天聪九年二月后金编审喀喇沁壮丁为十一旗。除喀喇沁的古鲁思辖布、耿格尔和单巴以及土默特俄木布楚虎尔所辖三旗外（注：王鐘翰先生在《清初八旗蒙古考》一文中认为这三旗仍隶于满洲八旗之下，载《清史杂考》，人民出版社1957年版，第117页。但是这三旗应属外藩旗，是外藩旗的雏形。王湘云女士及郭成康先生都曾予以纠正。参见王湘云《内扎萨克的建立问题》，《社会科学辑刊》1986年第1期；郭成康《清初蒙古八旗考释》。），其余八旗喀喇沁壮丁都与满洲八旗旧属蒙古分别合并，建立了蒙古八旗。那么古鲁思辖布等所辖三旗的设立是否标志着内扎萨克旗的建立呢？我认为这也不能算作是扎萨克旗制度的建立。
    自天聪八年开始，察哈尔部及其兼并的右翼各部人众纷纷归附后金，蒙古来降人数骤增。因此后金先后将来自察哈尔部的降者编入满洲八旗（注：中国历史档案馆译《清初内国史院满文档案译编》（以下称《内国史院档》）上册，光明日报出版社1989年版，第87、88、104、132、133、193页。），接着于天聪九年二月，编审来自各地的喀喇沁壮丁，定其归属，将分散来归的蒙古台吉及其部众分别编入八旗，与八旗旧蒙古合并，建立了蒙古八旗。这八旗蒙古不是独立于满洲八旗之外的旗，而是分别附属于满洲八旗（注：参见王鐘翰《清初八旗蒙古考》。）。而古鲁思辖布等人则因率部投附有功，再加部属众多，没有编入八旗旗下，允许他们仍统领原属部落，享受原兀鲁特、喀尔喀等部曾独自为旗的待遇。当时他们被封为固山额真，管理旗务。但是，在这三个旗内当时没有划分牛录，也没有像其它八个旗那样设立梅勒章京和甲喇章京等官员。也就是说只是将古鲁思辖布等人所属部众从编入八旗的喀喇沁人众中划分出来，为下一步的安排作准备，可以说它只是扎萨克旗的雏形。建立扎萨克旗，是清朝为改进对藩部原有统治方式而采取的一项重大施政措施。这次编审喀喇沁壮丁时划分出的类似后来外藩旗的三旗，无论是从其性质上，还是在规模上，都不能说是这项措施的正式实施，因此也不标志着扎萨克旗制度的正式确立。
    扎萨克旗制度的建立和实施似在崇德元年。这年四月，由于察哈尔汗已亡，漠南蒙古十六部四十九王公与满洲八旗王公和汉军诸王共上皇太极尊号，标志着漠南蒙古诸部尊皇太极为蒙古的大汗，全部归顺后金。由于这个重大事件，后金改国号为大清，建元崇德，并在政治制度上进行了一系列的变更，以适应新形势的发展。对于蒙古，此前已将俘获和先后零散归附的蒙古部众编为蒙古八旗，或直接编入满洲八旗之内。下一步就是如何在相对独立的藩属蒙古各部中更进一步推行满洲制度，建立较前更为直接的统治。
    崇德元年四月，清廷为酬谢有推戴之功的蒙古贵族，分别赐与世爵，同时授予扎萨克之权，继续管领部落。同年十月清廷派遣蒙古衙门长官阿什达尔汉等人分别前往蒙古地区，与蒙古诸王、台吉会盟，清点壮丁数额，统一编制牛录，任命牛录额真，建立旗分，在蒙古推行满洲制度（注：汉泽《满文老档》下册，第1661-1682页。）。科尔沁部编牛录设旗情况如下：
    在《满文老档》上述记载里，应有十三旗，乌喇特内图巴等三个首领分别统计户口数，虽未明确说明，从后来的情况看似分为三个旗。其它标星号者，在《满文老档》中被称为族（即爱马克），附牧于其他旗下。图拜色棱、绰博郭率部附牧于扎鲁特部左翼内齐旗下，受其兼辖（注：《清太宗实录》崇德二年九月己巳条。）。茂明安的车根附属于扎鲁特右翼桑噶哩旗下。其他“族”的情况大概也是如此。值得注意的是所谓天聪八年“划分户口”的敖汉等部实际上此时才真正审计户口，编为牛录。科尔沁十旗加上这十三旗共二十三旗，再加察哈尔一旗，喀喇沁一旗，土默特二旗、共二十七旗。据《软定外藩蒙古王公表传》和《蒙古游牧记》记载天聪九年封喀喇沁二扎萨克，色棱掌左翼，与《清太宗实录》记载不同，此旗可能是后来才分出的。从《满文老档》记载来看，在确定旗分和编制牛录时，一般不改变原有的隶属关系。例如有些牛录是由几个台吉的属人组成，有些台吉的属民较多，可以编成几个牛录。由于不改变原有的隶属关系，所以各旗的大小也不一致。其旗长的名称当时汉译为“执政贝勒”或“扎萨克贝勒”，自崇德七年始统一为“扎萨克”（蒙古语执政、执政者之意）。实际上这个名称的确定应在崇德元年，只是汉译名不是译自蒙古文，而是译自满语，所以出现了所谓“执政贝勒”、“扎萨克贝勒”等不同称呼。游牧地虽然是形成旗的重要因素之一，但是在当时动荡的形势下并不是一成不变的，随着政治形势变化和蒙古来附部落的增加，不断地在调整和再划分。相对而言，社会制度形成后比较稳定。因此牛录的编定、牛录额真及扎萨克的任命，相对于划分牧地更为重要。这几件事的完成就标志着扎萨克旗的建立，而这些都是在崇德元年完成的。
    二
    我们已经提到崇德元年初建的扎萨克旗有二十七个，但是在《内国史院档》、《清太宗实录》等史籍中，从崇德二年十月开始出现“外藩蒙古两翼十三旗”的说法（注：《内国史院档》上册，第259、260页，《清太宗实录》崇德二年十月乙未条。）。此后崇德五年、六年元旦朝贺时也提到外藩蒙古十三旗（注：《清太宗实录》崇德五年正月癸丑条、六年正月丁丑条。）。这又如何解释呢？崇德元年四月漠南蒙古十六部四十九王公上皇太极“博格达彻辰汗”号之后，“分叙外藩蒙古诸贝勒军功，封科尔沁国巴达礼为和硕士谢图亲王、吴克善为和硕卓礼克图亲王，（察哈尔部）固伦额驸额哲为和硕亲王，（科尔沁部）布达齐为多罗扎萨克图郡王、满珠习礼为多罗巴图鲁郡王，奈曼部落巴图鲁衮出斯为多罗达尔汉郡王，（翁牛特部）孙杜棱为多罗杜棱郡王，（敖汉部）固伦额驸班第多罗郡王，（科尔沁部）孔果尔为冰图郡王、（翁牛特部）东多罗达尔汉戴青（即栋戴青），（四字部落）俄木布为多罗达尔汉卓礼克图，（喀喇沁部）古鲁思辖布为多罗杜棱、单巴为达尔汉，耿格尔为多罗贝勒”（注：《清太宗实录》天聪十年四月丁酉条。）。满洲贵族在崇德元年第一次设立亲王等五等爵号，这十四人是最先受封爵号的蒙古贵族，随着封授满洲爵号，他晒懦坪啪捅蝗∠这也是清朝在蒙古施政的一个重要内容。《清太宗实录》只记录了这十四位被授予贝子以上爵位的蒙古贵族，对受封较低级爵位及扎萨克职衔的情况没有记载。从《钦定外藩蒙古回部王公表传》和《大清会典》等史籍记载可知，当时有些台吉受封为镇国公、辅国公等低级爵位以及扎萨克衔。崇德二年十月上表及受赏赐的十三旗王公基本是上述受贝子以上爵位的人，但是缺察哈尔亲王额哲、冰图郡王孔果尔、多罗贝勒耿格尔三人。耿格尔，亦记作查萨衮（即扎萨克）诺颜耿格尔，已在崇德二年十月前以罪削爵，因此首封贝子以上爵号者这时只剩十三人。额哲和孔果尔两人可能因故未至。满、蒙、汉诸王贝勒上表贺寿之后，皇太极赐“内六旗诸王、贝勒、贝子等每旗银六百两，恭顺王、怀顺王、智顺王各马二匹，貂皮二十张，银二百两。外藩蒙古十三旗诸王、贝勒、贝子等每旗各甲二副，雕鞍一副，玲珑撒袋一，弓矢俱全。蟒缎二匹，素缎十八匹，布二百匹”（注：《清太宗实录》崇德二年十月乙未条。）。从受赏者都是满、蒙、汉有贝子以上爵位者来看，所谓“外藩蒙古十三旗”当指上述首封爵号的蒙古王公。从编牛录建旗时的情况来看，其中科尔沁部满珠习礼在乌克善旗内，耿格尔被削前与单巴在同一旗，可知不都是扎萨克。因此所谓“十三旗”显然不是指扎萨克（旗）的实数，而是指上述有贝子以上爵位的十三王公。《内国史院档》中有关崇德三年正月外藩蒙古分两翼进贡的记载也说明了这个问题：
    左翼：科尔沁土谢图亲王率本翼官员，于大清门外行礼，谨奉表称贺，其文曰：“外藩土谢图亲王巴达礼、卓礼克图亲王吴克善、扎萨克图郡王布达齐、巴图鲁郡王满珠习礼，遣众扎萨克贝子、大臣等，谨奉表与宽温仁圣皇帝陛下。……”（注：《内国史院档》上册，第258页。）