然而，在太平天国时代，受当时认识水平等历史条件的制约，洪秀全依旧借宗教起事，这是可以理解的，原本无可厚非，除非我们否认太平天国揭帜造反的正义性，或是以今天的眼光来苛求洪秀全。尽管宗教在本质上是一种虚幻的世界观，但就太平天国的宗教实践而论，它既有失败、消极的一面，同时又有成功、积极的一面。
        科场失意等个人因素并不是促成洪秀全举兵造反的直接原因，正如有学者所指出的那样，洪秀全的早期思想经历了从追求功名、以道德说教手段改造世道人心到立志反清的发展过程。[7]在这一转变过程中，日益尖锐的社会矛盾的刺激和洪秀全救世怀抱的升华起了决定性的作用。广西是洪秀全早年传教的主要活动区域，境内吏治腐败，盗贼纷起，土客械斗愈演愈烈，同时久旱不雨，瘟疫流行，天灾人祸一起压向困厄中的平民百姓，社会危机四伏，动荡不安。在籍翰林院侍讲龙启瑞忧心忡忡地指出：“窃念粤西近日情事，如人满身疮毒，脓血所至，随即溃烂，非得良药重剂，内扶元气，外拔毒根，则因循敷衍，断难痊愈，终必有溃烂不可收之一日。”[8]正是在这种山雨欲来风满楼的形势下，随着与当地官绅的冲突日益升级，洪秀全逐渐确立了武装反清的志向，其教义也随之发生了变化。在洪秀全早期撰写的宗教诗文中，知命安贫一类的文字俯拾即是，但等到决意反清后，他便断然表示：“过于谦卑或忍耐，殊不适用于今时，盖将无以管镇邪恶之世也。”[9]这一番话是对《新约》中所充斥的忍耐谦卑之说的否定，同时也是对基督教教义最大的改造，体现了洪秀全矢志改造邪恶之世的决心和勇气。洪秀全所心仪的理想社会的蓝本是天下为公的古代大同之世，他就此提出了“天下一家”理论，宣称“天父上帝人人共，天下一家自古传”，强调世人的灵魂均来自上帝，同为上帝子女，彼此都是兄弟姐妹，因此，人们应胞与为怀，恩和辑睦，一体平均。正是基于这一教义，在秘密筹划起义阶段，家境富裕的韦昌辉、石达开、胡以晃等开国元勋纷纷毁家纾难。起义立国后，太平天国又正式实行废除私产、平均分配生活用品的圣库制度，严申一切战利品缴归圣库，严禁私藏金银财物，从而吸引了大量无衣无食者投身起义，并在维护军纪、保障供应方面发挥了积极作用。后来，太平天国又据此颁布了纲领性文献《天朝田亩制度》，憧憬建立一个“有田同耕，有饭同食，有衣同穿，有钱同使，无处不均匀，无人不饱暖”的大同社会。在起义初期，洪秀全、杨秀清等首义诸王也能够同仇敌忾，富有凝聚力，就连《贼情汇纂》也不得不承认：“夫首逆数人起自草莽结盟，寝食必俱，情同骨肉，且有事聚商于一室，得计便行，机警迅速，故能成燎原之势。”[4]（第172页）尽管洪秀全等人最终无力挣脱封建制度的六道轮回，原先闪光的思想逐渐被岁月所磨钝，取而代之的是重建旧的封建统治秩序，营造新的不公正、不平等，但是，我们显然不能因此而牵强附会地将圣库制度与邪教敛财混为一谈，把洪秀全描绘成一个借邪教起家的骗子，彻头彻尾利欲熏心的政治野心家，进而将太平天国宗教视为“一种极端利己主义的政治性邪教”。曾有西方学者认为洪秀全等人是近代中国的改革者，“构成了通过引进西方思想及改革来拯救中国的第一个运动”。[10]姑且不论此说是否可以成立，与前引观点相比，论者至少注意到了宗教表象背后所隐藏的社会政治因素，注意到了洪秀全借宗教造反的初衷。
        在创建上帝教的过程中，洪秀全等人采用了民间教门中常见的一些方式，诸如家族皈依、异乡传教、散布恐怖性预言劝人入教等。如前所述，宗教上的所谓“劫难”实际上是现实社会的苦难在神学世界的投影，洪秀全正是借社会矛盾空前激化之机，宣称“肯拜上帝者，无灾无难；不拜上帝者，蛇虎伤人”，“人将瘟疫，宜信者得救”等等，在广西发展了大量信徒，并审时度势地对其丁酉年（1837年）梦境中的升天幻觉加以附会，宣称自己是上帝次子，奉命下凡做主，进而将入教避劫的宣传升华为斩邪留正的起义号召。与清代民间教门和秘密会党相比，上帝教所信奉的独一真神信仰无疑是一种历史的进步。由于盛行多神崇拜等原因，前者或教派繁多，或山堂林立，因此，它们所发起的历史反清斗争往往因组织涣散、纪律松弛而屡起屡蹶，难成气候。相反，正是借助于独一真神上帝的信仰，洪秀全才得以有效地统一号令，汇聚力量，整肃军纪，使金田起义的星星之火迅速形成燎原之势。另一方面，洪秀全又对上帝形象进行了中国化的改造。基督教中原先纯灵的上帝不仅拥有妻室儿女，而且还不时下凡，对信徒们关怀呵护，指点迷津，赏善罚恶，并许下了在人间营建“小天堂”的诺言。这些均迎合了中国农民务实的性格，激发起人们对未来的热切向往。正是在上帝信仰的激励下，太平军将士才敢于直斥清朝天子和灵界诸神为“妖魔”，以一种冲决网罗的心态来投身征伐江山的事业，为追求“地上太平，人间恩和”的社会理想而铤而走险，义无反顾，从揭帜金田到定都天京，一路高歌猛进。清钦差大臣赛尚阿曾就此慨叹说：“此股会匪与他游匪迥不相同，死党累千盈万，固结甚坚……而所过地方向有愚民陆续煽聚，一经入会从逆，辄皆暋不畏死，所有军前临阵生擒及地方拿获奸细，加以刑拷，毫不知所惊惧及哀求免死情状，奉其天父天兄邪谬之说，至死不移。”[11]显然，太平天国的崛起与初期的迅猛发展与宗教在发动和组织起义方面所发挥的巨大功能是分不开的。尽管洪秀全所推出的独一真神信仰依旧是在造神，带有浓厚的非理性色彩，所孕育出的宗教激情最终仅是泡沫现象，但是，倘若我们脱离了当时的历史背景和客观事实，片面地谴责洪秀全装神弄鬼、对内部实行空前绝后的严厉控制，并以此作为判定太平天国宗教是“邪教”的依据，则未免过于简单化。
        洪秀全等首义诸王从一开始就实行多妻制；定都以后，洪秀全更是僻处深宫，足不出户。清人笔记据此推断洪秀全“性淫”、“淫恶”，潘旭澜一书、史式一文也指斥洪秀全“尽情发泄性欲”、“多妻纵欲”，甚至说他与邪教教主一样都是“淫棍”。这种结论似乎过于武断。笔者认为，多妻制与荒淫纵欲并不完全是同一个概念，或者说因人而异，至少洪秀全与纵欲过度的杨秀清就有所区别。《天父诗》一书刊行于1857年，共收500首诗，其中洪秀全的诗作占有400多首，纯粹以宫闱中事为题，是其私生活的真实写照。该诗集并没有任何写风花雪月的内容，而是板着面孔，订立了许多清规戒律，不厌其烦地教训自己的后妃如何恪守妇道和名分，如何遵守礼仪。如第303首规定“嫂在洗宫（指浴室，引者按）姑莫进，姑理洗水嫂莫进”，第462首规定“不准讲及男人”，等等。可见洪秀全是真道学，而不是假道学，并且其严别男女、恪守伦常的思想十分严苛和偏执。另据洪天贵福透露，他一共有天光、天明两个弟弟，以及两姊三妹。[12]照此说法，再加上业已夭折的第二子和乘袭东王爵位的第五子洪天佑，洪秀全一共生有10个子女，其中长、次女和洪天贵福还是其原配夫人和续弦赖氏所生。与拥有后妃80多人相比，这一数字几乎是不成比例。
        总之，太平天国宗教“邪教”说在立论上存在着明显的破绽。论者没有首先就宗教论宗教，对太平天国宗教缺乏应有的研究和了解，也没有区分“邪教”一词在不同时代的不同含义，而是避重就轻，片面罗列一些史实，采用以点代面的方式进行推论。当然，论者的本意也并不在于探讨太平天国宗教，而是借“邪教”说来全盘否定太平天国。《太平杂说》一书便认为洪氏宗教“实际上是一种极端利己主义的政治性邪教”。史式一文干脆套用时下的“邪教”定义将太平天国对号入座，断言“以这五项标准来衡量，太平天国正是不折不扣的邪教”，全然不顾太平天国是国号的名称，与上帝教是两个完全不同的概念。