按清朝体制，沿江沿海各省水师，循明朝旧例，各武员如陆营之制，概归各省督抚节制。迄于晚清，此制相沿未改。如1870年，福建洋面轮船渐多，船政大臣沈葆桢即会同闽渐总督兼署福建巡抚英桂，奏请福建水师提督李成谋为轮船统领。嗣后，清廷发布上谕，即命英桂等“传谕该提督，务当申明纪律，严加约束，以肃营规。”（注：《船政奏疏汇编》，台北，文海出版社1984年版，第6卷，第18页。）可见，轮船统领初设之时，就是在总督节制下履行职务的。到1875年第一次海防议期间，闽浙总督李鹤年更明确提出：“今海防紧要，沿海疆臣均属责无旁贷。第无统帅专任此事，讲求实际，仍恐意见分歧，临事毫无把握。……请饬下南北洋大臣督办海防，以重事权，南洋北洋分设轮船统领，由该大臣节制调度，先尽现有轮船，配齐弁兵炮械，归两统领训练，以后陆续添造，分隶两洋。”（注：《筹办夷务始末》，同治朝，第100卷，第19页。）北洋海军初建后，薛福成曾草成《酌议北洋海防水师章程》十四条，其第七条即是添设外海水师提督，建阃津沽，受北洋大臣节制（注：张侠等编：《清末海军史料》，海洋出版社1982年版，第28-29页。）。后来，制订《北洋海军章程》时，便吸收了此条内容，特在“钤制”一节中明确规定：“北洋海军提督有统领全军之权，凡北洋兵船无论远近，均归调度，仍统受北洋大臣节制调遗。”（注：《北洋海军资料汇编》，北京，中华全国图书馆文献缩微复制中心，1994年，下册，第1027页。）海军统领对总督是从属的关系，即指挥权归总督，这是以“懿旨”批准的形式而确定下来的。
    既然如此，那么，各洋海军之间怎样才能做到消除“畛域攸分”而“联为一气”呢？丁日昌提出用“会哨”的办法，建议“三洋提督，半年会哨一次。”（注：张侠等编：《清末海军史料》，海洋出版社1982年版，第11页。）左宗棠认为不一定限定半年一次，可经常会哨，称：“海防一水可通，有轮船则有警可赴。北东南三洋只须各驻轮船，常川会哨，自有常山率然之势。”（注：《左文襄公全集》，台北，文海出版社1983年版，《书牍》，第64卷、第6-8页。）但是，“会哨”既不能违背事权各有攸属的原则，也必然有个以谁为主的问题。李鹤年想了个折中兼顾的办法：“每年春秋二季会哨，春至北洋，秋至南洋。”（注：《筹办夷务始末》，同治朝，第77卷，第60页。）他们的主观愿望固然是好的，但未免脱离实际，在执行中是难以行得通的。后来，海军会操一共才有三次，而且都在北洋：第一次，是在1886年5月，南洋派南琛、南瑞、开济三船来北洋会操；第二次，是在1891年5月，南洋派寰泰、南琛、南瑞、开济、镜清、保民六船北来会操，广东之广甲船已先在北洋，一同随操；第三次，是在1894年5月，南洋仍派寰泰等六船，广东派广甲、广乙、广丙三船，皆来北洋会操。后两次会操，其实就是三年一次的校阅。本来，按《北洋海军章程》规定，南洋各船“调归北洋合操，即暂归北洋提督节制，逐日督同操练，视如北洋兵船，不得稍分畛域。”（注：《北洋海军资料汇编》，北京，中华全国图书馆文献缩微复制中心，1994年，下册，第1042页。）事实上，在两支海军各有隶属的情况下，是不可能真正做到不分畛域的。
    总署章京周家楣倒是看到了问题的关键所在。早在1874年，他便提出了“另立海军”的建议，即改变由疆臣节制的传统模式，“简派知兵大员统之”，“遇有征调，若何调度，由统兵大员酌量布置。”（注：张侠等编：《清末海军史料》，海洋出版社1982年版，第7-8页。）建议采取类似西方海军的领导体制，然其真正意义始终未被当局所认识，更谈不上重视和采纳了。直到1885年，海军如何统一指挥的问题才正式提到议事日程上来。当时，李鸿章认为宜设“海部”，“请特派王大臣综理其事”；穆图善主张“宜于钦派综理王大臣之外，责成派出之疆臣，专主其事”；吴大澂则建议：“添设水师总理衙门在京，特派亲王总理，沿海督抚归节制，于疆吏中派一员督办水师。”（注：张侠等编：《清末海军史料》，海洋出版社1982年版，第59-60页。）正是综合这些意见，清廷于同年10月12日颁布懿旨，成立总理海军事务衙门。
    从后来的海防实践看，无论规定各洋海军归疆吏节制调度也好，中央成立海军衙门也好，均未达到预期的目的。甲午战争爆发后，丁汝昌预筹水陆进踞大同江口，而与李鸿章意见相忤，以致延误了战机（注：《北洋海军资料汇编》，北京，中华全国图书馆文献缩微复制中心，1994年，上册，第541页。）；北洋奏请调南洋数舰北上，而张之洞讬词推脱不行。如此等等，都表明海军的领导体制不顺问题最终没有得到解决。到战败之后，北洋海军将领检讨海战失利原因种种，其一称：“水师统领须有专奏、专行之权，有事之时，相势办理，勿庸请示。如争战一节，乃相机而作，若俟请示，不但军情漏泄，无补于事，且受害无穷也。”（注：陈旭麓等主编：《甲午中日战争》，上海人民出版社1982年版，下册，第408页。）其二称：“中国所有兵船须归一统。及有事之际，南北相助，首尾相顾，庶免一败不能复振。”“各处海疆大臣不得擅留船只，独守一方。”（注：陈旭麓等主编：《甲午中日战争》，上海人民出版社1982年版，下册，第404、408页。）皆实有所指也。早在1875年，郑观应即曾建议，特“派一谙练水战阵势者，为统理海防水师大臣”，使其“专一事权”，“事不兼摄乎地方，权不牵掣于督抚”。并且预言：果能如此，则“十年之后，有不能争雄于域外者，无是理也。”（注：夏东元编：《郑观应集》，上海人民出版社1988年版，上册，第216页。）然而，20年的时间过去了，由于终于未能解决事权不一的问题，他的期望也就无法实现。
    其二，造船与买船的关系。十九世纪六十年代中期以后，清政府开始从西方引进机器生产，创办造船工业，以加强海防，是有一定成效的。但在起初，反对的力量还是很强的。有许多官员仍留恋于闭关锁国的时代，声称：“轮船、机器不足恃也。况中国数千年来未尝用轮船、机器，而一朝恢一朝之土宇，一代拓一代之版章。”甚至危言耸听：“以技艺夺造化，则干天之怒。”（注：中国史学会主编：《洋务运动》，上海人民出版社1961年版，第1册，第122、454-455页。）但是，闭关自守是不可能的，也是没有前途的。正如丁日昌指出：“夫船坚炮利，外国之长技在此，其挟制我中国亦在此。”“船炮二者，既不能拒之使不来，即当穷其所独往。门外有虎狼，当思所以驱虎狼之方，固不能以闭门不出为长久计也。”（注：《海防档》，台北，中国近代史资料汇编本，《机器局》，第1册，第4-5页。）福州船政局创设后，也曾屡次发生兴废之争（注：戚其章：《中国近代社会思潮史》，山东教育出版社1994年版，第261-276页。）。船政面临下马的危险，在有识见之大臣的力争下才坚持了下来。这自然是一次很大的胜利。当时，沈葆桢对船政的进一步发展还是很有信心的。他认为：“厂中多造一船即愈精一船之功，海防多得一船即多收一船之效。况由熟生巧，由旧悟新，即铁甲船之法亦可由此肇端。”（注：《海防档》，台北，中国近代史资料汇编本，《福州船厂》，第2册，第526页。）他期望船政不久即可达到制造铁甲船的水平和能力。然而，由于政局动荡，人事更迭，经费不足，他的愿望终未能成为现实。