谭嗣同认为，荀学的基本宗旨与孔学全然对立，主要表现在：一，违背孔子“民主之义”，提倡“法后王，尊君统”，“授君主以莫大无限之权”（注：谭嗣同：《仁学》三十。）。二，违背孔子平等宗旨，“喜言礼乐政刑之属”，（注：谭嗣同：《仁学》二十九。）严上下等差。三，“以伦常二字，诬为孔教之精诣”（注：谭嗣同：《仁学》三十。），为君主提供最有效的“钳制之器”。从叔孙通以下的后儒，正是继承发展了荀子尊君权、严等差、重纲常的思想，使君权愈尊，平等尽失。基于这一分析，谭嗣同得出了二千年来之政皆“秦政”，二千年来之学皆“荀学”，“二者交相资”的著名结论，（注：谭嗣同：《仁学》二十九。）揭示了自秦汉以来中国二千年间政治、文化的基本格局。谭嗣同将二千年来的后儒之学统称之为荀学显然不妥。但他将尊君权、严等差、重纲常概括为荀子和后儒之学的宗旨，这就更准确地揭示了后儒之学的本质。
    相比之下，宋恕提供的孔教变质史显得别具一格，他对后儒的抨击、否定也更为猛烈、坚决。宋恕认为，中国自汉初以来，“儒教之实早亡”，在此之后的儒学乃是“阳儒阴法之学”，“其学阳尊孔孟，阴祖鞅斯，务在锢民聪明，拂民天性，驱民入于狉榛之域、奴仆之区，严防其界，使民救死不暇，以迎合世主。”（注：宋恕：《致冈鹿门书》。）他宣布，自汉以来“以法乱儒”、“阳儒阴法”的魁首是叔孙通、董仲舒、韩愈、程颐，此四人乃是危害中国的“四大魔”。
    康、谭、宋三人所提供的孔教变质史，不仅具体说法不尽相同，而且彼此间还存在一些矛盾。比如，康有为大力推崇、表彰董仲舒，而宋恕却认为董是危害中国的“四大魔”之一。康有为认为曾子所传乃“据乱世之学”，使孔学开始变质、走样，而谭嗣同却认为曾子直传孟子，这一派是“竟孔之志”的。但值得我们注意的是，在抨击程朱、批判理学这一点上，他们是一致的。康有为将朱熹看作是孔学第三期的败坏者，明确主张“排斥宋学”。谭嗣同虽视荀子为败坏孔学的首恶，但又指出程朱不仅是“荀之云礽”（注：谭嗣同：《仁学》三十一。），而且将荀子尊君权、严等差、重纲常的思想发展到极端，从而将中国引向最黑暗的时代。宋恕更是认为，“阳儒阴法之学，始于叔孙通，极于宋程朱”，（注：宋恕：《致冈鹿门书》。）程朱乃是“四魔”中为害最大者。所以，他的“孔教复原”，具体目标便是“排洛闽之伪教，以复洙泗之真教。”（注：宋恕：《致夏穗卿书》。）更值得我们注意的是，康谭等人不仅揭示了程朱理学维护封建专制统治的本质，而且对程朱理学的理论体系也作了颇为全面的清算。对于程朱的一套基本观点，如理在气先说、义理之性说、变化气质说、去人欲存天理说、纲常神圣永恒说等，都有程度不同的分析批判。可见，他们对于清算、批判程朱理学更为重视。谭嗣同曾引朝鲜人的话说：“地球上不论何国，但读宋明腐儒之书，而自命为礼义之邦者，即是人间地狱。”（注：谭嗣同：《仁学》三十四。）而宋恕则主张“学者案头”“不可一日有洛闽经说”（注：宋恕：《六字课斋津谈·尊孔类》。）。这反映，他们对程朱理学的憎恶之情是何等之深！
    在孔子之后，中国历代流行的其实是后儒之学。宋明以后，实际流行的是程朱理学。它长期被看作是儒学的正宗，在官方的支持下拥有不容侵犯的权威。经过元明清三代朝廷的表彰，程朱已成为“今之孔孟”。明清之际学者陈确曾感叹说：“世儒习气，敢于诬孔孟，必不敢倍程朱。”（注：《陈确集·文集》卷四，《与黄太冲》。）可见，程朱在那时的地位影响是何等之高、之大。正如冯友兰先生所说：“就像现在西方的君主立宪国家，君主被架空了，实权在于内阁总理。在元、明、清时代，孔丘虽然还是被尊为‘至圣先师’，但却被架空了，朱熹是他的‘内阁总理’。”（注：冯友兰：《中国哲学史新编》（人民出版社1988年版）第五册，第159页。）在戊戌时期， 几位维新派思想家对程朱的清算批判，就严重动摇了程朱理学也就是中国流行儒学的统治地位。若套用冯先生的“内阁总理”说，那么，对儒学而言，他们所从事的乃是“倒阁运动”。否定、批判后儒之学、流行儒学，这是康、谭、宋等维新派思想家发动“孔教复原”的重要目的，而流行儒学遭到严重打击则是这场“孔教复原”所造成的重要后果。