在各殖民地首府及其重要港口设有贸易专署的分支机构，负责殖民地贸易的各项业务。
    贸易专署机构是西班牙王室实行垄断贸易的最高机构。它所制定的各项法律，维护了宗主国的利益，保证从殖民地获取大量财富。在强化对殖民地的统治，垄断贸易等方面起过极其重要的作用。
    2.双船队制度。
    西班牙对西属美洲殖民地的贸易垄断政策，使其他欧洲国家对西属美洲殖民地贸易难以插手，各国为了与西班牙争夺殖民地的财富，支持海盗袭击和劫掳西班牙商船，给西班牙商人造成巨大损失。西班牙商人和船主为抵御海盗的袭击，把公元1500年用青铜铸造的加农炮很快安装在商船上。十六世纪中叶，大帆船上的加农炮大量增多，一艘船上安装多达15门，甚至甲板上装备着一排排的加农炮。西班牙政府对从事贸易的船只采取保护措施，实行由军舰护航的双船队制，以确保商船的海上安全。
    西班牙王室规定，一切开往殖民地的船只只许由塞维利亚启碇（1717年改为加迪斯）；到殖民地后，只许在维拉克鲁斯，卡塔赫纳和波尔多贝略停泊，所有货物不仅必须由西班牙船只载运，而且这些船只必须结成船队，并在规定时间启碇。为了防止外国海盗的袭击，于1543年正式建立了所谓“双船队制”，并实行军事护航，把所有登记开往殖民地的船只组织起来，分为两个船队。第一支船队在四、五月间起航，开往维拉克鲁斯，所载货物主要销到墨西哥、中美洲和加勒比海各岛屿。这个船队称为法洛塔。第二支船队在八、九月间起航，开往卡塔赫纳和波尔多贝略，货物主要运销到南美各地。这个船队称之为加勒内斯。每队商船数目不等，一般由四十到八十艘组成，另外配有六艘到八艘军舰护航。由船队司令率领的前卫舰只在前导航，商船随后，后卫舰队则注意海盗从侧翼袭击，以确保船队抵达已指定的港口。
    上述措施，保护了西班牙商船在大西洋海上航行的安全，对十六世纪西班牙与西属美洲贸易的发展起到明显的效果。“西班牙与‘新世界’从事贸易的船舶吨位在1500年前后总计三、四千吨之间。到1565年，增加到了一万五千吨。在1588年西班牙舰队败给英国的前夕，吨位数总计在二万五千吨到三万吨之间。1608年达到顶点，西班牙与‘新世界’贸易船舶吨位总计四万五千吨。”⑥
    由于实行了双船队制度，使西班牙进出港口的商船吨位数在十六世纪上半期到十七世纪初这个阶段中呈上升趋势。
    3.新大陆货物集散地的形成。
    西班牙船队运往西属美洲的货物有供应殖民者所用的奢侈品和生活必需品，如面粉、油、酒，有一些是价值不大的钮扣、花边、天鹅绒、丝袜、纸、玻璃珠以及宗教书籍，还有为了生产白银所需要的大量水银。
    每当西班牙船队抵达殖民地之后，必须在指定的地点和城市组织起大集市。当‘法洛塔’到维拉克鲁斯后，由于维拉克鲁斯气候不适宜，将集市设在墨西哥山区的哈拉帕举行。集市吸引来四面八方成千上万的印第安人，他们带来土特产品，如糖、兰靛、腌肉、皮革、香兰果、坎佩切的木料、塔巴斯科的胡椒、瓦哈卡产的受人们珍视的染料胭脂红等。贸易过后，这些输出品被运到维拉克鲁斯装船。但价值最大的是铸成长条状的象柴堆一样堆放在贮藏场的白银。⑦
    加勒内斯船队抵达波尔多贝略，商人的帐棚城镇沿着海滩兴建起来，租船费、食品的价格突然暴涨到特殊的水平，人口也增加二至三倍。殖民政府的税官也好似蜜蜂飞到蜜罐前一样对商人们收税，他们还负责管理吵架、赌博和投机，发放许可证并检查船只的装卸货物。⑧商人们在公共广场摊出用船运来的货物，官员们则对价格加以审核批准，集市便开始。有一次集市持续了达四十天之久。购买者来自殖民地的其它港口和城镇。有时，有二百多匹骡子组成的长骡商队，从巴拿马城蜿蜒到此。这些骡队载着由秘鲁船队运到巴拿马城的货物，如成箱的金银、可可、酒、用来制造奎宁的金鸡纳皮、骆马毛绒和宝石，在码头上发货以备装船运往西班牙。这里炎热的气候，在集市期间造成人们的大量死亡，使港口成为疫菌的窝巢。当集市过后，波尔多贝略又变成一座死城。
    加勒内斯商船队抵达的另一个口岸是卡塔赫纳。它是南美北部新格兰那达地区的主要港口，为西属美洲北部地区接受各种值线的舶来品，又从此地装运由委内瑞拉提供的黄金、棉花、可可、咖啡、糖、皮革和兰靛。由新格兰那达运来的货物主要是黄金。在十六世纪则超过一千六百万英两。⑨新格兰那达又是钻石、翠玉以及其它宝石和半宝石的产地，其沿海地区还运来咖啡、糖、兰靛和皮革等农畜产品。驶进卡塔赫纳的商船队，以在此港装卸货物的时间大约在一周左右，然后转舵向西北方，一帆风顺地直达圣安尼奥角，绕过去开进哈瓦那港。
    西班牙商船队不准直接开往阿根廷的拉普拉塔河，因此货物必须再从巴拿马转运到利马，然后用骡子或骆马驮运，越过安第斯山脉，陆行三千英里，最后才到布宜诺斯艾利斯，这种难以想象的运输方法，使货物运到阿根廷时成本增加八倍，从西班牙到布宜诺斯艾利斯的来回时间长达二年之久。