元代路总管府的下属机构较为复杂，缺乏前代完整划一的体系。《元史·地理志》云，“唐以前以郡领县而已，元则有路、府、州、县四等。大率以路领州、领县，而腹里或有以路领府、府领州、州领县者，其府与州又有不隶路而直隶省者”。元代诸路是在府州的基础上建立的，与宋、金依据山川地理划分路境显然不同。其直属机构可分为四类，即府（散府）、州、县和录事司，而路、府又有复合结构的特点。散府品秩正四品，稍低于总管府，置官亦很接近，仅缺治中而已，“所在有隶诸路及宣慰司、行省者，有直隶省部者；有统州、县者，有不统县者，其制各有等差”。路治所在地的府、州例由总管府兼领，不再另设衙门，总管府直接管辖其属县。如张庭珍“起复南京路总管，兼开封府尹”（注：《元史》卷一六七《张庭珍传》。），济南总管张宏，“至元初，例迁真定路总管兼府尹”（注：《元文类》卷五○《张宏行状》。）。大都、上都两路为都城所在地，称都总管府，所在地大兴、开平二府始终不废，但其府尹亦由两路都总管兼任。录事司，正六品，置于路的治所，掌城内民户差役及治安等事，“列曹庶务一与县等”（注：《至顺镇江志》一六《宰贰》。），至元三十年，全国置司一百零三所（注：《元史》卷一七《世祖纪一四》。），唯大都及上都系都城所在，置警巡院。
    从路总管府行政体系来看，其结构较为复杂。有的同时领有府、州、司、县。如真定路的直属单位就有中山一府，赵、冀、深、晋、蠡五州，真定、藁城、栾城、元氏、获鹿、平山、灵寿、阜平、涉等九县以及录事司。江浙行省庆元路，领有奉化、昌国二州，鄞、象山、慈溪、定海四县及录事司。某些路级政区，其下仅有司、县或者县级机构。云南、湖广等边远地区有的总管府下没有府、州、县等建制，元朝政令一般只能下达到路总管府这一级，然后通过土官推行到各溪洞甸寨。岭北行省的和林路较为特殊，不设达鲁花赤，其下亦无州县建制。
    元代路置总管府，“总管一路之政”（注：《漳州府志》卷三，《四库全书》本。），负责辖区司法、行政、财政等项事务，与宋、金时期路制级政区诸司分立之制不同。元人许有壬认为，“我朝为路，路则今制”（注：《安阳县金石志》卷一○《彰德路创建鲸背桥记》，台北石刻史料新编本。），指出元代路制并非简单沿有宋、金之制，而是赋予了新的内容。路级政区的增多，也使其失去一级政区的地位，在多数情况下，路为元代行省之下的二级政区。同时，元代路级管理体制也显得零乱复杂。元朝是以蒙古族为主体的封建王朝，中统以后，采用汉法，但仍保留了不少蒙古旧俗，各项设施始终具有蒙汉杂糅的二元文化特色。从这点来说，不可能完全按照传统的郡县等级制度来规划地方政区，而且元朝疆域辽阔，“土宇旷远，诸民相杂，俗既不同”（注：《元史》卷一五八《许衡传》。），民族众多，各地区、各民族的人口、经济、文化水平并不一致，也很难用严格的郡县制来划一治理。蒙思明先生曾指出，“元代政治之粗疏简漏，朴野放任”（注：蒙思明：《元代社会阶级制度》之第三部分《两种阶级之冲突及其混合》，中华书局1980年版，第84页。）。元代路总管府制度正体现了这一特征。