右翼：察哈尔部落额驸鄂哲（即额哲）遣本翼朝贡大臣等，于大清门外行礼，进表称贺。其文曰：“外藩察哈尔部落额驸鄂哲、奈曼部落达尔汉郡王衮绰克（即衮出斯）、翁牛特部落杜冷（即杜棱）郡王、四子部落达尔汉卓里克图俄木布、达尔汉戴青董（即栋戴青）、敖汉部落额驸班第、喀喇沁部落扎萨衮杜冷古鲁什希卜（即杜棱古鲁思辖布）、土默特部落扎萨衮达尔汉沙木巴（即单巴）遣各扎萨克贝子、大臣等跪呈表于宽温仁圣汗陛下。……”（注：《内国史院档》上册，第258页。）根据这个记载，左翼缺少孔果尔，右翼缺少被削的耿格尔。但是史载同年五月：“冰图王来朝。因有痘疾之信，未之入城，自法库遣返时，上命设宴一次饯行。于是，蒙古衙门承政于初九日携宴用牛一头，羊十只之价银、缎两匹、佛头青布四十匹往”（注：《内国史院档》上册，第310页。）。显然，年迈的冰图郡王孔果尔在元旦朝贺时因故未至，所以五月份亲自前来朝见，又闻痘疾之信，故未至沈阳而返。可知上述十三人中实际只缺席孔果尔一人。
    崇德三年正月“外藩蒙古两翼十三旗所贡如下：合计马七十八匹，食用牲畜牛十三头，羊一百四十只”。又“赐外藩十三旗，每旗蟒缎一匹，缎八匹，毛青翠蓝布一百匹，一等甲胄一副，插有弓矢之一等玲珑撒袋一个，二等雕饰鞍辔一副并配有红毡之马，翠蓝布缝制之鞍笼”（注：季永海、刘景宠：《崇德三年满文档案译编》，辽沈书社1988年版，第6、9页。）。这是受封世爵者正常的贡献和享受的赏赐。同时受赏赐的所谓“十三旗”来朝使者分别由以下诸人所遣：
    左翼科尔沁部：土谢图亲王、卓礼克图亲王、扎萨克图郡王、科尔沁福妃、拉玛斯喜、东果尔、穆寨，扎赉特部达尔汉和硕齐，杜尔伯特部塞冷，郭尔罗斯部布木巴、古穆。
    右翼各部：奈曼部达尔汉郡王，敖汉部班第额驸郡王，扎鲁特部内齐、桑噶哩，四子部达尔汉卓礼克图贝勒，巴林部满珠习礼、阿玉希，翁牛特部杜棱郡王、达尔汉戴青，阿鲁科尔沁部穆章，喀喇沁部查萨克杜棱、色棱，土默特部扎萨衮达尔汉单巴、俄木布，乌喇特部图巴、俄本、巴克巴海（色棱子）。
    按左翼各部加上福妃（莽古斯妻，孝端文皇后之母，满珠习礼、吴克善之祖母）的使者为十一人，其中穆寨是冰图郡王属下。右翼十七人，各赏缎一匹，佛头青布八匹，乌喇特部杜巴、俄本、巴克巴海三人之使者合赏缎二匹，佛头青布十六匹（注：《内国史院档》上册，第261页。）。这只相当其它两旗的份额，但是三月份又称作乌喇特三部，可知还是分三个旗，可能由于旗小而减少了其赏额（注：《内国史院档》上册，第288页。）。从以上情况来看，所谓十三旗所遣官员几乎包括了所有归附清朝的蒙古部落。左右翼的划分，最早见于天聪十年四月上尊号后宴请外藩蒙古贵族之时（注：汉译《满文老档》下册，第1438页。）。左翼以科尔沁部的土谢图亲王和卓礼克图亲王为首，二人分掌科尔沁右、左两翼各五旗。清代史籍中称之为科尔沁国。右翼则以察哈尔为首，也常称其为察哈尔国。自崇德年间开始无论分编牛录还是会盟，一般都是分左、右翼两处进行。可知当时全部外藩蒙古分为两翼，也就是后来的两个盟。
    崇德三年九月，清廷宴请外藩十三旗前来探听消息的使者，这十三位派遣使者的人中有阿鲁科尔沁穆章、巴林部满珠习礼、扎鲁特部桑噶哩、内齐、喀喇沁部色棱、乌喇特部俄本等六位不是首封王贝勒。此后在五年正月、六年正月来朝的外藩蒙古十三旗诸王贝勒每次都不尽相同，先后出现的王公几乎包括了外藩各部的首领们。而“外藩十三旗”这种说法自崇德二年一直沿用到崇德七年出现“外潘二十七旗”之说为止（注：《清太宗实录》崇德七年正月辛未条。）。在此期间，显然是由于上述首封蒙古贵族地位显赫，故以他们的爵位之数统称外藩蒙古为“十三旗”，并不是指实有的扎萨克旗数。正如崇德元年封爵的满洲贵族人数与八旗的旗数不同一样，蒙古受封爵的人数也与扎萨克旗旗数无关。“十三旗”的说法很可能是相对于满洲八旗贝勒而言。清代《大清会典》及张穆《蒙古游牧记》等史籍，习惯于以封授爵号作为扎萨克始封的时间，即建旗的时间。从《清太宗实录》等史籍记载来看，自崇德年间开始，蒙古贵族率领较大的部落来归者一般都可以得到爵号，同时也得到继续管领其部民的权力，成为扎萨克。因而后人常以何时受封爵作为某旗建立的时间。但是崇德初年的情况不尽如此，初封爵号时比较严格，并不是所有管旗扎萨克都能享有，许多人只得到扎萨克衔和较低级的封号，有些受封爵者也不一定是扎萨克。因此在计算崇德年间扎萨克旗数时，不应将封爵与扎萨克旗的建立完全等同起来。例如扎鲁特部内齐、色本（子名桑噶哩）、巴林部满珠习礼等人，在天聪八年就被称为外藩“执政贝勒”（注：《清太宗实录》天聪八年十二月己酉条。），又是天聪十年上皇太极尊号的蒙古贵族，他们即使不封爵，封扎萨克衔也是不会有疑问的。他们之所以未获封爵，与他们最初一直与后金作对，势穷力衰才来归附后金有直接的关系。前已言及，扎鲁特左、右翼的内齐、桑噶哩等所部在崇德元年底编牛录时已被称作旗，此外在崇德二年五月征朝鲜返回时也称为旗。又据《内国史院档》崇德三年正月记载：“扎鲁特部落内齐，所辖绰博辉（即绰博郭）与塞楞（即图拜色棱），相斗滋乱，内齐知而不加劝止，以反令出使，取其牲畜。遂议解扎萨克任，罚马五十匹。国舅阿什达尔汉、塞棱、尼堪奏闻。上恤免其罪”（注：《内国史院档》上册，第266页。）。这是此案处理的结果。而派阿什达尔汉等前去审理此案的时间是在崇德二年九月，即从朝鲜班师未久。阿什达尔汉等行前，清太宗谕之曰：塞冷、绰博辉部众属内齐兼管，而内齐虐使之，强夺其牲畜财物，此行应将审办此案作为第一要务（注：《清太宗实录》崇德二年九月己巳条。）。崇德元年编牛录时，色棱、绰博辉两族就附牧于内齐所掌的扎鲁特左翼旗，因此其旗应建于崇德元年。再如崇德三年后金征喀尔喀至归化城，随征的巴林部满珠习礼未经奏请，私自遣返其兵，“至是（四年八月）议满珠习礼罪，应夺所属人员，革扎萨克衔。奏闻，上宥之。上夺十户人员，四户与四子部落达尔汉卓礼克图贝勒，六户与扎鲁特部落内齐、桑噶尔（即桑噶哩）二人”（注：《清太宗实录》崇德四年八月乙巳条。）。据《表传》记载，巴林、扎鲁特首领到顺治五年才封爵，但是他们早已是一旗之主，是扎萨克无疑。另有一条资料也说明封爵与封授扎萨克不完全一致。如《满文老档》崇德元年六月有条记载说：“圣汗谕曰：‘鄂木布楚虎尔，前曾命尔来，欲赐名号，因大水汜溢，未能成行，实属诚然，今即停止前来，速往尔贸易处所，急于遣尔者，盖此次我出征大军，必入长城，由彼遣人报信，路途辽远，不能速至，故令尔亲往其内地探取消息，速来奏闻。尔若诸事齐备完毕，务於本月二十日以前起行，俟尔还时再赐名号”（注：汉译《满文老档》下册，第1511页。）。土默特部鄂（俄）木布楚虎尔是参与推戴皇太极称帝的蒙古四十九王公之一，四月份因大水未能前来参加上尊号仪式，失去了封号机会。史籍中不见有补给的记载，但是他此时是扎萨克无疑。如史载鄂木布楚虎尔于崇德四年卒后，其子固穆嗣掌扎萨克。
    自崇德七年正月开始在《清太宗实录》中又出现外藩“二十七旗”之说。从《表传》等书的记载来看，崇德年间蒙古有辅国公以上爵位者只有十几人，不足二十七人，因此“二十七旗”似指实有旗数。如崇德四年二月出征明松山，外藩蒙古右翼诸部首领十三旗兵来会（注：《清太宗实录》崇德二年二月丙午条。）。四月，清军班师，首先分遣四子部、二翁牛特、二巴林、穆章（阿鲁科尔沁旗扎萨克）等六旗蒙古兵还，次遣敖汉、奈曼、三乌喇特、二扎鲁特等部落七旗蒙古兵还，共十三旗。五月，“遣理藩院参政塞冷、尼堪等往滔里河波洛代刚甘地方会同科尔沁十旗诸王、贝勒审问征济南府中后所时少发兵马之故，定其罪案”（注：《清太宗实录》崇德二年五月戊午条。）。八月，又命多尔济达尔汉诺颜等率八旗内外审事官“集敖汉、奈曼、三乌喇特、二扎鲁特、穆章、四子部落、二巴林、翁牛特诸部于西拉木伦河乌兰布尔噶苏地方，会同外藩贝勒大臣等会讯征济南府、中后所二处遣兵不及额及一切事情”（注：《清太宗实录》崇德二年八月庚寅条。）。以上旗数与崇德元年编牛录时的情况基本一致。即科尔沁十旗，其余各部十四旗，加上喀喇沁一旗、土默特二旗、共二十七旗。所谓“二十七旗”，可能就是指这二十七旗，而不是封爵数。
    另外在《清太宗实录》中还有几种不同的记载，如崇德七年（1642年）四月记赐外藩二十旗头目及仆从人等；七月又记：“赏外藩二十四旗贝勒下头目二十三人缎布，赐宴遣还”；八年正月，又出现一次“赐外藩十七旗来朝各官缎布有差，仍赐宴”（注：《清太宗实录》崇德七年四月乙卯条、七月丙子条，崇德八年正月丙申条。）的记载。这些记载显然是指当时来朝的具体人数，而不是旗的总数。而“外藩二十七旗”之说一直延用到顺治十三年，如《清世祖实录》顺治三年（1646年）正月壬子条云：“定外藩蒙古二十七旗庆贺圣诞进献牛羊例”。可知这是一个常数，确实是崇德及顺治初年的实有旗数。