山东省长公署得到报告后，省长熊炳琦因此电请中央政府有关部会，请求迅速办理，并建议勘明海界，制止日本渔轮侵渔。农商部亦据直、鲁、苏三省渔民呼吁，咨商外交部及海军部，请提出抗议，并派军舰巡缉。农商部指出：“此等外船侵入，于领海权利实有关系，应请贵总长转商日使设法阻止。”(22)在各方的要求下，北京政府外交部即向日本驻华使馆提出交涉。但日本驻华使馆根据烟台领事报告予以狡辩，其答复照会称：“本国渔船之捕鱼地点系在鸡岛海滩外之公海，并非在中国领海内从事捕鱼，只因本国冷藏汽船收买鲜鱼，适在该处海面暂停，偶然使用其所属汽艇及该渔船等为采买所需燃料、饮料及一切食料，往来于水陆之间，以致该处人民误认为在中国领海捕鱼，此项装制完备之本国渔船多数在公海捕鱼，其结果或间接影响于中国领海内华人之渔业，势所难免，但执此为禁止日本渔船在公海正当渔业，则毫无理由。”日方同时对于龙口地方官下令拒绝将舢板雇佣给日本渔轮提出抗议。外交部掌握情况并不详细，只好致函山东省长公署，要求调查“究竟该日本渔船在龙口蓬莱、芙蓉岛、屹岛等附近捕鱼地点是否纯属公海，抑在各该处港湾周围沿岸海线中国领海范围之内，亟应详细勘查”。外交部同时要求提供被“海骏”炮舰捕获的日本渔船侵入中国领海捕鱼供证，勘定公海与领海之界线。(23)
    在外交部与驻华日使交涉的同时，中国驻日使馆亦向日本政府提出交涉，而日本政府同样否认在中国领海捕鱼。“日政府称，此项渔船例年至渤海湾，公海捕鱼，在国际法上为各国渔民共有之利，禁阻与否，乃本国政府自决。至中国渔船之线网往往延长数里，今后若能一律设置标示，由远洋渔船甲板确实认定，当可预防触拉”。(24)在随后的交涉中，日本驻华使馆在照会中拒绝了中方的赔偿要求。日方7月26日的照会声称，日船在长山岛海洋外毁伤中国渔民渔具，“其原因实以中国渔船在公海延绳过长，并无明了标示所致”。又称，日船“第八隼丸”并非捕鱼，而是在龙口修理机器，一星期后开入海洋而被中国炮舰捕获。至于日船在沿海售鱼，日使称“日船不至有沿岸售鱼之举，即使有之，亦不能作领海捕鱼之确证”。日使不承认日轮在中国领海捕鱼，坚持“日船一律在公海从事渔业”，至于中国渔船渔具的损坏，与日方无关，“则大约为领海内中国渔船之互相抵触所致”。(25)
    对于日使的狡辩，中方随即予以驳斥。针对所称中国渔船在公海布置网绳无标识的说法，外交部驳道：“查日船‘满光丸’等于五月六日、七日在蓬莱境长山岛、砣矶岛领海捕鱼，损毁中国渔具，经‘海骏’舰查获，该日船等自知理曲，情愿赔偿六百元了事，人证切凿，且中国渔民或沿岸下网，或用小船，不出四五华里之外，并不能在公海延绳布网，日船损毁中国渔具，其在领海之内，自不待言。”针对日船“第八隼丸”是修理机器后被扣留的说法，外交部指出：“查日船在龙口逗留实两星期之久，正当捕鱼时期，日船必不肯因修理如此担延，中国扣留日船不在近岸之地，而追袭于领海之外，亦无是理。且彼所谓五英里之海洋外遇中国炮舰，当时何人测量，知为五英里之外。所称各节是承认在领海捕鱼矣。况因日船逗留迭与日领交涉，并邀其同往察看，日领托故不去，即派舰扣留，亦与日领说明，及在领海内将捕鱼日船捕获，事后安得抵赖。”针对日轮沿海售鱼问题，外交部指出：“查鲜鱼不能久存，如日船捕鱼离岸甚远，当然运回大连，何至在中国沿岸售卖，岸下捕鱼，岸上售卖，人人共见，况有第三国人在龙，虽不便出而明证，然详细访问，所说相同，事实俱在，岂能掩饰。”针对渔船渔具损坏为中国渔船互相抵触所致的说法，中方指出：“查中国渔户捕鱼均有一定渔场，划有界线，彼此不得相犯，且中国网具系用棉线所制，即抵触亦不能损坏，非遇日本铜网不能撞毁，故此等损毁切系日船捕鱼所致。”(26)但日方根本不理会中方的抗议，此事拖延一年，毫无进展。
    二、中央各部护渔会议的召开
    在向日方交涉无果的情况下，外交部认为，单纯依靠外交途径不能解决问题，希望与有关各部商讨对策。外交部认为，此案的焦点在于领海与公海之争。“若非先将领海、公海界线勘明，实难以口舌相争”。由于交涉无果，且事涉渔业、海界，外交部于是向农商部征求意见。农商部认为，已有充分证据证明，日本渔轮“确已侵入领海”。农商部希望按照1921年海界委员会决议，宣布渤海湾为中国私海(内海)。农商部在咨文中称：“查民国十年七月间，海军部开海界委员会，以是年九月六日第五次开会，于议决划分公海、私海及群岛领海呈文内称，私海之界，即可谓海臂、海湾及相类之海者，各国惯例，认定海注入大地内，犹之沿河湖滨，均与领土同为原始固有之物，但口门各岸必须属于本国，中间宽阔，又为军械射程所能及者为限。中国海臂、海湾及相类之海，较之他国所认为私海者，形势略同，自应认为领海，此关于私海海界之议定等语……查渤海形势，外为旅顺口、成山头南北两海臂所抱持，内为大海之水由直隶海峡注入，与上述之私海情形无异，自为我国天然私海。况此次日船已侵入蓬莱、黄、掖等县，该三县均在渤海湾内，其为侵我领海，更属无疑。现在领海界线虽未即时划明，对外宣布，然此等海疆重地，应请贵总长会同海军部公同酌定，认为领海，先为对外声明，预留地步。此关于异日正式宣布领海界线之准备也。”对于日本政府所称“中国渔船线网延长数里，望今后设置标示，以预防触拉各节”，农商部认为，“此关于渔场标识问题，在定置渔业、区划渔业中尤为重要，各渔户果能高树标识，使大海之中显而易见，匪特可以避外船之侵犯，即吾国各渔户间亦可以各守渔场，各护渔网，两不抵触，对内对外，皆可息争，业已咨请山东省长，饬属出示晓谕，令各渔户于各该渔场上均设高大显明之标识，俟将来制定渔业法时再将此条明白规定”。(27)
    外交部接到农商部咨文后认为有理。同时，外交部亦接到执政府秘书厅转抄的渤海湾渔业公会电报，称：“去夏日船潜入渤海湾越界捕鱼，毁损我国渔民网具，日使诿为公海，不允赔偿，应请再与该使交涉。”在地方政府与渔业界不断要求交涉，而日方总以公海捕鱼为借口加以拒绝的情况下，外交部遂根据农商部、执政府秘书厅意见，于1925年2月23日转咨海军部，请求核办。外交部在咨文中指出：“是去夏日船是否越界捕鱼，应视公海、领海之分以为断。乃迭据地方报告，无不指日船为侵入我国领海，而日本政府及驻京日使尚斥斥[龂龂]以日船向在公海捕鱼为言。此案争点既悉在公海与领海之分，在我倘不将该处海界勘定，绘制详图，交涉仍属无从凭藉。现农商部所称，派员勘丈，酌订领海，允为切要之图。惟对外声明一节，查海界为疆土治安之防线，国家所赖以保障者，除海湾海峡确与他国紧接交界应会同公定外，自应查照海界委员会议决，本公法之自保主义，依法办理。至渤海湾一隅，诚为重要海疆，前此海界委员会讨论海湾问题，系以口门相属之两岸属于本国，其中间宽阔又为军械射程所能及者为限。现在渤海湾究以某地对某地为口门，又该湾之领海、公海如何区别，海道测量局是否查照海界委员会所议，于其口门对峙两处地点划一接线，由此平行推出三英里，作为领海。未准咨报。转瞬春间渔汛又至，诚恐前案未结，再生纷扰，相应函达贵部查照，即希转饬查明，分别酌办，并于渔汛时派遣军舰梭巡，以防侵入”。(28)但海军部对于外交部、农商部勘划海界的建议并不以为然，认为制止日轮侵渔的当务之急是制定渔业法令。海军部称：“查日轮违章在非通商口岸截买鱼类，扰税侵渔，自应一面据约力争，一面由本部派舰巡弋，如有外国渔船侵入我国领海，当然得依国际公法执行逮捕，惟逮捕之后，应依国内何种法律处分，尚无准则，自应将关于渔业法律迅为规定。在未规定以前，即有外国渔轮托词购求煤水，侵我领海，实不便检查其渔具，审视其所获。”因此，海军部建议农商部迅速制定渔业法令(29)，而农商部根据山东省政府的意见坚持划定海界为急切之图。
    由于各部意见不统一，1925年5月25日，外交部向执政府提交议案，请求政府召集各部会商，勘定海界及整顿渔业。议案指出，日本渔轮自1924年以来屡次侵入山东海面捕鱼，毁坏中国渔民网具，“几经交涉，迄未解决”，1925年更变本加厉，渔汛之期，“日本渔船又纷纷侵入山东、江苏各海强行捕鱼，或截买鲜鱼”。江苏、山东各省地方官暨各团体电请交涉制止，外交部亦多次向驻京日使交涉，但毫无结果。日使坚持认为，日轮系在公海捕鱼。外交部认为：“如非将海界勘明，则此种交涉不特徒滋公海、领海之争执，且逐案交涉，难得效果，究非根本解决之道。”因此，外交部建议：“惟有勘定海界，以巩国权，整顿渔业，以御外侮。”勘定海界，当务之急是勘划中国海湾。“我国东南数千里之海疆，其中海湾甚多，似应由海道测量局查明海界委员会所议，于各处海湾在其口门对峙两处地方划一接线，由此推出三里[浬]，作为领海，并将一切海界精密勘定，设立标识，绘制详图，以法令公布”。同时，着力整顿渔业，“若能改良船网，分段联络，并有海军为之保卫，渔汛一至，迎头打捞，则近海之鱼，不致漏网，既获厚利，亦足以杜外船之觊觎”，“倘能如此办理，在日船方面见鱼等遗穗无利可图，且界线分明，有所顾忌，当不致再有侵入捕鱼情事，即偶有外船闯入，在我亦得根据界线交涉，较有把握”。(30)执政府收到外交部的呈文后，经国务会议议决照办，交陆军、海军、农商、交通各部会同核办。(31)