1833年，当耶酥会试图重返中国时，他们曾设想重复利玛窦当前的方式，即谋求进入北京，用欧洲先进的天文学和数学打动最高统治者，谋到钦天监的职位，为传教打下良好的基础。北京的天主教教徒也乐观地相信，如果做到这一点，“全国人民以至高级官员，必将衷心欢迎。不久整个帝国行将接受信仰。因为在平民和士大夫之间，在皇帝朝廷之中，耶酥会的声誉受到特别尊敬，甚至认为一位博学多才的耶酥会会士比帝国的官员和学者要强得多”。[6]1840年，耶酥会派往中国的三位神父取中文名为南格禄、艾方济和李秀芳，即是沿袭南怀仁、艾儒略和利玛窦的中文姓氏，甚至在路线上，他们都试图重复当年利玛窦的足迹。
    然而事与愿违。由于科学的发展，耶酥会土中找不到象当年利玛窦那样能掌握科学前沿知识的了，“在澳门只有一两个中等程度的数学家”。[7]（p.31）三位传教士又是乘坐了英国军舰到达了上诲，这一小小的细节已昭示了情况不比当年：十字架和炮舰为伍回到了中国。
    天主教中最早重返中国的耶酥会并未完全放弃当初的设想，但教廷划定的传教范围限于包括江苏、安徽和山东的南京主教区，进入北京的愿望又落空了，接着，退而求其次谋求南京的计划也大打折扣。甫一到南京，南格禄就写到：“我认为能从中国寄出一些天文地理等观察资料，这是为欧洲，特别是法国的耶酥会争得了很大的荣誉”。1846年，南格禄还设想，“当我们在上海布置就绪之后，我想建立一座小型的天文台。如果人们未必要我们编一本历书，我们也可以另搞一本，在准确性方面一定可以超过第一本”。[7]（p.57）但繁忙的传教工作使得这些研究工作一再地推迟，庞大的江南教区科学文化计划也因太平天国运动很久未能开展起来。客观因素的阻碍或许是第四度来华的天主教偏离了明清间来华的耶酥会士传教路线的原因之一，中西政治、经济、军事力量对比的显著变化或许才更具决定性。当传教士发现天主教并未预想的那样为中国民众立即接受，当他们回想起在英国军舰的庇护下所拥有的方便和安全感，对1844年来华的法国公使拉萼尼寄予希望就很正常了。南格禄写道：“四散在中国内地教区的洋人中，有些人称法国公使在这伟大帝国里是教会的救星；可是也有人对公使在中国所办的事抱怨不满。在听不到英国大炮轰击声的遥远内地，对拉萼尼先生获得的弛禁上谕并不那么欢迎，因为反而引起人们对教友的注意。在这以前，内地的传教士尚可在隐姓埋名的情况下求得太平，如今反要受到一时的麻烦了，因此产生不满。若干传教士则要求拉萼尼公使向皇帝要求传教士有进入帝国内地的自由，并要求将皇谕在各省公布。可是这能否办到？是否应该从这点上着手？至少我们希望公使的努力能逐渐见诸成效；而对天主教弛禁上谕的宣布将能摧毁中国人头脑里的许多偏见。”[8]在几起教案发生之后，传教士们更坚定地收起了他们的耐心。1858年，一位传教士在上海码头看到许多欧洲军舰，并获悉英国谈判代表正前往天津签订条约，由衷地写道：“感谢上帝恩赐我们这次远征，并使之变成降福于中国和拯救中国的机会”。[5]（p.94）随着西方列强用炮舰强加给中国更苛刻的不平等条约，为西方人包括传教士带来更多的特权，天主教却发现更多的教案发生了。但此时的天主教也陷入了和反教者同样的偏执状态。利玛窦的谦卑和对中华文化的景仰已让位于居高临下的救世主心理：“难道我们不是比他们（中国人）优越得多吗？我们不是更雄伟、更聪明、更灵巧、更人道、更文明吗？不仅如此，文明不论在哪一方面，不是比他们更有价值吗？”[9]天主教会把这一切归结为贪婪、狂热的中国官绅的煽动，愚昧低级地拒绝接受福音的中国民众的鼓噪，他们抱怨说：“为每寸土地，每个新建筑，我们都得同知县、总督本人斗争。他们轮流地，有时联合一起地起来反对我们。我们提出条约，他们不承认，我们拿出护照，他们不理睬，或装出恭维的样子；而对我们提议要办的事情则永远是反对，不准；有时干脆断然拒绝，有时却给我们提意见而同时煽动绅士、文人与民众起来反对。”[10]而粉碎中国人“阴谋”的最好办法便是法国政府的更强硬的态度，他们要求处死肇事者，撤销当地官员职务，索取高额赔偿。结果是，上帝的代言人为自己谋求尘世的利益而整天忙个不停。而这除了中国人更深的敌视，他们得不到别的。
    比较而言，新教对教案的此起彼伏能在一定程度上理性对待，并对自己的传教方式加以反思和改变。他们对中国社会进行分析之后，认为士大夫实际统治着中国。李提摩太曾对中国文人、官员的数量做过一个估计：县级以上的主要文官2289人；营级以上的主要武官1987人；府视学以上的教育官吏1760人；书院教习2000人；派驻各省城的高级候补官员2000人；经科举考试获得秀才的文人约60万，以其中5%为重点，计30000人；经过挑选的官吏与文人家庭的妇女儿童，以10%计算，4000人，共计4万多人，平均每县30人。影响了这4万多人，就等于影响了中国3亿多人。[11]而要影响这些人，必须先介绍、传播西方先进的科学、文化知识，取得这些人的信任，才有可能让这些人接受基督教。
    天主教和新教在华活动的不同特点和它们自己属性不同有关。新教的出现是资本主义发展的必然产物，是适合资本主义社会的宗教形式，而罗马天主教是同封建社会“相适应的，具有相应的封建教阶制的宗教”。[12]宗教改革之后，天主教虽然为适应形势需要，多有改革，但直到19世纪，仍保留着许多封建烙印。同时，天主教对宣传西方伴随资本主义产生的新的自然科学和社会科学知识兴趣不大，倒在相当程度上把欧洲的封建秩序移植在中国，实际上阻碍了中国社会走向资本主义的进程。