1860年10月，英法联军攻入北京城。在刺刀的威胁下，清政府被迫与英国签订了中英《北京条约》，使英国获得了比《天津条约》更多的特权。而在此时，太平天国各路大军已经完全摧毁了江南大营，并乘胜攻占常州、无锡、苏州等地，逼近上海。1861年3月1日，雅龄（Aplin）舰长奉海军司令何伯之命照会太平天国，提出包括允许英人船只航行长江，以及太平军如进攻九江、汉口、镇江时勿侵及英人生命财产在内的八项要求。经过谈判，太平天国对英国人的这些要求完全给予了满足。随后，雅龄舰长再次照会太平天国，要求“太平军不得侵入上海吴淞附近百里（三十英哩）以内，否则武力制止”（18）。为此，赞王嗣君蒙时雍代表太平天国，与英方代表巴夏礼、雅龄进行了四次谈判。经过反复磋商，太平天国同意在本年内“勿进入上海吴淞周围一百里内”（19），作为交换条约，英国人也表示“我们愿意在目前中国所进行的内战中保持中立”（20），双方继续维持和平局面。
    1861年底，太平军不进攻上海、吴淞周围一百里的期限即将结束。为了继续阻止太平军进攻上海，以及取得其它特权，何伯司令指派宾汉（H·M·Bingham）舰长于12月27日向太平天国发出照会，提出了太平天国必须继续保证不进攻上海、吴淞两地一百里以内地区等四项无理要求。1862年1月1日，蒙时雍代表太平天国复照宾汉，驳斥宾汉的谬论，并表示对英国人提出的四项要求“天朝不能应允”（21）。宾汉再次照会，竟然威胁：“上海与吴淞两城已为英法军所占驻，如果贵处续有进攻该地之谬举，将遭到不只与上次相同之抵拒，而且超过以前之后效而为贵处愚妄之举动所应得之报”（22），态度十分强硬。蒙时雍则根本不予理睬判破裂。英国对太平天国的中立政策到此结束。
    第三个时期：从1862年1月宾汉与蒙时雍谈判破裂，到1864年5月，为英国政府公开镇压时期
    早在中英《北京条约》签订之前，英国就开始了镇压太平天国的酝酿。1859年2月5日英国驻华公使普鲁斯（F·W·A·Bruce）曾就外国公使进驻北京后英国对太平天国应采取的态度向英国政府请示。英国外交大臣马尔墨斯伯里（Lord Malmesbury）作了如下批示：“我们应该帮助清政府把太平军赶出南京”（23）。这说明英国政府对太平天国的态度早已有了巨大变化。只是当时英国与清政府的战争仍在继续，武装干涉太平天国的条件还不成熟。中英《北京条约》签订后，英国从清政府手中获取了更多的特权。太平天国的继续存在，直接威胁着英国人的在华利益，成为条约内容得以实现的巨大障碍。因此，镇压太平天国的酝酿重新开始。1861年5月10日，英国驻广州领事罗伯逊（D·B·Robertson）在给英国官员的信中提出：针对太平军势力在长江下游尤其是上海周围的发展，所造成的对英国利益的恶劣形势，“如果我有这个权力，我就给清政府以援助，直接的或间接的，看情形而定”（24），积极主张出兵镇压。1861年六七月间，在英国侵略军内部甚至还进行了一场是否要攻击南京的争论，具体策划干涉方略，只是条件尚不成熟。
    1861年11月，清政府内部发生宫廷政变，在这场权力之争中，排外派肃顺八大臣被解职，倾心于外国人的西太后与恭亲王奕掌握了清政府大权。这派人政变的胜利，赢得了英国的好感：“我们认为它是英中关系史上应该予以大书特书的事情……参与摄政的恭亲王及其他大臣们，不仅对于外国公使以及各国驻北京使馆表现出极其友好的关系，还就这个帝国内政方面的事务，特别是在极力镇压太平天国叛乱这个问题上，向外国公使们请教”（25）。清政府内部的这种新动向，是英国政府盼望已久的。为了尽快把太平天国镇压下去，清政府于1862年2月8日发布上谕：“借师助剿一节，业经总理衙门与英法住京使臣商酌”（26），正式批准了借师助剿的主张。这完全符合英国人的想法。
    1862年3月4日，普鲁斯公使在给英国政府的报告中明确表示：“在这场斗争中，我不认为我们可以多久地维持我们目前的地位，而不致牺牲我们的贸易……如果叛军坚持威胁上海，只要我们能够给予他们这样一种打击，我们完全有理由对叛军实行进攻。”（27）意思很明显，只要太平军进攻上海，英国就要进行武力镇压。4月10日普鲁斯再次致函英国政府，更进一步表示：“如太平军侵害英国商务，当即予以致命打击”（28），英国外交大臣罗塞尔完全赞同了普鲁斯的主张：“我必须通知你，关于对付太平军所遵循的路线，我同意你在3月4日的公文里所表示的看法”（29）。