复次，掠夺与征收也与“南京大屠杀”有关。日本对华的七十年侵略就是抢掠。在战时国家有计划的侵国各掠夺与个人犯罪的抢劫就混而为一了。日军二十万自上海和杭州湾向南京进攻，交通破坏，部队分散，粮食无法补给，乃实行“就地征收”。如日军一排长曾根一夫所述，他们的部分自距上海三十公里的太仓开始即“就地征收”维持生命。征收成为各部队的主要活动，经常进行，迅即演成为抢劫、强奸、焚烧及屠杀。曾根并说：那时已有一部分部队采取“三光作战”，“即对敌人不分军民全部的杀光，将财物资料全部抢光，将人民居住的市街，村庄全部烧光。”
    最后，“南京大屠杀”的直接责任问题，马吉与田伯烈在东京审判作证时，都认定大屠杀系在南京战地指挥官与东京帅部完全知悉与同意下进行的。贝德士在作证时更说：“在这秩序混乱的七个星期中，我们一次也没有看到或听到过惩办这些士兵犯罪行为的情况，更谈不上有人受到处分了。”按着上述东京审判所获的日军命令所说，“如果将参加过战争的军人一一加以调查，大概全都是杀人抢劫、强奸的犯人”，则二十万进入南京的日本官兵从上至下几乎全是犯人，应对“南京大屠杀”负责。但是，日军是层层节制，阶级服从，迄至日本战败，维持不变。中外学者对于“南京大屠杀”的命令来源多追溯至1932年上海事变祸首之一，后任日本陆军部军务局长田中隆吉少将，在其1948年东京新风社出版之《被割断的历史：战败秘话》中所作的回忆。于19384月曾在朝香宫指挥下的“上海派遣军”任情报主任参谋的长勇中佐（后调任第七十四联队长晋升大佐），对田中夸口说，是他擅用军司令官的名义下令屠杀俘虏：
    “由于在杭州湾登陆的柳川兵团推进神速，在约有三十万中国兵被切断了退路，他们丢下武器，向我役降。要处理这么多俘虏，粮食方面是个最大的问题。我立即擅自向所属各部队发出命令：应全部杀掉这些俘虏。我利用军司令官的名义，通过无线电讯传达了这项命令。命令的全文，当即烧毁。由于这一命令，大屠杀开始了。”
    我们对田中和长勇的话实在难以相信。以区区中校竟敢擅自代上海派遣军司令官发令，而且是口头命令，恐在任何有组织有纪律的军队都不可能，何况可谓当时世界上最讲阶级服从的日军。另据第十六师团一位炮兵观察班长泽田正久的证言：
    “俘虏数目一万左右，遂报告军司令部，司令部命令应立刻予以枪决。”
    这个命令显然来自上海派遣军参谋长饭沼守，因为泽田还批评他说：在五个月前在东京听饭沼演讲时，他还讲应该善待俘虏，今却说：“应立刻予以枪决”。参谋长是幕僚，为主官出谋划策，处理日常工作，如此关系成千上万的俘虏的生命问题，他既无权也不敢擅自处理。参谋长当然可以代主官下达命令，可是处理这样重大问题绝不能作主。军司令官朝香宫鸠彦王为日皇裕仁的叔父，于1937年12月2日始被日皇任命继松井（晋升为华中方面军总司令官）为上海派遣军司令官，而于12月5日赶至前线就职，他势必与各师团长经常以电话电报联络，就近指挥。另据第十六师团第三十八联队副官儿玉义雄的回忆（连同泽田正久之回忆，均载于亩本正己所著《证言：南京战史》（5）1984年8月份《偕行》杂志）：
    “当联队的第一线接的这南京城一、二公里，彼此正是混战时，师团副官以电话说是师团命令：‘不能接受支那兵的投降，并予以处置。’……师团长中岛今朝吾这个命令我实在无法接受，我曾对参谋长及其他参谋建议过几次，但未能获得其同意，所以我也有责任。”
    第三十八联队长助川静二大佐在证言中说，屠杀俘虏的命令是师团长所下的。中岛师团长在其1937年12月13日的日记（《增刊历史与人物》，中央公论社，1984年12月）说：“因采取大体不留俘虏的方针，故决定全部处理（屠杀）之，……据知，仅佐佐木部队就处理掉约一万五千人，守备太平门的中队长处理掉一千三百人，现集中在仙鹤门附近的，约有七千到八千人，而且俘虏还在不断来降。”
    上海派遣军的第十三师团属下之山田支队（即第六十五联队）于12月14日在南京东北幕府山附近获得中国俘虏一万四千余名。经山田少将支队上报请示处理办法，军部三次向东京大本营军部请示，第三次复电为“按照军司令部的责任去干”，遂有朝香宫司令官及师团长所下达的一连串“处理掉”的命令，该批俘虏延至19日上午始动员予以全部杀掉。