复海军问题又开始提上了议事日程。1907年，姚钖光在西方海权思想影响下提出了一份《拟兴办海军经费五千万两作十年计划说帖》，筹办海军事务处又制订了一份发展海军的七年规划，其立意皆甚宏伟，无奈事过境迁，时不再来，已经没有实施的可能了。
    二、晚清海防议所争论的主要问题及其结果
    在晚清海防思想的发展过程中，从七十年代中期到八十年代中期，即从同光之交到光绪前期的十几年间，是最关键的时期。在这十余年里，曾先后出现过三次海防大讨论：第一次，是1874年由日军侵台引起的；第二次，是1879年由日本吞并琉球引起的；第三次，是1885年由中法战争引起的（注：一般认为只有1874年和1885年两次海防议，其实，1879年这次讨论更为深入，意义和影响尤为深远，似不能简单地看成是1874年海防议的继续，而应作为一次单独的海防议来看待。）。这三次海防议涉及到许多有关海防的重要问题，意见不一，争论颇为热烈。大致说来，当时争论较大的主要有以下三个问题：
    其一，海军分区设防与统一调度的关系。自丁日昌提出海军分设三路以后，虽有不少官员表示赞同，但究竟设几支为宜，认识仍不一致。也有的主张设“四镇”（注：夏东元编：《郑观应集》，上海人民出版社1988年版，上册，第192页。）或“四大支”，即北洋为一支，南洋为一支，闽洋为一支，粤洋为一支（注：《张文襄公全集》，中国书店1990年版，第13卷，第3页。）。甚至还有主张立五军或十军的（注：张侠等编：《清末海军史料》，海洋出版社1982年版，第7、59页。）。李鸿章并不反对分三区或四区设防，但更倾向于分“最要”、“次要”两区，实际上是主张南北洋分区设立海军（注：《李鸿章全集》，海南出版社1997年版，《奏稿》，第35卷，第28页。）。看来，设几支海军应从实际出发，本不是问题的症结所在。重要的问题在于：海军既分区设防，其指挥权归谁？张佩纶觉察到这是一个问题：“海防之事，督抚终难不问；而各省既分疆域，即不能尽化町畦。”（注：张佩纶：《涧子集》，《奏议四》，第3页。）左宗棠也为之忧心忡忡地说：“若划为三洋，各专责成，则畛域攸分，翻恐因此贻误。分设专阃，三提督共办一事，彼北势均力敌，意见难以相同。七省督抚不能置海防于不问，又不能强三提督以同心，则督抚亦成虚设。议论纷纷，难言实效，必由乎此，不可不慎也。”（注：《左文襄公全集》，台北，文海出版社1983年版，《书牍》，第14卷、第56页。）确实如此。要设立海军，就必须解决统一调度的问题，而这在当时又是一个难以真正解决的问题。