哈瓦那是西班牙商船队集结的中心，两支船队在殖民地指定港口装卸货物之后，第二年三月到哈瓦那会合，一道返回西班牙，在塞维利亚港卸货接受贸易专署的检查。
    在新旧大陆之间的贸易中，西班牙商人在西属美洲殖民地经常采取欺骗和强制并用的手段与印第安人进行不等价交换，来获取极其昂贵的金银、贵重器物和农产品，这种欺诈性贸易常常是公开抢劫的补充。
    4.关税和其它捐税。
    西班牙政府向从事与西属美洲殖民地贸易的商人征收进、出口税和名目繁多的赋税达四十多种，⑩这些贸易税收成为王室主要收入来源，用以支付庞大的官僚机构与豪华宫廷生活的费用。
    在十六世纪初期，每逢商船队离开塞维利亚港口时，贸易专署向商人们征收全部船货价值总量2.5％的出口税，还征收一种类似保险费的“损失费”。对于从西属美洲殖民地运回西班牙的一切货物，则征收7.5％的进口税。西班牙王室对奴隶的贩卖者也征收关税和赋税，“引进奴隶的每一张许可证，要索取两个杜卡特。……同所有运进的商品一样，都要付7.5％的进口税。”（11）
    西班牙王室对西班牙与西属美洲贸易口岸的关税率曾经作过多次变动，关税率变动的总趋势是越变越高。
    1543年王室规定，在塞维利亚征收2.5％的出口税，殖民地的进口税减少为5％。同时还规定，在塞维利亚对来自殖民地的货物征收5％的进口税，另加10 ％的销售税。1566年，王室又把在殖民地的进口税增加到10％。此外，在殖民地还加征收2.5％的出口税。运往殖民地的货物关税，不是以商品在西班牙的价格为基础，则要按其在殖民地的售价，要比在宗主国内高出三至十倍，而税收则在此基础上征收。例如，“西班牙产的毛纺呢绒衣服，在西班牙国内价格为2.5比索，而在布宜诺斯艾利斯则出售到20比索。”（12）这样王室可以获得更多的收入。在殖民地末期，西班牙王室则规定，向殖民地出口，在西班牙最后加工的别国商品的关税为12.5％，其它外国货物关税高达29％，此外在货物出售时和转销时，另征6％的销售税。（13）
    在殖民地所有从事商业活动或出售货物的商人、拍卖人、制造业者、地主都要在税务官吏所安排的一种缜密的组织系统下缴纳赋税。为了便于收税，税官责承分类的各个售货集团负责，商人必须在二十四小时内报告全部销售额，地主每四个月报告一次。康苏拉多替城市商人汇总缴付税款，以确保王室的大宗收入。殖民地时期西班牙王室仅从墨西哥贸易中就获利一亿二千三百万比索。
    贸易关税和杂税表面上是对从事贸易的商人征收的，但实际上使西班牙商品价格在殖民地出售时大幅度提高。商人们所交纳的税额无疑全部转价到购买商品的殖民地各阶层人民头上，加重了人民的生活负担，这实质上是王室对殖民地劳动人民的变相掠夺。
    三欧洲诸国与西班牙对殖民地贸易的争夺
    西班牙对美洲殖民地实行垄断贸易政策，独享从殖民地掠夺性贸易的好处。引起英、法、荷诸国对美洲殖民地的争夺，主要表现形式是海盗行径和走私活动。各国海盗是以武力手段袭击抢劫西班牙海上船只，夺取财宝和货物。而走私活动主要是把大量货物偷运到殖民地，与殖民地土生白人从事贸易往来获取利润，打破西班牙人在殖民地的独占的贸易垄断局面。
    1.海盗劫掠。
    海盗是西班牙与殖民地贸易在海运过程中的最大威胁。十六世纪是海盗蜂起的时代。海盗大多是外国的船长，他们袭击西班牙的财宝船队，洗劫殖民地的沿海城市，用武力破坏西班牙的排外主义。（14）1522年，受雇于法王的佛罗伦萨海盗，掳获了三艘西班牙商船，其中二艘满载着来自墨西哥的金银财宝，另一艘满载来自伊斯帕尼奥拉的蔗糖、皮革等货物。1554年，弗朗索瓦·莱·克拉尔克率领法国军舰一度攻占古巴的圣地亚哥，劫掠之后，将该城焚毁。1555年，雅克·索雷率领法国海船又使哈瓦那遭此厄运。
    西班牙政府为保证大西洋上商船队的安全，防范海盗的拦劫和袭击，于1561年组建印度舰队。由梅嫩德斯担任护航舰队总司令，次年，他亲率包括四十九艘帆船，其中六艘是军舰的船队离开西班牙。此后，他的护航舰队往返于西印度群岛与西班牙之间。他在任期间，还向王室建议制定印度群岛贸易条例，其主要内容包括：在西班牙与西印度群岛之间的一切航行必须护航，建立巡洋舰中队，常驻西印度群岛搜索此地区的海盗并全年在主要航道上巡逻，主要港口设置坚固的防御工事并派正规守备队驻防。西班牙王室采纳了他的建议，不惜耗费巨款进行加固港口的工程，主要加固的港口有卡塔赫纳、圣地亚哥、圣胡安和哈瓦那，在这些港口修筑工事修建炮台。把作为所有返归西班牙的一切护航船只安全集结的哈瓦那，尽可能地建设成为一座攻不破的堡垒。西班牙加强防范措施取得一定的成效，在梅嫩德斯任职期间（1561—1565）“捕获了五十多艘海盗船。”（15）