1981年以来，在日本军国主义复活声中，日本文部省猖獗地窜改历史教科书，否认对华侵略和“南京大屠杀”。南京各文化学术团体，尤其是南京大学及中国第二历史档案馆，组织“侵华日军南京大屠杀史料编辑委员会”，重新调查研究并编写“南京大屠杀”的史料与著述。据1984年的调查，南京全市尚有仍健在的受害者、目睹者一千七百余人，他们接受采访的证言都收藏在1985年建立的“侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆”内。这番重新调查和研究的结果对1947年中国军事法庭对“南京大屠杀”的判决作了一些补充，但重新肯定“南京大屠杀”的数目为三十四万人，即集体屠杀十九万人，零星屠杀十五万人。
    “南京大屠杀”的消息首先传到外界是由《纽约时报》驻南京记者窦奠定（Tillman Durdin）所发的电稿。《纽约时报》1937年12月18日封面大标题为“南京强奸事件”；其小标题为“日军陷南京，屠杀两万人”，世界舆论为之大哗。以后东京审判亦沿用“南京强奸事件”一词。事实上，南京沦陷后，我女同胞所遭遇的是再悲惨没有了。日军随时随地不分昼夜强奸我国妇女。东京审判十一名法官之一的中国法官梅汝璈说：“强奸和杀是分不开的；因为日军在强奸之后，通常是把被奸的妇女，甚至连同他们的家属子女，一齐杀掉的。”曾出席“东京审判“法庭作证的许传音举一实例：
    “水西门外某寡妇，有女三人，长女十八岁，次女十三岁，幼女九岁，均被轮奸，幼女当场死去，长女次女亦不省人事。”
    金陵大学校园内，一个十一岁的幼女，被日军轮奸致死。另珠江路口，有一个七十九岁的老妇，被强奸，其子向日军拼命，亦被杀死。两年前受日本记者访问之李秀英，当时怀孕七月被刺三十余刀而未死之奇迹亦为世人所周知。奸后必杀几乎成了日军的一条规律。在国际检查处向东京审判庭提出的证据里，有一件是日本军部发给战区司令长官的秘密命令，禁止日军士兵归国后谈论他们在华的暴行，并引用某中队长关于强奸给士兵的指示：“为了避免引起太多的问题，或者是给以金钱，或者于事后杀掉。”该命令中又说：“如果将参加过战争的军人一一加以调查，大概全都是杀人、枪劫、强奸的犯人。”正如日本《读卖新闻》随军记者小俣行男在其《中国战线随军记者的证言》中所说：“不强奸的士兵几乎没有，（被奸妇女）大部分在事后杀掉。”
    东京审判决定“日军入城后的一个月内，强奸中国妇女达两万名”。国际安全区主席雷伯（John H.D.Rabe）亦向德国政府报告南京被日军占领一月之内发生不只两万起强奸事件。麦加伦（JanesH.MacCallum）牧师送燕京审判庭的证词有“强奸-一强奸-又是强奸，我们计算一夜至少有一千起”之语。东京审判判决书说：“全城中，无论是幼年的少女或老年的妇人，多数都被奸污了。”贝德士在作证时说过，从1938年2月6日、7日直到那年夏天，很多严重的暴行还在发生。因此，据“安全区”的国际人士的统计与估计，“南京遭受强奸的妇女至少八万人之多”。
    日军四出强奸妇女而奸杀并施，日以千起，我南京全城妇女，人人自危。日军蹂躏我妇女之方式离奇惨虐，古今史册前所未闻。我妇女坚贞不受辱或受奸含羞而投井和悬梁自尽者何止万千。
    日军入南京后大肆抢劫放火，不仅把南京商业区抢劫一空，而且纵火焚烧。日军入城后，见人就杀，遇屋即烧，烈火不停七周之久，夜晚照成白昼。大火延至白下路、朱雀路、中华路、太平路、中山东路，繁华商业区不数日而化为灰烬。日军总司令松井石根于12月17日抵南京举行入城仪式，在南京逗留一周。12月20日后复作有计划的纵火烧城，市民有敢营救者，尽杀无赦。是日费吴生博士同史迈士教授驾车出所见：
    “城内最重要的商业区太路一带。烈焰冲天。向南行，我们看见日本兵在店铺内放火。更向南行，我们看见日本兵忙着把东西装入军用卡车。青年会已起火，尚未波及附近的房屋，起火的时间显然不久。我们无心细看，匆匆前进，夜间我从窗口眺望，十四处的火舌向天空飞腾。”
    日军放火是在军官指挥下，先由他们在认为可烧的门上划一记号，士兵们再使用汽油和化学药品纵火。国际安全区委员会曾搜集了日军放火用的几种化学引火物的样品。