抗战胜利后，国民政府针对收复区内烟毒泛滥的情形，于1945年2月制定《收复地区肃清烟毒办法》，规定自中央政令确能到达之日起，6个月为施戒期限，2年为肃清期限。为鼓励烟民自新，还规定施戒期内可斟酌情形，对烟民免处刑罚。（注：《益世报》“禁烟专刊”第32期（1947.12.2）。）
    收复区在施行烟禁过程中，由于“勤教”有余而“严绳”不足，无法彻底贯彻中央政府完全断禁之精神，加上各地肃清烟毒限期转瞬即至，所以国民政府在1947提4月重新修正颁布《收复地区肃清烟毒办法》，明确规定在施戒期限届满后，经检举调验尚有瘾者，即以复吸论罪，处死刑或无期徒刑，审判机关在审判实践中须依规定援用。（注：《益世报》“禁烟专刊”第4期（1947.5.27）。）
    对原国统区的烟毒治理，除援用《肃清烟毒善后办法》外，国民政府在1946年2月修正颁布《禁烟禁毒治罪条例》，该条例除加重对聚众抗铲烟苗的处罚外，还增列制造抵瘾丸药，栽种麻烟，公务员军警滥换或隐没查获之吸食鸦片或吸用毒品之器具等新罪刑；同时对吸食人犯，也体现“尚教而不尚刑”的精神，除刑事处罚外，“得指定相当处所予以禁戒”。（注：《益世报》“禁烟专刊”第4期（1947.5.27）。）
    随着断禁工作的不断推进，全国各地均有较大收获。据1946年统计，全国发现种植烟苗者共15省计140县区又1旗，铲烟654098亩，又25454812株，又20驼，收毁烟籽7斗4升2合。同年及1947年上半年，23省市查获烟犯连同击毙烟匪25266人，缉获烟毒品34118.7两，又400余小包，烟具19126件。（注：《益世报》“禁烟专刊”第15期（1947.8.12）。）西南各省是烟祸重灾区，历来鸦片被地方势力视为经济命脉之所在，但在严厉实施断禁时期，种植面积也急速递减。据国民政府统计，1945年种植面积四川为2260.33公顷，西康为946公顷，甘肃为0.07公顷，青海无，共计3206.4公倾；1946年，四川为2000公顷，西康为812.6公顷，甘肃为3.33公顷，青海无，共计2816.93公顷；1947年1月至7月，四川为1185.2公顷，西康为100公顷，甘肃为2.50公顷，青海无，共计1287.7公顷。（注：国民政府行政院档案，《西南各地禁烟状况答问》（1947.9.2）。）
    为使禁令通行全国，内政部设立“江苏兼上海”、“安徽”、“浙江”、“河北”、“山东兼青岛”、“闽粤”、“豫晋”、“鄂赣”、“西康”、“四川兼重庆”、“东北”、“滇黔”、“热察绥”等14个督导区，每区派禁烟特派员1人，督导专员3人，专司督导禁政之责。（注：《益世报》“禁烟专刊”第15期（1947.8.12）。）
    然而，烟祸日深，积重难返。到1948年底，随着人民解放军发动三大战役，全歼国民政府军主力，南京国民政府的统治已岌岌可危，禁烟工作也告结束。
    综上所述，对于烟毒的治理，南京国民政府作过一定的努力，也取得过阶段性的成绩，北洋军阀时期烟毒大泛滥的局面，在国民政府时期得到了基本的扼制。但是国民政府始终无法完成肃清烟毒的历史使命，究其原因，首先在于“借烟生利”的劣根性始终伴随政府的禁政事业，同时也影响着执行禁烟政策的个人，加之政府缺乏长远的禁烟整体计划，禁政更迭频繁，禁令忽张忽驰，禁烟工作无法深入开展下去；其次，国民政府时期连年混战，中央政府危机四伏，国际毒源依旧，禁烟合作成为天方夜谈，在这种客观环境下推行禁政是很难收到良好效果的；再次，由于民众素质低下，整个社会缺乏正当的文化娱乐，人民终年劳苦，毫无慰藉，因而极易沾染烟毒，这也是国民政府禁烟收效甚微的原因之一。与之相反，新诞生的人民共和国，利用群众路线的优势，制定铁腕政策，实行禁烟肃毒的人民战争，历经三年图治，力除积弊，尽扫烟毒，创造出“无毒中国”的人间奇迹，这是南京国民政府所无法比及的。