司钥库俗名天财库，储存钱和内廷诸门（乾清宫门、午门、东华门等）钥匙。以上三库由宦官管理，外臣不得染指。
    内十库包括甲字库至戊字库、承运库、广盈库、广惠库、广积库和赃罚库等十座仓库。主要储存颜料、鞋袄、丝棉、牛皮、兵器、生绢、钱钞、火药及没官物等，源于各司府供纳及钞关。其用项，或供内官之用，或装备京军，或备"奏准支给"。内十库分别由宦官掌管钥匙，户部派有大使、副使等官员参预管理，主事、科道也定期巡视[40]。
    起运中央的第三类仓库是运河沿岸的中转库。会通河修通后，明朝于运河沿岸的徐州、淮安、德州、临清等地设水次仓。起初漕运行支运法，漕粮分别经四仓中转，以至四仓存储颇多。宣德八年后大部分漕粮实行兑运，不经四仓中转。至成化七年又将原来仍行支运的70万石改为兑运，称改兑。此后，徐州、淮安二仓形同虚设，至万历时"无粒米"。临清、德州二仓情况稍好，嘉靖时又改兑一部分，耗米（给运军作运费）羡余折银存入二仓至44.5万两（后入太仓）。万历时二仓仍岁受税粮，积至50万石。在管理上，四仓分别设有主事和监督太监，后者于嘉靖时取回[41]。
    起运中央的第四类仓库，指户部以外诸部、寺仓库，主要包括工部节慎库、兵部太仆寺库、光禄寺库、刑部库等。
    工部也接受全国的抽分、赃罚银、摊派等，比如摊派，隆庆三年"岁派各省料银计50万两"[42]。工部仓库以节慎库为主，系嘉靖八年（1529年）改造工部旧库而成，"以贮矿银"及筹集的料价，主要用于营建[43]。
    太仆寺常盈仓建于成化四年（1468年），专储马价、草场地租等。成化时岁入3万两，万历时60万两，其支出主要有京营买马、"各边之请"、国家营建、赏赍、马市等[44]。
    光禄寺职责是"供奉内府御膳，备办使臣、外夷宴享而已"[45]。除皇帝外，近侍宦官也白吃白拿，滥费酒饭。嘉靖时该寺岁费40万两，源于各司府岁贡。
    刑部也有收入，该部遇有囚犯，"俱追收纸札及赃罚等项，以候各衙门公用。"[46]所谓公用，也就是充办公费用。
    起运中央的第五类仓库为南京诸库。"南京各仓"中每年指派税粮108.3287万石上纳，亦属起运钱粮。但由于南都并无实际职能，所以派往南京的税粮后又部分地改解北京、九边。明末应天、苏州都将部分起解南光禄寺的税粮改解太仓以济边[47]。
    明代中央诸仓以太仓为主，御用库收入也颇为可观，其它仓库在国家财政中起辅助作用。
    下面再谈起运边方。
    起运边方赋税包括民运税粮和盐引两大部分，与军屯、京运构成了边费的四项来源。民运，指户部每年指派北方诸省将税粮运至指定边仓，本色有米、麦、豆，折色为草、布、钞、花绒等，后多折银。嘉靖二十八年（1549年）起运北边诸镇（不包括辽东）粮料总计266.2307万石，隆庆元年（1567年）山东、河南、北直、山西、陕西等省每年民运九边的粮料"共本折约银"364.155万两，明后期山西、山东、河南、四川、北直共解边267.4243万两[48]。民运税粮主要支付九边卫所、营堡官兵月粮及战马草料等。
    起运边方的另一项是盐引，通过开中制实粮九边。明朝的盐引除扣解太仓外，派给九边各镇也很多。成、弘时期每年派给九边两浙、两淮、山东、长芦等盐运司共124万余引，折银57万两。弘治以后，开中法大坏，至嘉、隆时又增加了解边盐引份额，以宣府为例，隆庆四年（1570年）派给该镇仅淮、芦盐引达20.3263万引，全部招纳粮食[49]。但总的说来开中法的恢复困难重重，甚至"各边开中至无人应诏"[50]。由于民运、开中不够理想，以至京运年例不断上升。
    起运属中央财政范畴。从总体上看，其最大支出是边费，这是国防开支，必不可少；其次是内廷靡费，这在封建社会也是无可奈何之事。京、边不足全国国土1/3，但聚敛了一半乃至更多的田赋，以及绝大部分盐课。明王朝将大部分赋税定为起运，并且不许拖欠，其支出也由户部亲自把关，反映了财政管理体制的高度中央集权化。
    二、明代的存留及羡余
    存留是指一部分赋税留于地方，用作常规支出。该项钱粮分别储存于司、府、州县、卫所仓库。
    存留主要源于如下几项。1.夏税、秋粮。弘治时全国税粮存留1176.4865万石，万历时1137.3万石。2.马草。万历六年全国存留410.5792万束，后来改草折银征收。3.盐课。明代盐课绝大部分起运，但也有一小部分存留，如广东盐课一二十万，总督兵饷"不俟他而足"。云南盐课也有3.5547万两"存留备用"[51]。4.户口盐钞。弘治十五年（1502年）天下户口盐钞存留7352.3379万贯[52]。若按正德时户部尚书韩文所言一贯折银三厘计，则共折银22.057013万两。5.商税（包括地方抽分）。在江西南安大庾岭，"番货攸经，例十抽一，军饷共供"[53]。6.赃罚银。明中叶题准，各地留十分之二备用。7.卫所屯田子粒，除小部分起运外，绝大部分存留当地，支给官兵月粮。以上为存留的主要来源，它们与起运的来源大同小异，只是数额略少。