在章太炎看来，民族主义史学与爱国主义、国粹主义史学是一致的。他在1906年东京留学生欢迎会上发表的演说辞中，明确指出：“为甚么要提倡国粹？不是要人尊信孔教，只是要人爱惜我汉种的历史。这历史，就是广义说的，其中可以分为三项：一是语言文字，二是典章制度，三是人物事迹。”如果不重视祖国的历史，“就不晓得中国的长处，见得别无可爱，就把爱国爱种的心，一日衰薄一日。若他晓得，我想就是全无心肝的人，那爱国爱种的心，必定风发泉涌，不可遏抑”。直到晚年，他哀痛国土沦丧，还到处反复强调研究历史和学习历史对于挽救民族危机、增进国民爱国心的重要作用，大声疾呼读史。《历史之重要》云：“不读史书，则无从爱其国家。即如吾人今日欲知中华民国之疆域，东西南北究以何为界，便非读史不可；有史不读，是国家之根本先拔矣。……不讲历史，昧于往迹，国情将何由而洽？”“昔人读史注意一代之兴亡，今日情势有异，目光亦须变换，当注意全国之兴亡，此读史之要义也。”《答张季鸾问政书》又说：民族主义精神必须时时牢记胸中，不可须庾忘却，“惟民族主义日日沦浃胸中，虽积之十百年，终有爆发之一日。宋亡民不能救也，俞七八十年而香军起；明亡民不能救也，逾二百七十年而民国兴。此岂揭竿斩木之为力哉？有民族主义在其胸中，故天下沛然响应也”。甚至说：“中国今后应永远保存之国粹，即是史书，以民族主义所托在是。”
    章太炎十分注意运用历史直接为当时的反帝国主义侵略和推翻清朝统治的民族民主革命服务。他曾在《与邓之诚论史书》中直言不讳地自称：“鄙人提倡读史之志，本为忧患而作。顷世学校授课，于史最疏，学者讳其伧陋，转作妄谈，以史为不足读，其祸遂中于国家。”辛亥革命武昌起义爆发后，全国响应，推翻了清朝，章太炎认为，这就是历史民族主义观念深入人心之故，他在《致袁世凯书》中赞扬道：“炳麟不佞，始以历史民族之义提倡光复，……逮乎辛亥，大义举于武昌，十有四省应如反掌。夫惟历史民族主义，足以为全国斗杓，故举兵不为犯顺，推亡不为篡盗。”面对当时日本帝国主义的侵略，章太炎运用史学武器，揭露和鞭挞侵略者的罪行。《台湾通史题辞》以大量的史实证明“台湾者，实中国所建置”，对中日马关条约的“割台”深表愤慨。他还发表《马相伯、章太炎联合宣言》，“以历史及掌故等言，证明东三省属中国”，指斥“日本攻东三省，实明知取非其有，故遁其辞曰自卫；又不可，乃文其罪而造满洲国。人民不服，而有义勇军，非明明伪造耶？”又“根据史实，证明热河与满洲无关”，并“电达日内瓦，昭告世界”，义正词严地宣告：“东三省为中国领土，不容分割！”
    正是基于对历史学的如此重视，章太炎很早就致力于“新史学”理论的构建，特别是新史书的编纂工作。他继承发扬传统史学理论中“六经皆史”说的精华，更注意“看东西各国的书籍”，将其中“有学理”的东西“收拾进来”（《演说录》），“取其“新理”（《译书公会叙》）。在《訄书·哀清史》所附的《中国通史略例》中，他说，“今日治史，不专赖域中典籍”，西人的“心理、社会、宗教各论，发明天则，烝人所同，于作史尤为要领”。他吸收了西方资产阶级的进化论学说，并以此作为观察和研究社会历史的指导思想。他认为，“新史学”的一个基本任务，就是要“发明社会政治进化衰微之原理”。在《訄书·原变》中，他提出了以人类生产工具的改进作为衡量社会历史进化发展标志的观点，说：“人之相竞也，以器”。“石刀、铜刀、铁刀，则瞻地者以其辨古今之期也。”他又在《訄书》的《原人》、《序种姓》等文中，用进化论观点考察了华夏民族的形成历史，以及中国原始社会的状况和向阶级社会过渡的历史，提出了“社会阶级”、“历史民族”等富有理论色彩的概念。当然，章太炎持“中国人种西来说”，故他不可能真正解决中华民族的起源和发展问题。在《官制索隐》中，他还以进化论为指导，将中国历史划分为几个发展阶段，即“太古草昧之世”、“神权时代”、分裂的“专制时代”、混一的“专制时代”。并认为各个社会发展阶段间并无截然的界限，后一阶段是前一阶段的合理进化和发展，旧社会形态中孕育着新社会的萌芽，新社会中又有旧社会因素的残余遗留。又认为战国秦汉间和清末分别是中国历史的两大转折点。
    章太炎进一步用进化论史观为指导，对封建旧史书的弊病进行了猛烈批判，并提出新史书的编纂理论和具体主张。他在给吴君遂的信中，指出中国传统史学实“难当意”。它们或则忽视社会文明进化史，或则忽略典章制度史，或则徒知记事，或则专事武断褒贬，所编成的史书，秽芜简陋，识断低下，昧于“进化之理”。在《訄书·尊史》里，他也批判“中夏之典，贵在记事，而文明史不详，故其实难理。”并指出：“非通于物化，知万物之皆出于几，小大无章，则弗能为文明史。”《哀清史》也指出，旧史虽然体裁众多，但都是单纯的史料堆积和史实铺陈，缺乏抽象的概括，“皆具体之记述，非抽象之原论”，不能探求“社会政法盛衰之所原”。特别是有清一代之史书，则更是连单纯记载事实这一点也做不到，这完全是清朝统治者实行文化专制主义高压政策的结果。清廷大兴文字狱，“焚史隐恶”，使历史学家“莫敢记述时事，以触罗网”，甚至“崇其谀佞，奖虚美，专以驾言诳耀”，竭尽歌功颂德、曲笔逢迎之能事，“卒使一家之史，捇焉以斩，遗美往恶，黯k3i201.jpg而同尽”，所写史书根本没有真实性可言。《哀清史》篇所附《近史商略》全面评价宋、辽、金、元、明诸史，特别是《清史》，认为编写《清史》，应把重点放在揭露“满洲的秽德”，以激励民族思想与爱国主义。由于清代“人材今绝，徒有狐媚之臣，乃少猜阻之士”，故《清史》不必立《卓行传》，但必须立《佞幸传》。对当时修成的《清史稿》，章太炎在多次讲话中都提出“应重修”。因为它“写了很多无关重要的事情，体例极不整齐。而且清朝遗老执笔修史，议论往事一定不会公允的。就像皇太后下嫁一事，证据确凿，无可掩饰。今清史一概抹杀，怎能传信后世。……纪载清太祖初起时，完全像一个草泽英雄，与历史的原来面目大有出入。”“怎能取信今人而传之后世呢？”[16]