对于高乡来说，大浦浅狭的连带后果是塘泾河港等支河隔绝不通，进而使得潮水涨退循环不顺，浑沙在港浦中淤积。明中期，高乡诸州县曾各自组织疏浚境内的大塘浦，每次疏浚之后，为了维持大浦的持续畅通，常常需要保证足量清水东泄冲淤。譬如明中期常熟县疏浚白茆塘后，为了保持低乡湖区所泄的清水全入白茆，曾在太仓北境与昆山、常熟交接处的七浦河上筑有一堰，称作“斜堰”。此堰一筑，巴城等湖的清水不再流入常熟任阳和太仓直塘、沙头一带以东的太仓境内，太仓干河七浦河被浑潮所淤，“傍浦之田无虑数千顷，莫资灌溉，浑潮日积，渐成平陆，兼以连年旱暵，常稔膏腴尽皆龟拆。官逋私负，无从出矣”。[7]七浦本来是泄放湖水最近捷的港浦，又是太仓东南高乡重要的灌溉河道，显然，斜堰的修筑打破了原有的水利形势。明后期太仓学者陆之裘撰《水利说》便指出了斜堰“旱病高乡，潦病低乡”的危害。[8]当时太仓民人因七浦之浅狭而蒙受损失，因此对斜堰之害有较清晰的认识，然而常熟、昆山，浚河后占享先利，当仁不让。嘉靖年间太仓州人张槚在《答晓川太史论水利书略》一文中批评了昆山西北、常熟南境之人为图私利而拒开堰的态度，也突出了太仓高乡对于苏州农田水利的重要性。[9]嘉靖年间，太仓州的文人、士大夫对水利问题的重视，与弘治十年(1497年)太仓设州后当地社会经济以及农田水利事业的发展有关。斜堰问题的解决，在嘉靖中叶终于提上议事日程，嘉靖二十五年(1546年)，太仓州在巡抚都御史欧阳铎的支持下，协同昆山、常熟两县将斜堰改筑置闸，“遇淫潦则闭闸，而昆山、常熟之民免于水，遇蕴隆则放闸，而太仓之民免于旱”，[10]并在此后疏浚了七浦河。
    其实，斜堰问题只是嘉靖中叶昆山、常熟间农田水利矛盾关系的一个侧面，而昆山与太仓间的纷争，后来甚至上升到太仓州政区兴废的问题。张槚所述“低田多而其税复重，高田少而其税复轻。自是以来，议者皆以水为患，而不复忧乎旱也。以槚观于今日则不然”[11]点出问题的实质，则是嘉靖十七年后高低乡因税率调整造成的赋役升降问题。⑥嘉靖中叶，太仓高乡开始面临着赋税上调的压力。在压力刺激之下，垦殖开发的速度也再次加快，民人故意湮塞港浦、围垦河身的现象也日渐突出，这就是顾士琏所回顾的“娄江沙涨，群起争佃”热潮兴起的时代语境。由于湮浦占佃，高乡旱情加重，既不利于低乡泄水，又不利于高乡灌溉，所以以往苏州水利患在水，此时更忧乎旱。张槚在《答晓川太史论水利书略》中献水利五策，并强调：“五者皆止为备旱计，然高乡之河港既通，亦低乡之所必由以导水者也。”[12]防治高乡之旱，实际也是为了疏导低乡之潦。整体上看，张槚主张以11世纪水利学家的高低兼治水论，解决明后期东北港浦淤塞和高乡旱情，理论上是合理的。
    备旱须治河，而在塞河请佃的热潮中，治河的重点是规范营田、防止滥垦豪占。在五个计策中，张槚用较多的篇幅直指高乡水利症结，即田地赋税，并主张采用“轻地租以防壅塞”和“慎升科以抑豪强”二策，[13]他的考量在于：由于嘉靖均田改革采取“一刀切”，太仓境内田地税则划一，高阜之地不再享有轻税之便，于是民人进一步铲削冈身高地，求得平地以利灌溉；另一方面，豪民又将铲削冈身之土堆入港浦，或者在支河中筑堰，故意塞淤，每至清查田赋之时，就将新淤之田按塗荡的税则报官升科，这就形成了高乡田地赋税种类的两个极端，一头是统一升高税赋的田地税粮，一头是豪户兼并升科之塗荡米。张槚此二策，旨在一降一禁，希望把高乡人地关系拉回到15世纪的相对均衡状态。
    经过15到16世纪水环境的演变以及赋税制度的改革，高乡形成了治田先于治水、开浦与升科并行的格局。高乡的升科塗荡与低乡围田实质上是相同的，都是地方与官府财税利益妥协而成的土地形态。张槚的建言切中肯綮，然而无济于事。清初顺治年间疏浚浏河时，官方颁布《禁约十条》，所禁之事反映了明后期高乡开发中许多环境问题和民生问题：一禁淤塞支河。傍河支流宜一一随田开濬……不许奸徒霸住水口。一禁栽植芦苇。……凡有芦苇妨碍水道者，听民尽行削去。一禁罾簖渔舟。既阻河流，又伤物命，宜尽拆逐。一禁竹木堆河。商人有开竹木行者，止许架于岸上，不许堆叠河中，以隘舟行之道，以阻通流之水。一禁壅泥入河。岸上新泥不许锄入河内，及随田壅出，以隘河身。一禁拦阻河路。不论航船、民船……不许奸棍借名拦阻，霸占河路。一禁兵丁骚扰。水陆游兵有抢夺船只，打掠民财者。一禁壅遏商贾。有地棍串通营兵，或假装营兵霸住村市关桥，抽取商人财物。一禁石块坝堰。桥必用木石块，则妨水道，至干河中坝堰有碍舟楫，水口私壅，独擅永利者，并令开通。[14]这些禁约反映了造成支河淤塞的原因还不只是霸占水口、栽芦淤河、筑造坝堰以及壅泥入河等行为，渔民罾簖捕鱼作业、竹木商人据河屯货也是导致支河浅狭的因素。顾士琏还曾对这十条禁约进行补充说明，特别指出“泥艘”之害，[15]即海船驶入内河后，因河床抬升，将行海时用以压舱的泥沙丢弃，导致河淤。此外，当时高乡河港上的桥梁路基多用草泥铺盖，在雨季冲蚀，泥沙也壅入河身，其害无异于泥艘，所以顾士琏认为，“泥艘”是造成高乡港浦淤塞的长期危害因素。
    二、专浚干河和不究水利
    面对水环境的剧烈变迁，高低乡州县各谋对策。譬如，太仓把总陈王道在万历六年(1578年)曾向上级汇报建言，他认为在东北港浦必然衰弱的情形下，高乡三十六浦除少数干河能履行泄放湖水的功能外，其他狭小河港“如大钱、铛脚、双鸣、鹿鸣、六尺、东杨林、大舍、桃源泾之类，杂引潮沙，内多淤壅者，虽有形存，欲假之以泄放湖水之溢，殆非所赖也”。因此，他主张高乡水利应采取强干堰支的策略：“为今之计，将常熟之二十四浦如白茆、福山……浦纬河之外，或为市镇之通渠，或为民运之要道，必宜开浚，以利往来。余如张泾……俱着民力开浚之后，各于两头或作土坝，或建闸斗，以潴清水，以节浑潮，不论大小潮汛，使民田均得以资灌溉，而于七浦、湖川、杨林等大塘，亦无诸浦杂引潮沙以致填淤也。即如华亭、上海二县之西，亦有三湖四十八荡及三泖之水，其泄泻出海之路，止藉一黄浦，其东入海之处，未闻有三十六浦之多也。更有海塘以为障蔽，故无海潮之冲而河道皆通。其乡支河，若非舟楫必由之道，俱于两头作坝潴水，以灌田禾，并获畜鱼之利，例可见矣。”[16]陈王道的建议即是保证大的干浦有充足水势冲淤，其他弱势支河干脆双头作坝，不引湖水，也不通潮汐，实际上成为专门蓄水灌溉的河状湖体。他强调，这种策略是广泛采集民意所得，不只适用于太仓，也适用于松江府高乡。
    强干堰支成为高乡水利普遍趋势，其实反映了农作形态的重要变化，意味着横沥冈门、横塘纵浦的塘浦圩田体系已不再成为必要。据陈王道所述，高乡水利失序，而“民多逐末。虽有树艺，亦皆花荳焉耳”[17]逐末和植花，即商业活动和棉花种植，已成为明后期高乡社会经济的新主题。正是基于这种高乡开发格局，陈王道才特别提到，需要保持一部分市镇通渠、民运要道的畅通，其余之支河则可不究体系。此时期，高乡的干、支河道，从原来的塘浦泾浜水网中分离出来，重新构造。许多学者研究江南市镇空间形态时，较多地关注了市镇的水道形态，譬如十字河、丁字河型等，这种市镇与水道的区位关系，很可能是在明中后期才开始普遍生成的。
    16世纪的水利积弊常常可从17世纪的工程运作中反映出来。在16世纪后高乡的加速开发中，许多港浦特别是支河也加速淤垫，这使得17世纪高乡的港浦疏浚工程工巨费繁，因此许多水利学者和治水官员常常主张另开新河。顺治年间顾士琏辅佐州守白登明在高乡主持刘家河疏浚，当时吴淞江已淤塞五六十年，自昆山而东，“百里平芜，弃舟纵马，甚至架房屋、起坟墓”，而刘家河淤塞未久，“南盐铁西尚深阔，石家塘东通潮汐，唯中段淤塞”。如果放弃公塘湾开挑，而选择在北岸直开，河长不过40余里，“平陆故多，池荡不少，恢拓尚易”，[18]因此顾士琏经过详细考察，力劝在刘家河北面另开新河，最终获得官方认可并付诸实施。太仓名儒陆世仪记曰：“古娄江北道，邑志犹有北刘河之称，而岁久湮塞，已成陆壤，兼之河名错杂，几不可辨。顾子谓娄江南出，迂回八十里而遥，朱泾直，当城之东，工相去什百。又娄江浮沙所积，难施畚锸；朱泾平地，易为力。且无奏请酌议、查覆勘报之劳，命官设吏之烦，牵制掣肘、营谋派扰之弊。惟朱泾便。盖一则州中积荒之后，一则以数十年来，未闻大役，一旦兴举，恐漫费无益，虽老成者皆危之，而顾子屹立不动，力排众议，州侯复坚持之，议遂定。”[19]