第一阶段为清军主力进入江西阶段。康熙十三年（1674）六月始，清军出兵五路，有三支增援东线战场，以确保东南财富之区不为叛军占领，其中一支以安亲王岳乐为定远平寇大将军，率部进入江西迎击吴三桂军。此时叛军已经占领了赣江以西的袁州、萍乡、安福、新昌（今宜丰县），以及鄱阳湖畔的南康（治星子县）、都昌等府县。七月间，耿精忠派出白显忠、郭衷孝两部翻越武夷山，先后占领广信、饶州、抚州、建昌等四府及其属县，广信副将柯昇、参将程凤、把总陈虎等易帜响应，攻打浮梁县。康熙帝对江西战事甚为关注，要求尽快肃清江西地方，扼守赣江至袁水一线，以便集中兵力打击以湖南为基地的叛军，康熙十三年八月，康熙帝给清军护军统领桑额的手书敕谕中，指出江西战场的重要性和当时清军可以相机采取的行动：“江右为粤东咽喉、江浙唇齿，所关甚重。今兵民之心，尚持两端，若不先灭地方小丑，大兵难以前进。至袁州、吉安、赣州尤属要地，若有失陷，则广东声息必至梗阻；广东梗阻，则情势危急。令满兵驻袁州，相机进取长沙。否则固守地方，庶三府可保无虞。将军当亲统重兵以行，毋使兵力单弱，至有疏失。”②至该年底，清军收复江西多数失地，康熙即命岳乐“将江西要地进行整理，稍有就绪进取湖南”，“由袁州直取长沙”，同时令喇布从长江下游进入江西支援岳乐。当时康熙帝的战略布局是：以出兵攻克湖南岳州（今岳阳）、长沙等重镇为上策，倘若军事上不可速胜，至少还可以破坏叛军的后方补给线，甚至夺取敌方的粮草接济自己。康熙十四年（1675）初，岳乐部曾一度进攻长沙，勒尔锦部亦曾渡江南下，进入湖南，但在叛军的有力反击下，均未成功。长沙、岳州等战略要地，仍在叛军手中。
    第二阶段为相持阶段。岳乐进攻湖南未能建功，遂向清廷提出先扫平江西肃清后方的请求，因为当时江西的形势实在不容乐观：“江西形势为广东咽喉，江南、湖广要冲。见今三十余城为贼盘踞，且醴陵逆贼造设木城，增伪总兵十余人，兵七万，猓猓三千坚守长沙、萍乡诸处。臣若撤抚、饶、都昌防兵往长沙，则诸处复为贼有；不撤则兵势单弱，不能长驱。且广东诸路恐亦多阻。臣欲先平江西贼寇，无后顾之忧，然后分防险要，帅师前往。”③
    尽管与康熙进军湖南以消灭吴三桂主力的战略设想不合，但康熙帝还是批准了这个作战方案，只是给的期限很紧，“王宜将江西要地速行整理，稍有就绪，即进取湖南，勿得坐视，致误机会”。此后，在江西的清军分别进剿，对东北境的饶州、广信二府多有收复。康熙的谕旨还明确要求清军占领武夷山和怀玉山西麓的战略通道，切断闽、浙方向的耿精忠部与江西叛军之间的联系。然而此时江西地区已进入梅雨季节，天气开始转热，清军兵马不适。所以在岳乐收复建昌府后，康熙指示他除了留下部分军队固守外，“率大军暂回南昌养马，俟秋凉或取湖南、或攻福建，候旨以行”。但康熙须臾未忘屯重兵于江西之西的吴三桂部，到十四年（1675）九月，在接到江西方面的一系列捷报之后，他依然不断告诫岳乐等将领“贼渠吴三桂也！今不早灭，虽江西、福建之贼尽除，于事奚益？安亲王岳乐，其量拨官兵固守江西，乘冬月速取长沙”。到十一月，康熙再次下旨催促岳乐进军湖南，为此，康熙对岳乐提出的要求尽量给予满足，甚至不远千里将南怀仁研制的新式大炮送到岳乐军前。但由于江西各地的“逆贼”起事此消彼长等原因，直到十五年（1676）二月，岳乐才向入湘必经的萍乡发动进攻。但吴三桂军高大杰部则乘虚迂回，集兵数万围攻赣江中游的重镇吉安，迫使清军回援。不久吉安陷落，江西战场再次向不利于清军的方面转化。至此，清军东线主力迟滞于江西战场已逾一年半，大出康熙预料之外，不仅使其焦虑不堪，同时也让康熙对江西境内的各种反抗及其给清军造成的麻烦留下极坏印象④。
    第三阶段为攻占吉安等重镇，并最终收复江西全境阶段。这些战果与广东形势的变化有直接关系：康熙十五年（1676）二月，尚可喜之子尚之信在吴三桂诱使下，将其父囚禁，与金光祖起兵反清，清军东部战场又出现新的变数。而江西清军既阻隔了尚之信军与吴三桂军联手，也扼守着清军日后南下入粤的孔道。所以赣州城控扼赣江与大庾岭通道的战略地位就凸显出来，而作为防守赣州的前沿重镇吉安就显得分外重要，对此康熙深感忧虑，五月以后连续发布几道上谕，在南昌和赣州之间调兵遣将，指示清军南北夹击，尽早拿下吉安。但进攻始终不见成效，使得康熙帝对指挥江西战事的简亲王喇布十分不满，严词指责他贪图安逸，一直坐守南昌，迟滞不前。十二月，吴三桂派兵援救吉安，同时令已经占领萍乡的马宝部进军永新、安福一带，加强救援吉安的兵力。康熙则命令湖北战场的清军加强攻势以图牵制，“相机前进，以分长沙、吉安贼势”。到康熙十六年（1677）正月，救援吉安的吴三桂军“宵遁”，建昌府等地的清军奉调攻打吉安。同月，广东尚之信部向从江西方向进入广东的岳乐部投降，江西南部的军事威胁基本解除，清军得以集中兵力围攻吉安城，到三月二十一日终于将其攻克。至此，江西境内清军与“三藩”叛军的战事基本结束，清军随之向湖南衡阳、长沙继续进攻。
    二、“湖西”再次沦为战乱重灾区与清军驱逐“棚民”
    明末江西十三府被划为五道，分别为南瑞道、九南道、湖东道、湖西道、岭北道，其中湖西道辖吉安府、临江府、袁州府，道员驻清江，分守道和分巡道的辖区基本一致⑤。上述吴三桂军与清军主力在江西拉锯时，其主要战场就在湖西道一带，而清初“南明”武装的抗清战事也在这一带最久最激烈。
    康熙十三年（1674）初，吴三桂军攻陷长沙，打开东进江西的通道。三月江西巡抚董卫国向清廷报警，请求拨兵防御。五月叛军占领萍乡，安营扎寨，萍乡成为进攻江西腹地最重要的前沿阵地。这样，作为“湖西”地区政治中心的袁州府城虽然不大，却成为阻挡叛军深入江西的前敌重镇，董卫国请设袁临镇，以原任袁州副将赵应奎为总兵官。此后叛军多次进攻袁州，赵应奎力守而且屡屡反击，多有斩获。康熙十三年十月，吴三桂致信诱降，赵应奎则予举报，得到清廷嘉奖，并加左都督衔，予世职。此后，袁州城一直坚如磐石，即使康熙十五年（1676）叛军攻陷了赣江中游的重镇吉安城，袁州军民还是孤城力守，一直坚持到清军大部队全面反攻。
    在此大规模的军事对抗背后，则是“湖西”地区再次成为战乱重灾区，刚刚有所恢复的民众生活又遭兵火破坏。其重要原因之一，是在萍乡等县长期被叛军占领的情况下，“湖西”地方社会的族群矛盾被大规模激化，从康熙十三年开始，以闽籍移民为主体的袁州“棚民”就响应并参加了吴三桂军。袁州地方“绵亘数百里，焚杀淫掳，所过为墟。萍、万二邑再陷，袁（州）城危如累卵”⑥。此后“棚民”作为叛乱军队的有生力量，三次攻陷万载县城和瑞州府的新昌县城，占领萍乡达两年之久，并将其打造成叛军的坚固桥头堡。其影响和破坏深度，更超出一般的两军交战之外。康熙二十二年《萍乡县志》详细记载了这个过程及其造成的巨大损失⑦：
    康熙十三年（1674），吴逆反，陷楚长沙。五月内，棚逆朱益吾等乘机乌合讧起，恣行焚戮，沿乡掳劫。勾引伪将韩大任、陈攻陷萍城，扎营高岗舖，与棚逆图攻郡城。败归，焚杀掳掠人民逃窜。