在论述到我国过渡时期的上层建筑问题时，杨献珍说，就我自己来说，对于上层建筑的认识是不太明确的，只是模糊的认为社会意识形态就是上层建筑。在斯大林的《马克思与语言学问题》的著作出版之前，我对于上层建筑能够积极帮助自己的基础的形成和巩固，能够采取一切办法帮助新制度来根除和消灭旧基础阶级的作用，能够加速或延缓社会发展的作用，是认识不够的。接着杨献珍根据他对上层建筑的理解剖析一些同志提出的：既然我国在过渡时期社会的基础中包括了资本主义经济成份，就应当在上层建筑中有它的地位，否则，就是不合逻辑的。对此，杨献珍认为：中国过渡时期的基础是由多种经济成份构成的，但在这些经济成份中，社会主义的国营经济是整个国民经济的领导成份，是矛盾的主导方面，在此基础上产生的上层建筑，就应是也只能是工人阶级领导的工农联盟为基础的人民民主专政的政权和马克思主义世界观，而不是其它。因为只有马克思主义的世界观才能为这个基础服务得好。他在引述了《共产党宣言》中“思想的历史难道不是证明，精神生产的随着物质生产改造而改造么？任何一个时代的统治思想都不过是统治阶级思想”后，指出：在过渡时期的中国，既然我们都承认工人阶级是领导的阶级，国营经济是国民经济的领导成份，在这种情况的条件下，马克思主义之成为统治思想，成为中国过渡时期的政治、法律、宗教、艺术、哲学的统治观点，自然是理所当然，天经地义的。此外，一些同志还提出另一个观点：“上层建筑是为基础服务的，基础中又有资产阶级，上层建筑是马克思、列宁主义观点，那么，是否马列主义也为资产阶级服务呢？”对此，杨献珍作了极富哲理的回答，他说，从过渡时期我党对资本主义工商业的政策就决定了，马列主义只为工人阶级、劳动人民服务，而决不会为资产阶级服务。今天我们处在过渡时期允许资产阶级存在，允许私人资本主义有某种程度的发展，一方面这是照顾了资产阶级的合法利益，但另一方面也正是为了工人阶级和劳动人民的利益而去照顾资产阶级，不是单纯为了资产阶级的利益而去照顾资产阶级。我们党正是按照社会发展规律来指导中国革命。当资产阶级在发展工业上还有其一定积极作用的时候，为了工人阶级和劳动人民的利益，必须允许资产阶级存在，才是正确的政策。
    综上所述，统观杨献珍就我国过渡时期发表的《关于中国新民主义社会的基础和上层建筑问题》和《关于中华人民共和国在过渡时的基础与上层建筑的问题》两篇文章，其观点是鲜明的，立论是深中肯綮的，逻辑是严密的，具有强烈的针对性和深远的科学价值，是我国经济理论研究领域中，坚持把马克思主义的普遍真理和中国实际相结合的典范，是一位对党对人民富有高度责任感、使命感和充满理论勇气、旺盛斗志而又能够正确运用辩证唯物主义和历史唯物主义的立场、观点、方法去探寻、研究中国社会主义建设道路的马克思主义经济学家。
    然而，不幸的是，从1964年开始直至“文化大革命”的10多年的时间里，“综合经济基础论”一直被极左路线和林彪、“四人帮”当作批判的耙子、攻击的目标。他们利用广大读者不能看到杨献珍文章的内容，不明全文的真相，采取断章取义，移花接木，无中生有等手法肆意对其诋毁诬陷，把它说成是“抹煞社会主义与资本主义谁战胜谁的斗争”，是“矛盾调和论”和“阶级调和论”，是“反对社会主义道路”。1970年中央党校“革命大批判组”更进一步为他罗织罪名，把它说成是“反对无产阶级专政的反动理论”，是“唯生产力论的变种”，是“主张社会主义经济和资本主义经济‘平衡发展’”，是“为资产阶级服务”等等，即使在文化革命结束，“四人帮”垮台后，还有人对杨献珍揪住不放，他们在《哲学研究》1978年一、二期合刊上撰文继续对他的文章肆意进行篡改，歪曲，甚至诬蔑杨献珍的“综合经济基础论”是为刘少奇的巩固新民主主义秩序的右倾主张立论等等。在那种黑白颠倒是非不分的政治气候下，“单一经济基础论”，却被公认为是占统治地位的正确论点，被写进有关文件、被编成哲学教科书而广泛发行，让广大干部和全国高等院校的广大师生学习。据有关图书发行部门提供的统计数字显示，从1962年艾思奇主编的中国第一本哲学教科书到今天的几十种不同版本的哲学教材，印数达数十万册，有的至今仍以“单一经济基础论”观点作为教材任其谬种流传。面对这种严重有悖于改革开放后中国现行经济体制状况的现象，我们庆幸地看到：中国人民大学哲学系学者马俊峰、北京大学教授黄楠森等人，根据改革开放的实践和我国在社会主义初级阶段建立起来的多种所有制共存并共同发展的体制，郑重地提出了应该对“综合经济基础论”重新作出客观、公正、实事求是的评价，以彻底否定和破除以“左”倾思想路线为特征的“单一经济基础论”。1996年9月，黄楠森在纪念杨献珍诞辰100周年学术研讨会上说：“一个社会的经济基础是占统治地位的所有制，而作为经济基础的生产关系的总和是占统治地位的所有制内部的关系的总和--这是50年代（甚至是今天）从苏联教科书传过来的观点，被认为是唯一正确的观点。杨献珍同志在50年代初期提出的关于新民主主义社会或过渡时期基础的观点不仅是一种解释中国社会经济基础的新观点，而且在理论上也违背了苏联教科书的观点，这在当时是离经叛道的，确实需要很大的理论勇气或者说政治勇气，才敢提出来。今天的条件当然比当时好多了，但我认为这种独立思考，有根有据地提出新观点的精神仍然是值得倡导的。”黄楠森还说：“杨献珍同志提出的关于经济基础的理解，我认为仍有进一步探讨的必要。教科书对经济基础的那种理解未必符合经典作家的论述，也不符合人类社会实际情况。既然没有一种社会经济形态只有一种所有制，既然不占主导地位的所有制为这个社会提供了农产品、工业品、社会服务，从经济上支撑了这个社会，为什么它不是这个社会的经济基础的一部分呢？承认某种所有制是某种社会的经济基础的一部分是否就是承认它应该发展壮大而不能加以限制或消灭？我认为对前一个问题应给以肯定的回答，对后一个问题应给以否定的回答。总之，杨献珍提出的有些问题今天仍未解决，这些问题的解决在今天对于坚持和发展马克思主义哲学是有重要意义的”。