值得注意的是，晋升平四年（360）初慕容儁去世，升平三年与群臣宴谈明志，升平二年曾发生实际针对慕容垂的巫蛊之案。史载：
    燕吴王垂娶段末柸女，生子令、宝。段氏才高性烈，自以贵姓，不尊事可足浑后，可足浑氏衔之。燕主儁素不快于垂，中常侍涅皓因希旨告段氏及吴国典书令辽东高弼为巫蛊，欲以连污垂。儁收段氏及弼下大长秋、延尉考验，段氏及弼志气确然，终无挠辞。掠治日急，垂愍之，私使人谓段氏曰：“人生会当一死，何堪楚毒如此！不若引服。”段氏叹曰：“吾岂爱死者耶！若自诬以恶逆，上辱祖宗，下累于王，固不为也！”辩答益明，故垂得免祸，而段氏竟死于狱中。出垂为平州刺史，镇辽东。垂以段氏女弟为继室；足浑氏黜之，以其妹长安君妻垂；垂不悦，由是益恶之。[3]（p3172～3173）
    这一事件，《晋书》载记及《太平御览》所录《十六国春秋》均失载，赖《通鉴》得以存留。事件的起因虽有可足浑氏对段氏不满的成分在内，主要还是慕容儁对慕容垂强烈的疑忌心理。巫蛊之事，显然是无中生有。慕容儁收掠段氏及吴王属官，颇有置慕容垂于死地的意味，段氏悟出其中的利害，拼死不招，终至枉死狱中。由于段氏之死，事情似乎不了了之，慕容垂暂时虽无性命之忧，但仍遭贬谪。慕容儁对慕容垂的打击部分达到了目的，这一事件或许可以视为他对身后之事考虑的一个环节。
    这一事件中涉及的可足浑氏与段氏的矛盾也值得分析。段氏为段末枉女，出自鲜卑段部。段部自段务勿尘立国辽西，为晋幽州刺史王浚所联合，共同抗击刘石。务勿尘死，子段疾陆眷立，后族子段末柸继立；段末柸死，弟段牙立，后段疾陆眷孙段辽杀段牙而立，终被慕容皝与石虎联手攻灭。鲜卑段部与晋的接触较早，联系也更密切，实力开始也较慕容部为强，且数次与慕容为敌，所以慕容廆、慕容皝父子均与之联姻，以缓和二者关系，谋求在辽东拓展势力。慕容皝称燕王，追尊慕容廆为武宣公，夫人段氏为武宣后；立夫人段氏为王后，世子儁为王太子，看来慕容皝与慕容儁之所以能承袭父位，都与母后段氏大有关系，与段部这样一支强大势力的存在有关，可谓是子以母贵。由于有这样的显赫背景，慕容垂妻段氏得以自傲，以贵姓自居，招致了可足浑氏的嫉恨。慕容儁、慕容暐之后可足浑氏，陈连庆认为当是慕容部贵族[6]（p66、68）。是段国既灭，慕容君主转而与部内贵姓通婚。慕容皝之妻可考者除段氏外，还有兰氏，生慕容垂；高氏，生慕容恪。兰氏，为匈奴四大贵族之一，《魏书·官氏志》：“北方有乌洛兰氏，后改为兰氏。”清人陈毅、近人姚薇元均以为即匈奴兰氏，其说甚是[6]（p11）。北匈奴遁走，留在塞上的余部大量涌入辽东与鲜卑融合，但除宇文部外，已不能占据主导地位。兰氏人物在前燕出现极少，反映其地位不高，慕容皝欲立慕容垂，受到来自下面的压力而作罢，这压力可能部分来自段部；慕容垂不被立为嗣子，可能与没有强大的母族支持有关。高氏，盖出于高句丽，慕容部与高句丽之间战争不断，多有虏获，高氏大概是被掠之属。这样看来，慕容鲜卑君后嫡庶之分，关键在其所出氏族的贵贱强弱与否。在这样的背景下，子以母贵，就包含与汉制重立嫡子相当不同的内涵，差异之处在于慕容鲜卑君主之妻后往往拥有强大的妻族后族为外援，其成为正室是有实力作支撑，而不仅仅是空有名分，从而干预政治的现象也就往往有之。自周以来汉族君位继承以立嫡立长为原则，即以自然原则确立继承人的优先权，消除选贤与能所带来的统治上层的争斗，保证统治集团内部的稳定。以自然原则代替竞争原则，旨在防篡杀，虽然争位篡杀的事例代代而有，但立嫡立长的准则被一致认同，凝固成国家意识形态的的一部分。慕容鲜卑自慕容廆以来推行汉制，君位传承形式上实行立嫡立长，这固然是其汉化成果的一个表现，但我们应该看到这种表象背后深深的鲜卑部落传统烙印。
    慕容垂出奔前秦后，由于王猛设计陷害慕容垂父子，世子慕容全（一作“令”）又逃回前燕，后被杀。前秦淝水战败，慕容垂乘机复国，定都中山，建立后燕政权。慕容垂称燕王，慕容全母弟慕容宝被立为太子。慕容垂即皇帝位，慕容宝称皇太子。近十年中慕容垂东征西讨，先后翦灭丁零翟氏和西燕慕容永这两支重要的割据势力，奄有前燕之地，国力也臻于鼎盛。后燕建兴十年（395），慕容垂命慕容宝率大军伐魏。对这场战争，后燕内部有不同的意见。《通鉴》晋孝武帝太和二十年五月条记载：“散骑常侍高湖谏曰：‘魏与燕世为昏姻，彼有内难，燕实存之，其施德厚矣，结好久矣。间以求马不获而留其弟，曲在于我，奈何遽兴兵击之！拓跋涉珪沉勇有谋，幼历艰难，兵精马强，未易轻也。皇太子富于春秋，志果气锐，今委之专征，必小魏而易之，万一不如所欲，伤威毁重，愿陛下深图之！’言颇激切。垂怒，免湖官。”北魏自道武帝拓跋珪复国，一直依赖后燕的支持，后燕也借之来保障北边的安全。燕魏如何由结盟到为敌，本文无意置论。不过后燕大军征战历年，已呈疲势。慕容垂在讨伐西燕前，就遭到诸将的反对，“以慕容永未有衅，连岁征役，士卒疲怠，请俟他年。”[2]（p3088）北魏虽叛，不过只是后燕北边的一个小国，远非心腹之患，慕容垂于灭西燕次年不顾将士疲怠，一意孤行，再次出动大军伐魏，并坚持以太子慕容宝为统帅，颇耐人寻味。
    慕容垂在前燕时虽历经坎坷，但在君位以世传授这一点上却与慕容儁意见并无不同。慕舆根劝慕容恪代立，慕容垂建议诛杀慕舆根。[2]（p2848）在立慕容宝为太子后，慕容垂对其加意培养。后燕建兴三年（388），慕容垂为慕容宝起承华观，以宝录尚书政事，“巨细皆委之，垂总大纲而已。”[2]（p3087）不久又以宝领侍中、大单于、骠骑大将军、幽州牧。建兴八年，加慕容宝大单于。让慕容宝录尚书事，是锻炼其处理政事的能力；加大单于号，等于把统军大权交给慕容宝。使继承人领兵、主政，是十六国时期较为普遍的作法（注：如汉主李寿以其太子势领大将军、录尚书事；石勒也使其太子省可尚书奏事，“征伐刑断大事乃呈之”。见《晋书·石勒载记下》；石虎时，“使（石）邃省可尚书奏事，选牧守，祀郊庙；惟征伐刑断乃亲览之”。石宣为太子，“为大单于，建天子旌旗。”“以石韬为太尉，与太子宣迭日省可尚书奏事。”见《晋书·石季龙载记上》。），意在使继任者获得行使权力的能力与实力。空有太子之位而无实力作后盾，想要成功继位几无可能，匈奴刘汉、前赵、羯石氏在易位之际的历史已证明了这一点。慕容垂接受历史的教训，力图防止类似事情在后燕发生，采取种种手段确保太子慕容宝顺利继位。为慕容宝立嗣，是慕容垂稳定慕容宝太子地位的又一举措。史称“初，垂以宝冢嗣未建，每忧之。宝庶子清河公会多材艺，有雄略，垂深奇之。及宝之北伐，使会代摄宫事，总录、礼遇一同太子，所以见定旨也。”[2]（p3093）
    慕容宝所获得的这些待遇，比起前燕太子与诸王齐冠远游无疑有了很大提高。但他的太子地位仍有不稳固的一面。前文提到慕容垂妻段氏为保全其夫而枉死狱中，慕容宝即此段氏所生。慕容垂称燕王，又纳段仪之女为继室，史称后段后。慕容宝初为太子，“有美称，已而荒怠，中外失望”。后段后曾劝慕容垂从其他诸子中择贤而立，慕容垂不纳，称：“汝欲使我为晋献公乎？”[3]（p3427）太子能力受到怀疑，甚至有废立的意见提出，这不能不使慕容垂警惕。另外，慕容宝作为太子一直留守中山，诸弟如慕容农、慕容隆、慕容麟等则随慕容垂征战四方，都是能独当一面的将才。没有值得夸耀的功勋来威服部人，以慕容部崇尚勇武的传统来看，慕容宝的确是难以服众的。后秦姚苌进击苻登，尹纬建议：“太子纯厚之称，著于遐迩，将领英略，未为远近所知。宜遣太子亲行，可以渐广威武，防窥窬之原。”[2]（p2972）尹纬此语，或许可以作为慕容垂坚持以慕容宝领重兵而伐弱魏之举的注脚。我们以为，慕容垂派慕容宝伐魏意在以必胜的把握去打一场小仗，使慕容宝借战胜之威来稳固地位，顺利继承燕统。