三十四万同胞惨遭日军屠杀
    日军围南京城的几天，不断散放传单，宣称“日军将尽力保护良善的人民，使他们能安居乐业”。同时日机大量散放优待证劝守军交枪投降：
    优待凭证（绝对不杀投诚者）
    凡华军士兵，无意抗战，竖起白旗，或高举两手，携带本凭证，前来投诚归顺日军者，日军对此，必予以允分关照，且代谋适当职业，以示优待，聪明士兵，盍兴乎来？
    日本军司令部印
    12月10日，日军总司令松井石根大将更用发传单劝守军总司令不战而退，并保证“对于非武装的平民与不怀敌意的中国军队，则采取宽宏和善的态度”。12月12日唐鉴于大势已去，乃请南京青年会负责人国际安全区副主任费吴生（Ceorge A.Fitch）博士和日方接洽，商量停战，但为时已晚，无由实现。
    日军于13日上午11时来到南京国际安全区，在费吴生和另外两位安全区委员（其中一位应该是梅奇牧师）的面前，就杀死了因惊骇而奔跑的二十名难民。日军在入城后头几天的烧、杀、奸、掠有无数的资料可查证，但再没有比已在华传教二十余年的梅奇牧师（他当时担任国际红十字会南京分会的主席）于12月19日给他已去上海的夫人所写的信更真实了；
    “上周的惨状是我从来没有见过的。我从来没有梦想日本兵会是这样的一群野兽。一星期的屠杀和奸淫，我认为远比近代所发生过的任何屠杀为甚；除士耳其人屠杀亚美尼亚人的惨案可与之相比。他们不仅杀掉能见到的每一个俘虏，也杀了极大数目的老少平民，他们很多人像被猎兔子似的街上被射杀。从南城到下关全城堆积着死尸。”
    虽然南京安全区国际委员会于日军入城三天后，即雇用一百到两百工人开始清除死尸，世界红十字会南京分会自12月22日开始收埋尸体工作，收埋尸体最多的南京崇善堂自12月26日开始工作，但是，南京城内仍是到处死尸，德国大使馆罗森秘书于1938年3月4日自南京给德国外交部的报告：
    “红字会在为埋葬众多尸体而慢慢努力。部分尸体是刚刚从水塘和地下掩体（以前防空袭的掩体）中成堆成堆地打捞和挖掘出来的。例如在大使官邸附近主要街道的地下掩体就挖出许多尸体。郊区小港口下关尚有三万具尸体，这都是大恐怖时期集体处决的。红字会每天埋葬尸体五百到六百具，漫步郊区在农田和水沟可见零星尸体。
    郭岐营长于1938年3月11日同教导总队睢友兰团长夫妇等十一人搭渔船逃离南京，报导离南京不远登岸时所见：
    “我们登岸一看遍地都是死尸。此地离南京城已有二三十里，时间已经过三个月，遍野死尸，无人过问处理。”
    “南京大屠杀”的初期，以人数而论，集体被屠杀包括放下武器的战俘和逃难和难民比较多，零星被屠杀死亡的人数比较少。正如贝德士在东京审判作证时所说：“南京失陷后在两礼拜半到三礼拜的期间恐怖达于极点。”梅奇牧师于1938年1月5日同贝德士谈话时提到，直到那天各领事馆人员还准回南京城。并说：“自从日军入城便屠杀解除武装的士兵和成千上万的平民，现在还在继续，机关枪仍不停的响。很多的时候他们懒得用枪来射杀，而用刺刀一个一个把受害者捅死。”
    关于“南京大屠杀”的证据与资料，为了中国审判战犯和远东国际法庭的审理，南京市议会自1945年8月即开始搜集资料，历时二载。首先中国军事法庭于1947年2月初审判“南京大屠杀”首要战犯第六师团长谷寿夫。亲历其境之证人如美籍贝德士及史迈士教授等一千二百五十余人出庭或具结作证，连同物证资料提作审判依据。3月10日宣布判决：
    “计我被俘军民，在中华门花神庙、石观音、小心桥，扫帚巷、正觉寺、方家山、宝塔桥、下关草鞋峡等处，惨遭集体杀戳及焚尸灭迹者达十九万人以上；在中华门下码头、东岳庙、堆草巷、斩龙桥等处，被零星残杀，尸骸经慈善团体掩埋者，达十五万人以上，被害总数共三十余万人。”
    判决书所定之集体屠杀十九万人及零星屠杀十五万人，系根据身历其境之一千二百五十余人，及当时主持掩埋尸体之许传音、周一渔、刘德才、盛世徵等具结证明；具有红字会掩埋尸体四万三零七十一具，崇善堂收埋尸体十一万二千二百六十六具之统计表；灵谷寺无主孤魂三千余具之碑文；及谷寿夫在法庭上犹洋洋自得叙述其以丛葬方式集中掩埋之“万人坑”五处所起出之头颅数千具；并有众多的出版物和照片为物证。
    其实，中国政府检察官陈光虞根据十四个团体的调查，于1946年5月向远东国际军事法庭提出的“南京大屠杀”确定的被屠杀者十九万四千九百十一人，未确定的被屠杀者二十万人。同年九月，陈氏根据继续收到的确实资料，又增列被屠杀者九万六千二百六十人，故确定被屠者应为三十九万一千一百七十一人。东京审判对“南京大屠杀”颇为重视，听取来自中国亲历目睹的中外证人十余人（包括贝德士、梅奇、威尔逊医生、许传音、伍长德、梁廷芳、秦德纯等）的口头证言并接受了百余件书面证词，最后作出慎重的保守的判决：
    “在日军占领后最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达二十万以上。这种估计并不夸张，这由掩埋队及其他团体所埋尸体达十五万五千人的事实就可以证明了。……这个数字还没有将被日军所烧弃了的尸体，投入到长江，或以其他方法处理的尸体在内。”