为了考察“商籍”在科举中的真正作用，笔者进一步搜索了明后期的进士登科录（注：这里指目前在京所能查到的明代历年进士登科录。但有好多年的登科录阙如，有的仅载地籍，却不载役籍，因此，对有些史籍明确记载为商人或商人子弟者的原籍不得而知，甚为遗憾，好在现有材料基本能说明问题。）。万历十三年“商籍”在两淮设定前，盐商及其子弟大多附籍应考。史籍明记为盐商附籍者，在科举中都报原籍。如成化丙戌科（即成化二年，公元1466年）魏秉：“贯陕西西安府华州蒲城县，民籍”（注：北图藏《成化二年进士登科录》一卷，成化刻本。）；己丑科（成化五年，公元1469年）梁泽：“贯陕西西安耀州三元县，军籍”（注：北图藏《成化五年进士登科录》一卷，成化刻本。）；嘉靖乙未科（嘉靖十四年，公元1535年）来聘：为“军籍”；万历庚辰科（万历八年，公元1580年）阎士选（疑为阎世选之误）：“贯直隶扬州府江都县，民籍，陕西延安府绥德人”（注：《明代进士登科录汇编》《嘉靖十四年进士登科录》，台湾学生书局刊印本1969年版。）。“商籍”设定后，据盐法志所载，只有徽商和山陕商占“商籍”，可《万历三十五年进士登科录》记有一例“商籍”者：“郑茂华，贯直隶扬州府江都县，商籍，福建兴化府莆田人，扬州府学生”（注：北图藏《万历三十五年进士登科录》一卷，万历刻本。）。虽然仅见一例，但它证明了：“商籍”在全国科举最高一级考试中确实成立，并且“商籍”占有者，不仅有山陕、徽州商人，还有其他商帮中人。然而盐法志中明记占“商籍”者或商人之子弟，却大多仍沿用原籍，如万历丙戌科（万历十四年，公元1586年）进士李杜名下仍记，“贯山西大同县，民籍”（注：李杜父李承式，据同治《两淮盐法志》卷四五《人物》条（转引自寺田隆信《山西商人研究》）载，承式“中盐于扬州”，“子孙以商籍起家”。杜理应登为商籍，可《明代进士登科录汇编》登其为民籍。）。万历丁未科（万历三十五年，公元1607年）秦一鹏：“贯陕西西安府三原，军籍”；焦源清：“贯陕西西安府三原县，军籍”。又如徽商子弟吴中明填报的是“军籍”，吴应明为“民籍”（注：均见《明代进士登科录汇编》《万历十四年进士登科录》。）。这又证明：“商籍”远未在全国范围推广，政府或盐商本身，在国家最高一级科考中，以传统方式填报役籍，还是被看着是最正统、最合法的。
    除了盐商以外，其他财力雄厚的商人，如大典商、大茶商是否也可占商籍，目前殊欠考证。但是有一点可以肯定，他们大多在经商地附籍占有学额，并参加科考。如前引《徽州率东程氏家谱》说，程氏家族于明中叶以后已发展为一大典商。其十六世程莹，继续“从事乎商，寓湖州之双林市”，莹之“长子钧，命业儒，附籍于浙，补乌程邑学子弟……”（注：《率东程氏重修家谱》卷三。）
    “商籍”真正在全国范围内确立并通行，那是到清朝了，正如雍正《两浙盐法志·凡例》中指出，“商籍虽始于前代，而额设特广于本朝”。明代商人籍的变化只是为清朝在全国范围内正式设置该籍提供了历史依据。在清代的户籍制度中，“商籍”是作为与民、军、灶并列的要籍，另立为一项。清政府规定，“凡民之著于籍，其别有四，曰民籍，二曰军籍，三曰商籍，四曰灶籍”（注：见于嘉庆《大清会典》卷一一《商籍》，嘉庆二十三年刊本；《清史稿》卷一二○食货一《户口田制》，中华书局本。）。在清典章中，“商籍”的定义也和明朝有了很大的不同，它是“商人子弟、准行于行商省份，是为商籍”（注：嘉庆《大清会典》卷一一《商籍》。）。这样它包括的面就相当宽泛了，只要是得到允许附籍于行商省份的商人（不管是行商坐贾、大商小贩）子弟（非商人本身），都囊括其中。应该说它既是役籍，也是学籍。
    综上所述，明代商人户籍的变化大体历经了三个阶段。第一阶段，即明朝建国初年，商贾无专籍，他们的本籍是民籍，但也有相当部分人属军、匠、灶诸籍。第二阶段，随着时间的推移，政府为了在城市征派税役和市场管理的便利，在两京和其他商业集中地实行铺商注籍制度，即是让商铺在营业居住地注册登记，编为排甲。所注之籍，有人称为商籍，也有称之为铺籍，叫法不一，实质相同。它不像本籍那样不得变乱，而随事势的变化而变化。铺商一旦注上或撤消该籍，其权利和义务一般都将随之增加或丧失。明中叶后，由于商品经济的发展及政治上的原因，商贾占籍制度日益加强。第三阶段，狭义“商籍”的建立。万历十三年后，经两淮、两浙盐商努力而设定的“商籍”，其意义在于盐商及其子弟可不必返回原贯、以本籍报考科举，而在营业地就获得学额和科考资格。这种“商籍”曾在科举中生效，但只是大盐商的专利，一般商贾所占的籍不能与之相提并论，同时通行范围也很狭隘。商籍作为全国性的要籍真正确立，那是在清前期了。商贾从无专籍到确立商籍，明朝是一个重要的转折时期。