商鞅一方面宣扬“刑无等级”，企望自君主以至庶人，全体社会成员都有知法守法之义务，在适用法律上体现出法的平等性原则；但另一方面，无论在理性领域，抑或在现实法制中，又都存在着“以爵抵罪”的等级法条款。从这一意义上分析，商君之法是一种平等地适用不平等的法律。
    2.轻罪重罚。与儒家倡导的“恤刑主义”理论相左，商鞅认为在秦这样一个被中原各国视同“戎狄”的蛮荒之国，应坚决奉行“轻罪重罚”的施刑原则。《商君书·说民》篇说：“刑重其轻者，轻者不生，则重者无从至矣”。人的本性是趋利避祸，统治者在政治上如果不加选择地盲目依恃伦理感化力量，是不可能整饬秩序，消弥犯罪现象的。只有利用刑罚这一外在强制性的威慑机制，才有可能在短时间内拉平秦与中原六国的差距。基于这种考虑，商鞅审时度势，主张充分发挥刑法的恫吓效能，手段之一就是轻罪重罚。既然轻罪者要施以重刑，重罪就匪夷所思了；既然轻罪者不敢触犯，重罪就更无人敢以身试之了。“无先王之禁，刺杀、断人之足、黥人之面，非求伤民也，以禁奸止过也”[22]。用死刑、刖刑、黥刑等酷刑处罚罪犯，其用意并不仅仅在于惩治犯罪者本人，终极目的是希望通过重刑来对全社会成员起一预防犯罪的作用。商鞅“轻罪重罚”学说不仅在其佐秦时期就已转为施刑原则，而且一直影响着秦汉的司法制度。譬如，“或盗采人桑叶，臧不盈一钱，可论？赀繇三旬”[23]。有偷摘桑叶者，即使赃值不足一钱，也要罚服徭役30天。
    3.“刑用于将过”。犯罪行为本身有一个发展过程，就一次犯罪行为来分析，从产生犯罪动机到预备犯罪，再从实施犯罪到最后完成犯罪，前后存在着四个不同性质的演进阶段，对于不同阶段的犯罪应有严格的界定和法律裁评。但商鞅认为这只是天下大治之后必然产生的法治现象，在秦这样贫穷落后的国家，必须恪守“乱世用重典”的法制传统。缘此，商鞅将已遂犯和预备犯、未遂犯同等对待。“刑加于罪所终，则奸不去，赏施于民所义，则过不止。刑不能去奸而赏不能止过者，必乱。故王者刑用于将过，则大邪不生；赏施于告奸，则细过不失”[24]。在天下尚未实现大治之前，治国之原则应是刑罚多、赏赐少。人们犯了重罪才用刑罚，奸民就永远不会消除以身试法之心。用刑罚不能控制犯罪现象，用赏赐不能激励人们向善，国家必将大乱。合格的统治者应懂得把刑罚用在人们有犯罪意念但还没有付诸行动之时，犯罪现象就不会发生。基于这种逻辑，商鞅主张最好在预备犯罪阶段，即在犯罪行为完成以前的各个发展阶段上，制止犯罪行为的升级，并将“犯人”交付司法机构，处以与已遂犯同等的刑罚，杀一儆百，以期收到预防犯罪的社会功效。从现代法学理论来分析，预备犯罪是犯罪行为的组成部分，应担负相应的刑事责任。如果犯罪行为在预备犯罪阶段就被制止了，或者自行中止了，就不会产生或不会完全产生危害社会的后果。因此，在量刑上就应该从轻处罚，或者免除其刑事责任，即处罚预备犯罪应该轻于已遂犯罪。但是，商鞅在特殊阶段为了发挥刑罚的威慑作用，竟然将未遂犯和已遂犯完全等同视之，予以同样性质的刑罚，这种“刑用于将过”的法学理论，实质上开创了“意识有罪”的先例，对秦国和秦以后封建社会的法制产生了深刻的影响。譬如，“甲谋遣乙盗，一日，乙且往盗，未到，得，皆赎黥”[25]。“赎黥”是秦律对一般盗窃犯施用的刑罚，但这属于一件盗窃共犯案，甲乙两人共同策划预谋，甲派乙去行盗，尚未到达盗窃地就被擒获了，本应属于盗窃未遂犯，但结果甲乙两人均受到盗窃已遂犯的“赎黥”刑罚。这一案例，其立法根据就是商鞅关于未遂犯与已遂犯同罪的法学理论。
    与中原各国相比，秦国的封建化过程整整晚了两个世纪。“诸侯卑秦，丑莫大焉”[26]。要在这种贫穷落后的基础上迅速赶上中原国家的发达水平，必须付出几倍于中原国家的辛勤汗水。特殊时代必须用特殊之法，商鞅以“重刑主义”理论为依托，以法治秦，取得了良好的社会效果：“移风易俗，民以殷盛，国以富强，百姓乐用，诸侯亲服”[27]。秦国经过商鞅21年的训导，终于进入了言必称“商君之法”的“法治”社会。