有关耿橘治水与《常熟县水利全书》(以下简称《全书》)，中日学者已有一些研究成果。⑦耿橘，字庭怀，别号蓝阳，河间献县人，万历三十二年(1604年)调任常熟知县。上任伊始，耿橘即讲求水利，采纳众议并付诸实施。当时，常熟水利事业面临着许多阻梗，邑人陆化淳在《全书》序中概括了妨害水利之五梗：“至今日大都为工费浩烦，仓卒无所倚办，则当道为之梗；尸其利乃避其事，则豪强为之梗；赴役者多，服役者少，则刁顽皮为之梗；鬻法者多，程功者少，则吏胥为之梗；甘苦之相畸，劳逸之相悬，张弛之相左，则怨咨为之梗。此五梗者，水利所以佹兴复废，名兴实废之大窦也。”[37]参照此前所述明后期高乡水利总势，常熟水利无异于其他州县，同样是举步维艰。耿橘上任后发现，当时常熟县田赋“最上每亩不过一石二斗，而实入之数不过一石，乃粮之重者，每亩至三斗二升，而实费之殆逾四斗，是什四之赋矣。以故为吾民者岁丰仅足输纳而犹有所欠。一遇小小水旱，辄流散四方，逋负动以万计”，[38]为摆脱田粮困境，耿橘力行水利，张鼐所撰《瀛海耿公墓志铭》略述了耿橘改革的过程：“(耿)公下令按图籍开浚，修沟洫之事，而责之田主者。顾田主者皆贵人豪室，但坐享佃户供岁入，不复问亩沟通塞何状。令下，率抗不服，公械贵人豪室，仆于里门，以儆督抗令者，而令乃行。”⑧
    在“五梗”之下，耿橘并未如11世纪的郏亶那样被乱众轰门，幞头堕地，反而制服豪室，推行水利，显然非同一般。对于此种玄机，滨岛在研究中揭示了耿橘及其支持者实际上同属东林派，由于当时东林派因得到上级官员的支持而获得权势，耿橘改革派与当时反对派斗争的主要内容，在于水利派浚规则的制定。据滨岛的研究，关于照田派役的改革主张，在16世纪初就已经提出，但到了万历朝耿橘改革期间，才形成较为系统的规范，张鼐所谓的“按图籍开浚”，指的就是照田派役，不能推诿于佃户，这一派役方式显然不利于占有田产的贵人豪室。不过，当时不少乡绅由于享有免役权，仍可躲避差役，因此，改革派同时又推行更为强硬的措施--限制优免，为了使反对派能接受这两项措施，改革派积极说服反对派乡绅，强调如果不进行改革，就会遭到老百姓的反抗，造成水利设施的荒废，还可能引发社会动乱，这促使反对派不得不支持推行自上而下的改革。⑨针对当时地主多城居，土地多为佃农所佃种的实际情况，改革派又以“业食佃力”的原则，即田主出钱给佃户作疏浚之费，由佃户出力的方式，来落实日常的水利兴修和维护工作。
    在努力解决治水机制问题之余，耿橘还到乡村进行了踏勘和调查，[39]在此基础上与主簿王化、张以正等官员编绘了八十五区水利总图，随后又将这个八十五区中应浚的河浦、圩岸一一列出，每区更绘制水利图和圩田图，并详细说明其中的轻重缓急、浚费安排和田粮数目等，可谓纤细入微，极为完备。
    八十五区是耿橘制定的常熟水利总规划，它既是水利兴修和维护的实施单位，又是疏浚费用的调派单位，实质上是系于赋役而旨在水利派浚的一套区划。耿橘在《全书》中说明了八十五个“区”的划分根据，当时县下赋役区划名目较多，大体的系统是县下分乡，乡下分都，都中分图。有时乡又称并，图又称里，都之大者又称扇，以扇统图，有时扇又称作区。显然，这些基层区划是在明初里甲制和粮长制(按：区、扇是粮长所管辖的粮区)后赋役制度的演变过程中形成的，到了明后期，名目存废不一，较为庞杂。更麻烦的是，在各种赋役簿册中，所统计的都、区以下的图的数目多寡不一，相当混乱。要分摊浚费，必须确定一个比较稳定、范围适中、名称互不混淆的基层区划作为调派单位。经过比勘，耿橘发现：“(都、图)多寡分合，今昔异致，吾诚不得其故矣。至于扇与区，二名古志、新志俱无之，惟田粮科则数实载乡、城八十五扇，与今比簿各册数合，今公私通用之。扇即区也，而呼区者为多，顾不以地方名而以粮户名，甚不雅驯。本县此举原为水利，非地志也。然水由池中行，地志不明水，胡以定。故斟酌古今，通其变，将城乡八十五区次第排之，以便称谓。又于各区下仍带都名扇名，以便稽考，复注以地名以便听睹焉。”[40]由于“区”的单位、数目与钱粮簿册能一一对应，所以耿橘认为，虽然“区”不是正式的单位，但只要利于水利运作就应该变通而接纳之，作为常熟县水利区划的单位。
    通过这些努力，耿橘就可以将水利浚治机制落实到基层运作，建立起一整套水利整治程序，这就是由“照田起夫量工”、“水利不论优免”、“准水面算上方多寡分工次难易”、“分工定居”、“堆土法”、“考工法”、“分管员役”、“立章程赏勤罚惰以示鼓舞”、“干河甫毕刻期齐浚支河”九法所组成的“开河法”，其次是由“围岸分难易三等及子岸同脚异顶法”、“戗岸岸外开沟难易亦分三等”、“围外依形连搭筑岸围内随势一体开法”、“筑岸务实及取土法”、“业户出本佃户出力自佃穷民官为出本”五法所组成的“筑岸法”，以及“建闸法”、“水利用湖不用江为第一良法”、“兴工止工”、“设处钱粮”、“出放钱粮”、“高区浚河低区筑岸各随民便”这六项补充条款。这些规定基本囊括了水利工程由定工、派浚、运作、结算、善后的各个过程，又分别在八十五个水利区中分别说明细则，实用性很强。
    在这一套水利整治章程中，对疏浚费用分配的规定，主要是“照田起夫量工”、“水利不论优免”以及“业户出本佃户出力自佃穷民官为出本”，前两者针对的是疏浚工程，后者主要是针对日常的圩岸修筑和维护。如前所述，明后期浚河常常出现官方偏浚干河、支河缺费难理的弊端，耿橘旨在全面解决这一难题，他规定，不论官修还是民修工程，不论是疏浚干河还是支河，不论是大户还是小户，一律照田起夫，理由是：“说者谓有近水利者，远水利者，不得水利者，及田止十亩以下者，分为四等。除十亩以下者免役外，余以三等为伸缩。盖往年之役如此，职深以为不然。本县之田未有不籍水而成者，但河有枝干之殊，水有大小之邑耳。彼干河引江湖之水，而枝河非引干河之水者乎？田近干河者称利矣，田近枝河者非干河之利乎？若必为四等之说，则奸户积书朦胧作弊，上户挪而为中户，中户挪而为下户，近利挪为远利，远利挪而为不得利，而田少愚弱之民反差重役。即有控告，而堂高廉远，下情胡达。官即知矣，亦苦于查算之难，将置之而不问，如小民之偏苦何？故开河，必观水势所向，应用某区某图之民，必无论大户小户，通融验派。”[41]
    耿橘的主张旨在按照水利区划，统一处理区内水利，杜绝因区分轻重而出现舞弊行为，如此一来，只需调出黄册，查出区中各图坐圩田地，找出业户，就可以摊派费用。除了解决上述区分轻重的弊端，分区派浚方法还旨在解决一种较为普遍的情况，就是人户与田产坐落分离，以及人户田产多处分布的情况。耿橘得以作此决策，与常熟县中支持改革的一些乡绅的呼应是分不开的。《全书》附录卷上收录了许多乡绅对于水利改革的建言，其中，奚浦乡绅钱岱就以自己家族的田产状况，举例说明随区疏浚的必要性，支持耿橘的改革。他说道：“照田均派，此今日之公议，而台下当执之以果，断之以必，勿复狐疑者。第均派一节，盖亦有说。治生于福山港，相离稍远，不甚谙习。惟三丈浦，则祖居存焉，即一浦而余港可推，即治生一户而余户可推。三丈浦坐落六、七、八、九、十一及上十四、中十四、下十四等八区，则开三丈浦者，惟照此八区之田，而余区不相涉也。如治生，九都人也，治生一户有九都田，有六、七、八、十四等都田，则皆应派者。若别收各区之田，则与该浦何与，而亦混派乎？譬如低乡，自有筑岸之事，与高乡无干。治生田在低乡，而亦派及，则低乡之民可俱派乎？若低乡之民有田在此八区者，则亦当计亩照派。如治生，虽远离福山港，而有田在彼都，则仍派开福山港，无辞也。治生一户以十分为率，田坐八区内者十之六七，在各区收入者十之三四，此责令各总书查报销圩细数，不能隐蔽。若户内有弟男子侄并入者，只照都分尽派治生名下，治生另行通融，计算分派弟男子侄，总之了治生一户事而后止。此不独官户为然，其民户亦照此分派，则上下轻重至公至平，土俗人情允宜允合，而台下之美意遵行无碍矣。”[42]