自清统治者入关以后，接连在各地挑起诸如圈地、剃发、屠城等激化民族矛盾的行动，京师是全国的心脏，这里所发生的一举一动，更为人们所注意。因此，尽管圈房的决策已定，并为此屡下诏谕，但面对现实，毕竟有所忌惮，在类似像傅景星这样的汉官吁请下，圈房行动曾一度陷于停滞，但矛盾并无根本解决。
    顺治五年（1648）八月，顺治帝福临在谕户部等衙门中强调，京城因满汉杂居造成争端频发，社会无法清宁，再次提出迁徙汉人出城的主张。诏谕称：
    京城汉官民原与满洲共处，近闻争端日起，劫杀抢夺，而满洲人等彼此推诿，竟无已时，似此何日清宁，此实参居杂处之所致也。朕反复思维，迁移虽劳一时，然满汉各安，不相扰害，实为永便。除八旗投充汉人不令迁移外，凡汉官及商民人等，尽徙南城居住，其原房或拆去另盖，或贸卖取价，各从其便。朕重念迁徙累民，着户工二部详察房屋间数，每间给银四两。此银不可发与该管官员人等给散，令各亲身赴户部衙门当堂领取，务使迁徙之人得蒙实惠。六部、都察院、翰林院、顺天府及大小衙门书办吏役人等，若系看守仓库，原住衙门内者勿动，另住者尽行搬移；寺院庙宇中居住僧道勿动，寺庙外居住者尽行搬移；若俗人焚香往来，日间勿禁，不许留宿过夜，若有违犯，其该寺庙僧道，量事轻重问罪。着礼部详细稽察，凡应迁徙之人，先给赏银，听其择便，定限来岁岁终搬尽，着该部传谕通知。(11)
    比较以前的圈房诏谕，这一次无论就搬迁对象（汉官及汉商民），或迁出后安排去处（尽徙南城外城），以及动迁时限（限顺治六年十二月止），都作出明确的规定。其中最重要的是，改变以往的无偿圈占，准许房主可选择拆去另盖，或贸卖取价。凡愿出卖者则按房屋间数，每间给银四两的价值，亲赴户部领取。随后，朝廷又追加恩典，同意迁居者“有地土者准免赋一年，无地土者准免丁银一年”(12)。
    迁居既然限期执行，但在具体实施中，仍困难重重，正如工科右给事中魏象枢所言，“南城块土，地狭人稠，今且以五城之民居之，赁买者苦于无房，拆盖者苦于无地，嗟此穷民，一廛莫必，将寄妻孥于何处乎”。故建议朝廷敕谕有关衙门，“尽察前三门外官地官房可为民居者，许令量地输银，给以印照，俾作永业”。结果得到批复，谕令工部会同五城御史，查察“南城官地并民间无房空地，将迁徙官民好生安插”(13)。内城商民大批迁居前三门外，促进了这一地区街市的繁荣。明末清初人谈迁在《北游录·纪闻》中记录了他亲身的感受：
    都市，北方待期而市曰集。京师大明门两旁曰朝前市，不论日；东华门外灯市，则元节前后十日；东华门内曰内市，则每月三日；正阳门之桥上曰穷汉市，则每日晡刻；刑部街西都城隍庙市，则每月朔望及念五日。今庙市移外城报国寺，期如前。甲午冬，增灵佑宫，则每月初八日。灯市亦移正阳门外，闻之人曰，皆不如昔日之盛。(14)
    谈迁说的前面一段是指晚明事。所称大明门，入清后改叫大清门。后面一段是谈内城汉官民迁居后，商业中心转移，原在内城的集市和灯市也随之迁到外城。只是人们在不断遭受骚扰的惊恐之余，社会秩序恢复仍需时日，故有今不如昔之叹。在当时，由于内城外迁居民众多，只靠前三门沿线难以容纳，所以也有不少人家选择城郊各城门关厢一带聚居。一则此地离城不远，便于谋生，再则与前三门热门区段相比，地价亦相对便宜，易于盖房租房，不过这大都是一些生活比较贫困的低层百姓。尽管如此，百姓迁居后，也不意味着生活就平稳安定了。顺治十六年（1659）闰三月，左都御史魏裔介乘轿至南城都察院衙署，见有百姓数百人号泣于衙门口。经询问，原来在崇文门外打磨厂有空地一块，先前曾被内城迁居失业之民作为官地安顿约千余家。十年后，大兴县奉户部令发出传票，称此系嘉蔬署官地，须得限时腾退。魏以此上疏请命：“至京师内城失业之民，既给与官地，宜即令永业，勿复圈为园囿，致转徙流离。”(15)可见只要有关当局有了新的意愿，仍可置先前承诺于不顾，再次侵害百姓利益。
    经过顺治五、六年大规模的逼迁活动，京师的居住格局终于形成，出现了内城由旗人占据，外城和城周围是汉人住地的基本状况。曾在顺治十年（1653）十月抵京，十三年（1656）二月离京南返的谈迁，所见京师官民居址已是“汉人尽归之外城，其汉人投旗者不归也，内隶内城”，并按旗色分驻内城各地。(16)康熙二十六年（1687）来到中国的耶稣会传教士洪若翰，在给法国国王路易十四的书信中也明确指出：“北京由两个城组成：第一个是满人城，皇帝的宫殿就在这个城的中央，第二个是汉人城。这两个城是相连的。”(17)又如再晚一些的沙俄特使、荷兰人伊兹勃兰特·伊台斯记述：“住在北京城内的大部分是鞑靼人，汉人必须住在外城和关厢，那里有最大的市场和店铺。”(18)鞑靼人是当时西方人对北方少数民族的泛称，这里指的满族人，实际上包括满、蒙、汉在内的八旗人。清朝统治者所以要在京师急切推行满汉分居，除沿袭早先聚族而居的习俗，主要是进关以后，面对庞大汉族民众而产生的不安全感所采取的措施。他们把八旗中大部分精锐安置在京师，而京城的居住核心紫禁城是皇帝和家口的住所，然后是皇城，系皇帝私属内务府三旗居地，然后才是外八旗。外八旗有上三旗和下五旗之分。其中上三旗中的镶黄、正黄两旗，均分列左右两翼之首，这都是大有深意的。康熙以后，随着皇帝看重西郊园居，于是围绕畅春、圆明等苑囿地区亦移驻八旗分点聚居，以作守备。京师的这种八旗军眷单独城居的模式，后来也为各地驻防军队所效仿，并名之谓满城。
    清初京师的迁居活动之所以前后拖延五六年多，就是因为此等做法严重地侵犯了在城的汉族官民利益，遭到人们明里暗里的抵制，这才迫使统治者调整政策，适当给予经济补偿，并划官地供建新房，减少搬迁阻力，使京师内城终于成为单一的旗人住居区。