商税。即古人所谓关市之征，包括两项，一是狭义商税，即店铺门摊经营税；一是商品通过税，包括钞关船料等。狭义商税由各地税课司局等征收，"令所司解州县府司以至于部"[18]。弘治时每岁商税合银13.85万两，嘉靖二十八年（1549年）15.446万余两[19]。钞关船料为商品通过税。张瀚《松窗梦语》云："舟车掌于钞关，为司徒属；竹木掌于抽分，为司空属。"[20]前者指户部钞关，后者指工部抽分。钞关设于水路要津，除临靖、北新关征货物税外，其它关主要针对船只货物体积征通过税。正统至嘉靖时太仓岁入钞关银为4万两，万历二十九年实入26.2万两[21]。
    马草折银。弘治时大臣马文升说：太祖时一应供应俱于原额税粮内免粮买办，"自成化以来科派不一，均徭作弊，水马驿站之克害，户口盐钞之追征，加以薪柴皂隶银两、砍柴、抬柴夫役，与夫买办牲口厨料、夏税秋粮马草，每省一年内有用银一百万两者"[22]。可见，马草为成化以后加派，从"夏税秋粮马草"的提法看，马草当按田粮摊派。全国马草折银岁入太仓数额，正德初年为23.7万两[23]。万历九年后并入田赋。
    银课。洪武以来，浙江、福建、云南等地接连开采银矿，景泰以后屡罢屡兴。正德初年太仓岁入云南闸办（永乐、宣德所新增数额）3万两[24]。
    其它诸项。第一，赃罚银，包括两部分，一为没官银（盗贼追赃与官贵抄家等）；二为赎罪银（犯人交一定银两可获从轻发落乃至释放），如崇祯时边远卫分充军十四年，官犯交赎金1700两，民犯交700两[25]。嘉隆间经工部题准，各地赃罚银4/10解户部，4/10解工部，地方存留二分。嘉靖二十八年司府赃罚并香钱入太仓5.34万两[26]。第二，吏承班银，隆庆初户部尚书马森建议，各司府衙门承差吏农"候缺空闲者，令上纳班银，承差每名四两，吏农每名三两。"候缺空闲的吏员在交纳班银后允其回籍，该项银两岁解太仓。万历初，岁入中包括吏承班银一项[27]。第三，捐纳事例，指通过纳银粮以获得出身或官职。据《明史·食货志二·赋役》载，捐纳事例始自成化年间，其时生员纳米入国子监，军民纳粮250石可为正九品散官。正德、嘉靖间时有开纳，捐官至正七品而止。查《献征录》江西、湖广两省地方官传（该书卷八六至八九），也有秀才纳粟入监而后得知县者。嘉靖二十八年太仓共入开纳事例银46.2万两[28]。第四，僧道度牒。隆庆年间事例，僧道无度牒者交银五两发给一张。万历初年太仓收入中便有此一项[29]。这些都是主要的杂项。
    太仓银库的收入总数，在波动中呈上升趋势：正德初年149万两，嘉靖十一年（1532年）243万两，嘉靖二十八年295.7116万两，隆庆元年（1567年）231万两，万历五年（1577年）435.94万两，天启时327万余两，崇祯八年1281.2（其中旧额423.9、新饷857.3）万两。这里，万历五年突破400万两，是一大飞跃[30]。
    太仓银库的支出主要包括以下几项：
    九边年例，又称京运年例，指每年"发太仓之银"以济九边[31]。九边年例始自正统八年（1443年），这一年"令广东、福建折银解发各边籴备"，正统、景泰年间不过十来万两，弘治、正德时增至40万两，嘉靖十八年为59万两，至隆庆初年猛增至230余万两[32]。除年例外，额外奏讨也很多，仅大同一镇嘉靖初每年"七十七万有奇"，整个九边可想而知了。万历时边饷常在三四百万两左右，崇祯间再度剧升，初年近500万两（额该年例327.8万两），末年近二千万两[33]。边饷剧增导致了太仓的亏空，明廷以加派弥补亏空，无异于饮鸠止渴。九边年例是太仓最大一项支出。
    官俸与军饷，即所谓"公侯伯禄米折银及在京文武百官、京城内外卫所官军勇士折俸"等，其数额，天顺五年（1461年）56万两，嘉靖二十八年68万余两，隆庆初135万两[34]。这是仅次于九边年例的支出项。
    供应内府。弘治时常年供应内府银10至20万两。此外，大宗索取也很多，成化十七年（1481年）诏取太仓银1/3入内库[35]。
    除以上三项主要支出外，太仓银库也要支付赈灾、太常寺猪价、钦赏（番僧、夷人及官军）等费用，个别时期数额也很大，如正德初年太仓赏赐京军银达79万两[36]。
    起运中央的第二类仓库是御用库，确切地说是为内廷服务的仓库。《明史》、《明会要》、《续文献通考》等对该类仓库的记载颇为混乱，还是刘若愚的《明宫史》较为明晰。明代御用库可分为两种：其一为完全为内廷服务的仓库，包括内承运库、内供用库和天财库三库；其二为部分为内廷服务的仓库，统称内十库。
    内承运库包括里库、外库、总库三部分。里库在宫内，有东裕库和宝藏库。外库指"会极门、宝善门迤东，及南城磁器等库"，当在皇城外。总库在皇城内东下马门。内承运库及所属各库主要储存金花银及珠宝等[37]。金花银初为100万两，万历时加至120万两，除给武臣禄10万两外，其余"皆为御用"。个别时期也用于犒边和赈济[38]。
    内供用库主要储存苏、松、常、嘉、湖等地民运的白粮18万石，专供宦官食米。内官的靡费也很多，白粮一石要解户加耗至一石八斗，嘉靖时宦官有年俸500石者[39]。