流民、逃户一直是明政权户籍管理中的一个棘手问题。明前期各朝皇帝都采取过多种措施，使其回故地复籍，但收效不大。进入明中叶后，流民、逃户更成为一个重大的社会问题，并且强令他们回原地复籍的做法也行不通了。于是成化年间，政府对流民逃户实行了变通政策：有条件地允许他们在当时所在地附籍，即允许他们可以不再应承原籍差役而在当地纳税当差。嘉靖初，政府正式颁令：凡流民、逃户在流寓之地“置有产业、住种年久者”，准其在当地“附籍当差”（注：万历《大明会典》卷一九《流民·附籍人户》。）。六年（公元1527年），政府对长期脱离原籍在京师经商者予以同样的待遇：“京师附住各处军民人家，除浮居客商（作者注：有关浮居户后详）外，其居住年久，置立产业房屋铺面者，责令附籍宛大二县，一体当差。”（注：万历《大明会典》卷一九《流民·附籍人户》）这一附籍政策同时也施及于全国其他地区。如侨寓在江南的“其实有田产、坟墓在江南，与入籍之例相符者，准其呈明于居住之州县入籍”（注：周庆云：《盐法通志》卷九九杂记三《两淮商灶籍学额》，鸿宝斋1928年排印本。）。稍降至隆庆万历年间，在扬州的“有祖宗坟墓、邱陇成行，已历数世于此，长子育孙”的各省盐商，“占籍州县者凡数百家”（注：庞尚鹏：《百可亭摘稿》卷二《比例建学养育人才以励风教疏》。）。万历、天启年间有许多徽商在山东临清附籍（注：谢肇淛：《五杂俎》卷一四，事部二记，“山东临清，什九皆徽商占籍，商亦籍也”，中华书局1959年版。）。成化年间对离原籍者还有一种安置政策，叫寄籍，即允许一些在故籍还有产业，或家中有丁力支持原籍所业、而自己经年在外、又不想完全脱离乡土者，可以保留原籍在寓地挂籍寄居。这一政策同样适用于离开乡土的商贾。嘉万年间，山陕、徽州诸大姓商人向两淮纷至沓来，“河津、兰州之刘，襄陵之乔、高，泾阳之张、郭，西安之申，临潼之张”都“兼籍故土，实皆居扬”。歙县的程、汪、方、吴诸大姓，“也累世居扬而终贯本籍”（注：嘉庆《江都县续志》卷一二，转引自张海鹏、王廷元主编《明清徽商资料选编》，第109页。）。特别是徽商， 他们一般都以寄籍的方式在外经商， 其“寄籍者十之五六”（注：万历《歙志》《货殖》： “九州四海皆歙客，即寄籍者十之五六。”转引自张海鹏、王廷元主编《明清徽商资料选编》。）。在前文中有附籍“除浮居客商外”语，明言浮居客商不得附籍，但实际上在有些地方，浮居客商只要置下铺面，当地政府就将他们看作寄籍。明王世茂《仕途悬镜》载：某县按例造册（黄册，当地称烟门册）以备清查，其主要户别依次如下：正户（有田人家）、副户（有田别居者）、佃户（佃人田种者）及浮户。浮户的具体所指是：“凡无田工伴、或别作生理、异籍寄居、或开张铺面者皆是。若无业之人，不列名浮户者，即系流棍歹人，查出另议。寄居有田者，仍入正户之内。”（注：王世茂：《仕途悬镜》卷二，转引自谢国祯《明代社会经济史料选编》第6章《户籍和土地制度》，第9-10页。）浮户的登记内容有姓名、字、号、年龄、住地、房屋、生理、子孙、佣仆等项。可见所谓浮户，也是官方户口登记册上的一项寄籍者的注籍。总之，无论附籍还是寄籍，都是对原先较为疏松的铺商占籍制度的补充和完善，实际也是对商贾人身控制的强化，为进一步盘剥勒索作了前期准备。
    嘉靖万历年间，商役日趋严重。朝廷、地方官府遇有需求，无论大小，即便锱铢小事如笔墨纸张之类，也都召募占籍铺商去买办。商人应召服役，不仅费时费力，更有赔貱之苦。这种买办照例应该是“官给其直（值）”的，可是一是官府所定官价大大低于市价，二是官府常常借故不给其值，三是货物“一入衙门，则胥徒便视为奇货，措抑需索，无所不有”（注：顾起元：《客座赘语》卷二《铺行》，光绪三十年刊本。），以致使铺商难以承受。在这样的重役下，铺商往往占籍才数年，“富者必贫，贫者转徙”（注：张永明：《张庄僖公文集·议处铺行疏》，《钦定四库全书》本，上海古籍出版社1985年版。），几成为当时社会的普遍现象，一些铺商甚至“一挂商籍，其家立罄”（注：王元翰：《凝翠集》《圣泽诞被困商偶遗疏》，引自《云南丛书》集部之七。）。因此，商人们对官府征召，不仅召之不来，而且避之唯恐不及。豪右铺户的做法是以厚贿营求优免。锦衣卫行户则以权营私，略交铺行“协济银”蒙混过关（注：《明世宗实录》卷五五七。）。而一般铺商则只能以逃籍相抗，他们或者逃离占籍地，或者“变易姓名”、“冒合匠户”，或其他职业户，如投充军户中的校尉、力士等。其结果是真正能被应召服役的人数骤然减少。先是朝廷规定全国户籍黄册十年一更造，更造时各地对所在的人户实行清审。城镇铺行在永乐时也规定十年一清审。至时，为使有足够的商人占籍以供差役，嘉靖四十年（公元1561年），朝廷颁发了“应天府各色商人清审编替五年一次，立为定制”（注：万历《大明会典》卷四二《铺行》。）的命令。不久，万历帝又令顺天府及宛平大兴等县参照应天府事例，也实行五年一审制。原先的铺行清审是对确已转业、破产或亡故者除其名，对以前漏登者和新开张铺面者重新注籍、编排在册而已。而此时，清审由“官司密钩，若缉奸盗”（注：《明史》卷八二《上供采造》，中华书局1984年版，第1992页。）般地组织力量，对所居人户“无分军民官舍之家，逐一挨门”（注：汪应轸：《青湖文集》卷一《恤民隐均偏累以安根本重地疏》，转引自《明经世文编》卷一九一。）进行搜查，然后强佥富户为商，实际这是佥民占籍，更是逼商应役。铺行清审已不折不扣地成为官府强敛百姓的一种手段。于是铺商乃至城市中的一些富家大户一闻清审，犹如“牛羊鸡犬赴屠，其觳觫之状，悲鸣之声，直欲使天光尽黯”（注：《明神宗实录》卷四五一。）。这是一幅多么令人触目惊心的图景。
    明中叶以后，铺商占籍制度的变化还表现在对他们的户等划分上。元代将民户划分户等，明代依旧。弘治中至嘉靖初，中央与一些地方州县始有以铺商“赀之丰歉，居货之多寡为差”，分他们为上中下三等，“令各占籍”（注：嘉靖《增城县志》卷九《政事志·民赋类》，天一阁藏明代方志选刊续编，上海书店1990年影印本。）的要求。嘉靖四十五年（公元1566年），明政府采纳给事中赵格的建议，在对铺户清审的基础上，正式据其生理丰约，将在京宛大二县的铺商分为三等九则（即上上、上中、上下、中上、中中、中下、下上、下中、下下），录入册籍，并根据等则征收代役银（注：沈榜：《宛署杂记》卷一三《铺行》，北京古籍出版社1980年版，第103页。）。南京也照此实行。因此，全国一些地区在铺行的册籍上进一步明确了户等，使征派他们有了明细的依据。明代铺商的占籍制度也较前有了发展。但是，当时划分户等，统计不可能达到精确的程度；籍名在官者，不论其资产多少、户等上下，都要征银，它仍然基于铺商所具有的封建劳役义务的身份关系上。因此它徒有赋商货之表（似以商贾资产和赢利为据，确定户等，再以征银），却不脱赋人头之实。而且征银行之不久，官府又责在籍铺户领价买办，继续用其役力，从而达到了对商贾财、力的双重盘制。