“南京大屠杀”中杀我军民最多的是第十六师团。其次是第六师团。第六师团是属于自杭州登陆的第十军。其军司令官是日军皇道派，支持1936年“二二六”政变的三将领之一的柳川平助中将（1879-1945年）。他在杭州湾登陆的演说中曾说：“山川草木都是敌人。”该军“军参谋长的注意”有“对支那老百姓的注意”一项：“在华北尤其是上海方面的战场，一般支那老百姓，纵令是老人、女人或者小孩，很多干敌人的间谍，或告知敌人以日军的位置，或加害于日军的单独兵等等，有这样的实例，故不能粗心胆大，需要特别注意，尤以后方部队为然。如果发现这些行为，不得宽恕，应采取断然处置。”（见藤原彰：《新版南京大虐杀》），东京岩波书店，1988年）。
    柳川第十军的随军记者乃说：柳川兵团的进攻之所以如此迅速，是因为在官兵这间有“可以任意掠夺、强奸的暗默谅解。”
    柳川麾下的第六师团，其师团长谷寿夫中将为中国军事法庭因“南京大屠杀”而判处死刑的最高将领。他本人就是罪魁。如同第十六师团长中岛，谷也亲自用军刀杀人，他本人强奸中国妇女十余人。第六师团的随军摄影记者河野公辉曾在该师团司令部看到一份上级传达的命令：“不容许共产主义的暴虐，为粉碎共匪的猖獗活动，农民、工人自不待言，直至妇女儿童皆应杀戮之。”难怪该师团进入南京后，立即屠城。
    “南京大屠杀”时期的侵华日军最高统帅松井石根大将，于战后经东京审判以“南京大屠杀”罪行责任，与东条英机等七人被处绞刑。松井于1937年12月7日发出“南京城攻略要领”之作战命令：即使守军和平开城，日军入城后也要分别“扫荡”。对战俘问题未提只字。在“扫荡”的名义下，不仅可屠杀战俘与散兵（日军称之为“败残兵”或“例衣兵”），亦可屠杀平民。南京沦陷第三日（12月15日），松井再发出作战命令：“两军（上海派遣军与第十军）在各自警备地区内，应扫荡败残兵，收集隐匿之武器与军需器材，扫除战场。”所谓“扫荡败残兵”，意即屠杀战俘与散兵（见李恩涵：《日军南京大屠杀的屠杀责任问题》，载于1990年5月《日本侵华研究》第二期）。
    松井和各师团长的“不要接受俘虏”，“枪毙俘虏”，甚至“难民的命令已昭然若揭。事实上，松井入城后（17日），山田支队在幕府山所获之一万四千余名俘虏于19日上午才动员杀掉。上海派遣军司令官朝香宫即进驻南京，一直留到翌年1月。同时，12月21日第十六团接替第六师团担任南京城防，不但杀人放火、强奸、抢劫未能如日驻南京副领事田中及梅奇牧师所期望的减少，而且更形加剧。第十六师团成为在“南京大屠杀”中屠杀我军民最多的部队。
    日本上海总领事馆获悉日军在南京的暴行，并报告东京外交部。该部东亚局长石射豬太郎在其1938年1月6日的日记中写着：
    “上海来信，它详报日军在南京的暴行、掠夺、强奸，惨不忍睹。鸣呼！这就是皇军！”“这就是‘圣战’和‘皇军’的真面目！”（见陈鹏仁译：《石射豬太郎回忆录》，台北水牛图书出版公司1987年。）
    石射自那时起便称之谓“南京大屠杀”，并提出于三省（陆、海省及外省）事务局长会议，警告陆相和外相予以制止。“南京大屠杀” 当然不可避免的在1937年11月20日设立的“大本营”会议上讨论。大本营的联席会议，首相、陆相、法相、外相、参谋总长等及各部门次长和局长都出席的，会议内容由首相亲奏天皇，同时陆相及参谋部长经常不通过首相、直接上奏天皇。日本重大问题之最后决策均操于天皇之手。（见井上清：《天皇之战争责任》，东京现代评论社，1987年；《昭和天皇之独白》载于1990年12月号《文艺春秋》）裕仁对进攻南京极为重视，支持军部及内阁之主战派，扩大对华侵略战争，密切注意南京战事之进展，何况十天前他才派他的叔父朝香宫接任上海派遣军司令官。翌年2月26日，裕仁亲自召见松井石根，朝香宫及柳川平助，对于他们之攻克南京，予以嘉勉，并各赠一对镶皇家菊花的银瓶为奖。毋庸置疑的，裕仁对南京大屠杀的责任远超过这三位受奖的现行战犯。