除了上述官员之外，市舶司还有吏十一员，职掌如下：
    主管文字，负责点检账状，但有时也由官员兼任（注：分见《宋会要辑稿》职官四四之二八。）。
    孔目，负责对海商申请的审核、验实，然后发予公凭。
    手分，管“钱帛案”，即负责钱物的收支工作。
    贴司、书表，制作账簿、文字档案。
    都吏，负责巡视、检查和安全。
    专库，负责市舶库内舶货的保管和发纳。
    专秤，负责临场抽解、和买的具体工作。
    客司，负责贡使和蕃商的接待工作。
    前行、后行，负责警卫。
    从上可以发现改革后的市舶司是一个比较稳定的机构，已基本上形成了独立的管理体系，其内部分工亦非常明确、具体和专业化。这些都标志了海外贸易的管理已逐渐从地方行政职能中分离出来，向着正规化的专职管理方向过渡，客观上适应了由于海外贸易的发展，管理工作日趋复杂的要求。同时市舶司的职能也大为强化，有助于提高办事效率，减少官吏的侵渔骚扰，这些都对促进海外贸易的发展起了一定作用。从史籍记载来看，熙丰年间官吏对海外贸易的侵害甚少，中国海商纷纷“争请公凭，来往如织”（注：《苏东坡奏议集》卷八《乞禁商旅过外国状》。）；外国商使亦“来者相继”（注：《宋会要辑稿》职官四四之六。），宋政府的市舶收入大量增加，这不能不说是市舶制度改革所收到的成效。
    三、“专置提举”时期：崇宁初至南宋末
    宋徽宗是一个奢侈的君主，他任用蔡京等人执政，提倡“丰亨豫大”之谬说，大肆挥霍，以填欲壑。在此情况下，皇室开支浩大，朝廷“用度日增”（注：《文献通考》卷二四《国用二》。），财政收入难以支撑。为了应付这种局面，宋徽宗、蔡京等人打着“绍述”宋神宗新法的旗号，加强对人民的搜刮掠夺。宋徽宗在元丰之制的基础上继续对市舶制度进行改革，其中最重要的是改行“专置提举”制，即由朝廷派人担任专职的提举市舶，进一步将市舶司置于朝廷的直接控制之下。实际上市舶司成为中央的派出机构，故有“朝廷之外府”之称（注：郑毅夫：《贺吴提举启》，见《圣宋名贤五百家播芳大全文粹》卷三五。）。改制的具体时间史籍语焉不详，但北宋末年朱彧有云：“崇宁（1102-1106年）初，三路各置提举官”（注：朱彧：《萍州可谈》卷二。）。专置提举之后，市舶司的机构更加完善，职能也更加强化，形成了中央控制下的专职管理体制，标志着封建政权对市舶贸易管理专门化、正规化的基本完成。
    宋徽宗的改制有其合理的成分，在一定条件下对海外贸易的发展也会起某些促进作用，但是由于他的改制与宋神宗改革的目的不同，因此所起的作用也就不可同日而语了。从改革的目的来看，宋神宗等人是着眼于“以助国用”，利用海外贸易为封建国家的财政服务。为了真正达到增加市舶榷税的目的，就不能不遴选有理财专长的官员来管理市舶贸易，采取一些措施来调动海商贩运的积极性。故后人云：“熙宁初创立市舶一司，所以来远人，通物货也。旧法（指熙丰时的市舶之法）抽解既有定数，又宽期纳税，使之待价，此招致之方也”（注：《宋会要辑稿》职官四四之二七。），其意在“使商贾懋迁，以助国用”（注：《宋会要辑稿》职官四四之二七。）。换言之，增加税利是以“商贾懋迁”为前提的，故对海外贸易的发展起了一定促进作用。宋徽宗改制则以满足奢侈挥霍为目的。他虽以推行新法为幌子，却剜除了新法中的积极成分，将市舶司作为为自己搜刮钱财和奇珍异宝的工具。通过改制，起初确实增加了财政收入，据记载，“崇宁经画详备，九年内收至一千万（缗）”（注：《文献通考》卷二○《市籴一》。），比熙宁元丰时几增一倍。由于片面强调扩大市舶之利，“自大观（1107-1110年）以来，乃置库收受，务广帑藏，张大数目，其弊非一日”（注：《宋会要辑稿》职官四四之一二。）。市舶收入的增加不是以发展海外贸易为前提，而是招权纳贿，依靠一批贪暴的官吏，对海外贸易实行杀鸡取卵、竭泽而渔式的掠夺。如燕瑛，“倾任广南市舶，专以货贿，交结近倖，目为香燕”（注：《历代名臣奏议》卷一八二《李光论燕瑛、胡直孺札子》。）；泉州提举市舶张佑，“本泉州大商”，“缘交结权幸，以猎取名位，邪佞凶狡，素无廉声”，以致“赃汙不法，一方之民，咸受其弊”（注：《历代名臣奏议》卷一八二《李光又论曾纡等札子》。）。这些宠臣虽根本不懂理财，但有皇帝权贵撑腰，不顾官常纲纪，不管海商死活、民怨沸腾，唯务苛敛，自己亦乘机大饱私囊，严重地损害了海外贸易的开展。对于徽宗朝的市舶之政，宋人许月卿有切中时弊的评论：“炳炳祖训，舶利最博，庶宽民力，免于榷剥，祖宗之意，盖念民邛。宣和以来，悉归应奉，如唐舶使以奇器进，治乱之几于此分”（注：许月卿：《百官箴·提举市舶箴》。）。