在上述几类交易的物品中，"田宅、人口、头疋"占有很大的比重，"于内价值千有余定者有之，以三十分取税一分，一契约取四五十锭。其余田产、宅院、人口、马疋价直百十锭者有之，五七十锭之上者有之，三二十锭有之，至微者牛畜之类，不下七八锭。"[37]一般的农产品（粮食、经济作物）、手工业产品等，进入市场交易的数量虽然很大，但总的来说价格不高，在商税中所占比重总的来说比不上前面几项。物品交易完成后，便要到征收商税的机构税务去纳税。税务官吏在收到税钱后，要进行登记："税务应收诸色课程，于赤历单状内须要明白附写物主花名，收讫钱数目，以备照勘。"[38]"赤历"就是加盖印章的财务收支簿册。至于大宗贸易一般都要订立契约，买卖双方持契约到税务投税，税务收税后发给契本。"诸人典卖田宅、人口、头疋，所立文契，赴务投税，随即粘连契本，给付买主，每本收宝钞三钱。""无契本者便同偷税究治。"[39]契本就是官方的收税凭证，纳税领得契本，才是合法的，以后发生纠纷，便以契本来断。如果没有契本，交易就是不合法的，如果发现，便作逃税处置。契本是国家统一印发的，每道收钱中统钞三钱。这是至元二十二年规定的。到了武宗至大三年（1310），改收至元钞三钱。至元钞与中统钞是一与五之比，也就是说增长了5倍[40]。天历元年（1328），"契本总三十万三千八百道，每道钞一两五钱，计中统钞九千一百一十四锭。内腹里六万八千三百三十二道，计钞二千四十九锭四十八两；行省二十三万五千四百六十八道，计钞七千六十四锭二两。"[41]至元钞三钱折合中统钞一两五钱。出卖契本的收入，不计入商税之内，是另立专项的。
    元代蒙文圣旨中，称商税为Tamqa，音译为"探合"。Tamqa的原意为"印"。这是因为商税征收时以契本为凭证，而契本要用税务印才有效，故以"探合"为商税。湖南宁远曾出土一长方铜印，上方边框横刻"宁远务"，两侧边框竖刻"如无此印"，"形同匿税"，中间为元代通行的八思巴文，经研究应是"关防课税条印"。此印显然用于契本，为研究元代商税制度提供了实证。[42]
    元朝征收商税的机构，称为税务，亦称税使司。[43]大都因商业繁荣、商税收入数多，设有税课（后改宣课）提举司。此外，夏都开平（上都）和南方最重要的商业城市杭州亦设税课提举司。税课提举司下辖若干税务。元代文献《元典章》中两处记录了全国的税务数目，一约170所，一约200所，显然，税务的设置在不同时期有所增减。[44]而且，以当时的其他文献参证，税务的设置应不限于《元典章》所载。例如，镇江路的税务，在《元典章》两处记载中都只提到镇江、金坛两处，而在元代中期的方志中则有"在城务，谏壁务，丁角务，丹阳县，吕城务，金坛县"共六处。[45]而上述宁远务亦不见于《元典章》记载。可以认为，元代税务的设立，有不断增多的趋势。
    上述200处左右税务的记载中，按地区区分是："大都等处腹里税务七十三处"[46]，"江浙行省四十处"[47]，"江西行省一十八处"，"福建行省六处"，"辽阳行省二处"，"河南行省三十四处"，"陕西行省四处"，"四川行省二处"，"甘肃行省二处"，"湖广行省一十九处"[48]。只有征收到相当数额的地方才能设立税务，因此，税务的设置大体上反映了各地区市场交易的情况。江浙、河南（元代河南行省包括今河南和湖北、安徽、江苏的北部）和腹里（包括今河北、山东、山西及内蒙部分地区）所设税务较多，市场交易数额较大，尤以江浙为最。江西、湖广次之，辽阳、陕西、四川、甘肃数省，则是落后的。
    元朝政府将商税征收机构按征税数额划分为不同等级。大都税课（宣课）提举司和杭州税课提举司阶从五品。[49]其余税务则按万锭之上、五千锭之上、三千锭之上、一千锭以上、五百锭之上五等，品阶分别是从六、正七、从七、正八、从八。提举司设提举、同提举等，税务设提领、大使、副使。据有的文献记载，万锭之上的税务有杭州在城、江涨、城南、真州（今江苏仪征）；五千锭之上的税务有平江（今江苏苏州）、潭州（今湖南长沙）、太原、平阳、扬州、武昌、真定、安西（今陕西西安）；三千锭之上有建康（今江苏南京）、龙兴（今江西南昌）、温州、泉州、庐州、江陵、淮安、庆元（今浙江宁波）、镇江、福州、成都、清江镇（今江西清江境内）、恩州（今山东武城）、保定、大同、卫辉（路治汲县，今河南汲县）、汴梁（今河南开封）、济宁、东平、益都、大名、吉安[50]。以上共34处。此外还有大都税务提举司所辖，无疑商税在万锭以上，但不在数内。杭州在城、江涨、城南三处，均在杭州境内，真州是长江、运河交汇之地。杭州、真州，还有大都，是当时市场交易最盛的城市。其次便是平江以下诸处。如按地区分析，则腹里11处（太原、平阳、真定、保定、大同、卫辉、恩州、济宁、东平、益都、大名），江浙行省7处（平江、建康、温州、泉州、庆元、镇江、福州），河南行省5处（江陵、淮安、庐州、卫辉、汴梁），湖广2处（潭州、武昌），江西3处（龙兴、吉安、清江镇），四川1处（成都），陕西1处（安西）。这些便是元代比较重要的商业城市，在一定意义上，从它们的分布情况，可以看出各地区商品经济发达的程度。
    元代全盛时，设县1127[51]。而全国税不过200左右或稍多，可知多数县不设税务。从全国来说，绝大多数地区自然经济仍占统治地位，货物交易很少，商品流通有限，以致于没有设立税务机构的必要。这不是说这些地区不征商税，而是采用地方行政机构办理的方式，可以昌国州（今浙江定海）为例。"税课。往宋以海乡散漫，止产渔盐，商贾之所不至，故无征禁。至元二十五年始置，每月柜办中统钞一锭一十八两六钱，今增至三锭半有奇矣。"[52]昌国州的税课，就是商税。数额如此之少，当然用不着设立专门机构了。