旗下基层行政单位为“佐领”（即蒙语“苏木”）。150 丁（户）为1佐，3丁授1甲，故佐领拥有常备马甲（骑兵）50人，后备100人。每佐领下设领催6人，每10户设什长1人。旗之大小，视佐领的多少。最小者一旗仅1佐领，大者有数十佐领组成。佐领的职责是清查户口、 征收徭赋、受理诉讼、点抽壮丁、维持社会治安等行政事宜。
    在扎萨克旗之上设置“盟”的组织。起初它不是一级行政机构，对所属蒙旗只有监督之责，带有会盟性质。盟长是会盟时的召集人或主持者，平时无权过问旗政，战时带领旗兵出征。乾隆十六年之后，撤销会盟大臣，改由各盟盟长在本盟内自行会盟，嗣后报院备案。由此会盟制度逐渐废弛，真正意义的盟旗制度开始施行，“盟”成为地方一级行政组织，盟长职权也随之相对提高，除承担会盟时的职责外，平时则处理阖盟政务，不受驻防将军、大臣等的节制，掌握一定的兵权。
    盟旗制度之外的内属总管旗，是通过武力征服建立的，也有原部落弱小不足称藩者，如乌梁海、索伦、达呼尔等部。这些蒙旗的原封建主特权被剥夺，由清朝政府选派总管、都统等直接统治，“官不得世袭，事不得自专，与各扎萨克君国子民者不同。”（魏源《圣武记》卷三）旗地除部分拨给牧民放牧外，其余都属官地。内属旗因主管职官称谓不同，又有总管旗、都统旗、佐领旗之别。各内属旗均受地方最高长官将军、大臣、都统等的节制。总管等官均由清廷从旗内人选中任命，不世袭。其下又设副总管、佐领、领催、骁骑校等职官。其旗署设置与满洲八旗制大体相同。察哈尔、归化城土默特、呼伦贝尔、科布多、唐努乌梁海等部所属均为内属蒙古旗。
    盟旗制度是清代贯彻“镇抚结合，以抚为主”治边政策的重大举措。通过建旗划界、编审人丁，牢牢地控制了蒙古各部和北方地区，消除了因争夺牧地造成的“内讧”战争，为清代统一全国提供了可靠的大后方。同时，对于这一民族地区的经济文化交流与发展，都起到重大的推动作用，其影响极为深远。
    2.蒙汉分治。清代初期，由于内地人民大量流入蒙地，以及民蒙交涉事件逐年增多，于雍正年间开始实行民蒙分治。其民人地方管理机构与内地省下设置大同小异。
    就北方行政区划而言，大漠以南的内蒙古地区计有东西六盟四十九旗。东四盟三十六旗及呼伦贝尔、察哈尔等，位于东三省西部、直隶省北边境外；西二盟十三旗及归化城土默特，在晋陕甘三省之外的北部地区（张穆《蒙古游牧记》卷一至六）。大漠之北的外蒙古地区共有四盟八十六旗，以及科布多、唐努乌梁海各旗。这一广大地区，东联东三省，西接甘新两省，北临西伯利亚。喀尔喀四盟又分为东、中、西、北四路。位于喀尔喀西北部的唐努乌梁海有三部六旗。同治八年一部划归俄国。唐努乌梁海之南为科布多，有七部一盟二十旗。以上是各盟（部）旗的地理区划位置。
    民治区域主要位于临近东北、华北等地的南部地区。清廷按照内地的地方行政体制，于沿边蒙旗境内设置府厅州县，以致后来出现旗县并存的设治局面。清初对蒙地采取封禁政策，严禁内地民人前往开垦及从事其它生业。但是由于北方省份连年遭灾，以及阶级压迫的深重，内地民人不顾禁令，源源不断地涌入边外的喀喇沁、翁牛特、土默特、敖汉诸地和东三省西边的科尔沁各旗，晋陕边外的归化城土默特、鄂尔多斯等地。内地移民的逐年增多，蒙汉杂居区的日益扩大，民蒙交涉事件的层出不穷，迫使清廷设民官以理庶政。雍正元年（1729年）于归化城土默特牧地先设归化城厅，于卓索图盟境设热河厅。次年又在察哈尔牧地设张家口厅。其后以此三地为中心，又不断增设民治机构。七年于喀喇沁旗地设八沟厅，察哈尔南设独石口厅、多伦诺尔厅。乾隆年间先后于卓索图盟设四旗、塔子沟、喀喇和屯、三座塔、乌兰哈达等厅，以及归化城土默特一带的绥远城、清水河、萨拉齐、和林格尔、托克托等厅。并设通判、同知等官负责治盗贼、清户口等地方行政事务。清政府曾一度计划蒙汉分别居住，然而杂居已久，无法分移，乃设官分治，是为属人政治之始。乾隆四十三年乃改热河厅为承德府，四旗厅为丰宁县，喀喇和屯厅为滦平县，八沟厅为平泉县，塔子沟厅为建昌县，三座塔厅为朝阳县，乌兰哈达厅为赤峰县。以热河都统衙门为最高军政机构，管理蒙汉事宜。之后又于哲里木盟境设长春厅、昌图厅等。道光之后，蒙地开垦大体自科尔沁部辽河流域，渐次由南向北，由东向西推进。府县设置、调整愈益增多。光绪初年，又改昌图厅为昌图府，并于科左中旗境内新设怀德、奉化二县，隶府管辖。又于科左后旗设康平县，亦属昌图府管辖。十七年（1891年）改长春厅为长春府，并于郭尔罗斯前旗设农安县，拨归府辖。同年又开放科右前旗荒地，设洮南府。截至二十八年（1902年）推行移民实边政策之前，内蒙古地区设治已成规模。旗县并设，是清廷在农区不断扩大的形势下，继续其蒙汉隔绝政策的变通办法。“分而治之”更有利于它对北部边疆地区的控制与统治。
    3.地方法律制度。由于实行蒙汉分治，其法律制度也是“蒙汉异制”，采取双重法律体制与标准。同一地区设立不同的执法机构，采用不同的法律条规，施行不同的刑罚制度，以此约束、监督地方，并处理蒙汉各类刑事案件。“如边内人在边外犯罪，则依刑部律：如边外人在边内犯罪，则依蒙古律；八旗游牧蒙古牧场人等如有犯罪，则均依蒙古律治罪。”（《大清会典事例（光绪朝）》卷九九四，理藩院·刑法）
    蒙古法律主要包括《蒙古律例》、《喀尔喀法典》。它们是在母法“大清律”下派生出来的区域性刑法。其共同特点是，“爰按蒙古土俗”，酌定而成的法律（《钦定大清会典（乾隆朝）》卷八十，理藩院·理刑清吏司）。在继承原有蒙古刑法制度的前提下，逐步加以补充完善。施行于内蒙古各蒙旗的蒙古刑法，远在清太宗时期即已初步形成。后金天聪三年（1629年）曾命科尔沁蒙古五部“悉遵我朝制度”（《大清历朝实录》“太宗实录”卷五，天聪三年春正月辛未），为以后制定蒙古律法提出总的依据。并向诸贝勒“申定军令”（同上书，三月丁巳）。五年又召集内蒙古归顺诸部贝勒，“示以行军弥盗律令”（同上书，四月丙午），这一时期以颁行军律为主，显然这是出于当时的军事行动需要。七年之后，“宣布钦定法令”（同上书，卷十六，十月壬戌），此即《盛京定例》（《清史稿》卷一四二，刑法一），是为颁布刑法之始。清崇德八年（1643年）又颁布《蒙古律书》（同上书，“圣祖实录”，卷二十四，康熙六年九月癸卯）。其后历经顺治、康熙、雍正各朝修订补充，于乾隆三十一年（1766年）最终完成《蒙古律例》的修订工作，一套完整的律法书正式在蒙古地区施行。