在各项措施次第实施后，至元二年（公元1264年），忽必烈罢侯置守，推行迁转法，省并州县（注：《元史》卷六《世祖纪三》，至元二年闰五月诏：“诸路州郡府，若自古名郡，户数繁庶，且当冲要者，不须改并。其户不满千者，可并则并之。各投下者，并入所隶州城。”），并在各路建置总管府以治理地方行政。新的路总管府主要职责是“管领民讼差税”（注：王恽：《秋涧先生大全文集》卷八五《为运司并入总管府选添官吏事状》。）。后来陆续将军户、驿站等事交由总管府兼领。至元八年，“罢诸路转运司入总管府”（注：《元史》卷八《世祖纪五》。）原转运司“所管酒税、醋税、仓库、院务、工匠、造作、鹰坊、打捕、金银铜铁、丹粉、锡禄、茶场、窑冶、盐竹等课并奥鲁诸军，尽行并入各路总管府，通行节制管领”（注：王恽：《秋涧先生大全文集》卷八五《为运司并入总管府选添官吏事状》，《四部丛刊初编》本。）。十年十二月，近侍伯都以路总管府权力过大为由，建议恢复转运司。中书右丞相安童指出，“今之管民官，循例迁转，保无邪谋，另立官府，于民未便”（注：《元史》卷八《世祖纪五》。）。忽必烈同意安童的意见。不久元军大举攻宋，一度复置转运司，但十四年四月再度撤销，事入总管府。至此，地方各路行政、财赋、司法等均归总管府负责，形成新的路总管府制度。元人所说的“各路设总管府以治民，万户府以统军”，大体上反映了元初北方地区的政治形势。（注：郑玉：《师山集》卷六《珊竹公遗爱碑》，道光善道堂修补本。）
    二、各地路总管府的建立
    元代各地总管府的建置经历了一个相当长的过程。《元史·百官志》称，“诸路总管府，至元初置”。作为路级行政机构的总管府，首先推行于北方各地，南宋灭亡后又在南方实行新的路总管府制，并且也把这一制度推行到边疆地区。
    （一）北方诸路总管府的建立
    在路总管府制的形成过程中，北方地区相继建置了总管府。部分政区如中都（大都）、太原、平阳、北京、西京、京兆、延安、中兴、兴平等路，稍作调整，辖区变化不大。因行政需要新建了一些路级政区。
    京畿及河北地区，开平、抚州相继建置上都路、隆兴路总管府；邢州、洺州、怀州先后置顺德、洺磁、怀孟等路。大世侯张柔辖区顺天路，几经调整后于至元十二年改称保定路。原史氏辖区真定路，调整后领“中山、冀、晋、赵、深、蠡府一州五土地人民”，并单独作为拖雷家族分地（注：《元文类》卷一九《真定路先圣庙碑》。）。蒙哥之子玉龙答失分地卫州，至元三年置卫辉路（注：《秋涧先生大全文集》卷五一《塔必公神道碑铭并序》云，“至元三祀，诏以卫封皇侄玉隆答失为采邑，升州而路……由是，卫以三州五县列河朔剧镇”。）；宗王旭烈兀分地彰德，于至元二年设置彰德总管府（注：《元史》卷五八《地理志一》。）。大名、河间等路亦先后进行调整，建置总管府。
    山东地区，原世侯辖区东平、济南、益都等路先后被分割。济南路，旧领淄、陵二州，为世侯张荣的辖区。至元二年，“淄州割入淄莱路，陵州割入河间路。又割临邑县隶河间路，长清县入泰安州，禹城县隶曹州，齐河县入德州，割淄州之邹平县来属”，经过分割，济南变为散府，其辖区仅存历城、章丘、邹平、济阳四县。后于至元十五年六月，“升济南府为济南路”（注：《元史》卷一○《世祖纪七》。）。东平路，旧为严氏辖地，领州县五十四，至元初年，“析而为十”，从中分出东昌（博州）、济宁（济州）二路，曹、濮、高唐、泰安、德、恩、冠七州，经过析分，东平成为散府，直到至元九年，“改下路总管府”。益都系世侯李璮故地，至元初从中割出登州、莱州及宁海州等地。
    河南、河西地区，也陆续建置了新的总管府。南京路原领二十州，中统初从中分出河南府路，后又经过至元年间的调整，演变为一路（汴梁）三府（南阳、汝宁、归德）分领诸州。巩昌总帅府旧领府、州二十七，原为汪氏所领，经过调整领府四，州十五。甘州、肃州也先后设置总管府（注：《元史》卷六《世祖纪三》至元五年二月条称，“析甘州路之肃州自为一路”，而《地理志》则谓至元七年升路。）。沙州，原隶肃州路，至元十七年，升沙州路总管府，领瓜州。据《元史·地理志》记，“沙州去肃州千五百里，内附贫民欲乞粮沙州，必须白之肃州，然后给与，朝廷以其不便，故升沙州为路”。