对于日本军队杀害俘虏的问题，尽管日本政府在公开场合矢口否认，声称日军所杀的皆是奉命抵抗而伪装成平民的清兵，但日本的参战者在私人记述或谈话中并不讳言日军的杀俘行为。例如，据日军随军记者龟井兹明在日记中所记述：11月21日日军乃木部在旅顺后路三十里堡附近与北撤的清军相遇，“此战俘获白马数头，清兵多达300人。此日俘虏大半被枪杀，剩下的把辫子吊在柿子树上，其中4人咬断了辫发，藏在高粱地里。第二天早晨发现都刎颈而死。其余的俘虏也准备自刎。军夫争着每人要了一名俘虏，借来军刀全都杀死了他们，这时军夫的勇敢不亚于军人。”11月23日，日军“搜索藏匿者，终于捉到30多名清军逃兵，全都砍下了他们的头，曝尸路旁”〔4〕。龟井作为此次战争亲历者的这份自供，彻底戮穿了日本政府《辩护书》的谎言。事实上，日本第二军在进攻旅顺之前，早已在内部作出不留俘虏的规定。在旅顺大屠杀期间，日军第二军法律顾问有贺长雄在一些西方新闻记者的追问下，无意之中说出了内情：日军“在平壤捉了数百名俘虏，不但费钱养活，而且防守费事，故此间不再去捉俘虏。”〔18〕对照龟井在日记里的记述，可知日军的杀害俘虏并不是自发的和偶然的犯罪行为，而是贯彻执行其上级命令的有组织的集体犯罪行为，这表现出日本军事当局对国际公法战争法规的公然蔑视。
    至于日本军队屠杀平民的问题，日本政府考虑难以完全否认，便采取狡辩的办法，一则说旅顺居民早已离开，留下的所剩无几，没有多少人可杀。再则说当时兵民混乱，难以区分，因而造成“误杀”，也是毫无事实根据的。龟井兹明在日记中写道：“到中新街的剧场，入口挂着‘集仙茶园’的匾额，这个剧场在以前21日我二团扫荡市街的敌兵时，人们悉向四面八方逃窜，惟独只有此剧场正中开演中，在充满杀气之地，音乐嘹亮别有一番春风骀荡、花开鸟舞之风趣，在我兵冲进去的时候，由于宪兵的制止没有开枪，为此免遭兵难，……战斗时很多流弹打来，剧团的职员中有十七八人为之而失掉了性命，演员百名的儿童幸免于难。”〔4〕由此可以清楚地看出：旅顺市街的居民是在日军杀入市内时才仓皇地“悉向四面八方逃窜”的，而不是早已离开的；如果不是日本宪兵制止日兵开枪，这上百名童伶也必死无疑。据龟井记述，这些童伶皆是十四五岁的少年〔4〕，他们虽幸免于难，但也说明日军的旅顺屠杀暴行之发生与“兵民混杂”是完全扯不上边的。
    事实上，当时日本的众多参战者也都留下了许多记述旅顺屠杀事件的文字，进一步证明日本政府的辩解声明是彻头彻尾的谎言。兹略举数例如下：
    日本第二军法律顾问有贺长雄：“（旅顺）市街北面为入口处，其中央有一座庙宇叫天后宫，道路两侧民屋连列，户内户外尽是尸体，路上也是尸体横陈，非踏越尸体实难通过。从天后宫东拐，再走便是道台衙门及海军公所，建筑宏伟。其前面是船坞入口，船坞前有广场，沿广场东西行为长街，中间成直角一街向南，将旅顺市街分为东街、中街、西街三条街道，也都堆满了尸体。”〔7〕
    日本随军记者龟井兹明：“我历览市街战后的惨状。旅顺市街向南有三条新街，在街头挂着‘东新街’、‘中新街’、‘西新街’的牌子，……墙倒房塌甚荒凉，路上尸骨堆积如山，血流成河。两侧的民户外边散乱着破烂、瓦片、纸屑、中国鞋等，甚为狼藉。屋内也有伏尸，鲜血淋漓，无处插足。仔细地看看这些尸体，有的被砍掉了头，脑浆迸裂，有的从腰部腹部砍成两半，肠胃全部露出来，其状惨不忍睹。”〔4〕
    日军第二联队步兵洼田忠藏：“看见中国兵就杀，看到旅顺市内的人皆屠杀，因此道路上满是死人，行走很不方便。在家里住的人也都被杀，一般人家也都有三个到五六人被杀，流出的血使人作呕。”〔15〕
    日军野战炮兵第一联队辎重兵小野六藏：“我们第一分队得到允许外出到旅顺市街散步，看到每家多则十多名少则二三名敌尸，有白发老头儿和婴儿同被打死，还有白发老婆儿和媳妇手牵手陈尸在地，其惨状不可名状。”〔2〕
    据以上所引，已经铁证如山，日军进入旅顺市街后，见人就杀，不分男女老幼。证看在被杀者中间，既有白发老人，又有新妇稚儿，能说他们同清兵“难以区分”吗？这是无法自圆其说的。连陆奥宗光在私下里也承认：“把俘虏绑上屠杀，杀害平民，甚至妇女也不例外，这些似乎都是事实。”〔25〕但在公开场合，他却故意模棱两可，说什么“关于这个事件的真假，或者即使是事实，其程序又如何，这里都没有追究的必要。”〔26〕对此惨案，他认为不屑一提，企图用几句疑似之词不了了之。真是像中国俗话所说：醉死不认这壶酒钱！
    当时日本政府对旅顺屠杀所采取的掩饰和回避责任的做法，产生了极其恶劣的影响。有日本历史学者指出：“这样一来，旅顺屠杀事件的责任问题就被搁在一边。但结果从日军的军纪来说，却产生了一个不能掩盖的污点，戏残暴行为毫无罪恶感，以致后来又连续发生了这种行为。”〔24〕不仅如此，由于当年日本政府千方百计地掩盖事件的真相，这便给后来日本国内某些人士为旅顺大屠杀翻案找到了由头。