另一位乡绅陆枝也表态支持“高区专任开河以防旱灾，低区专任筑岸以防水患”，并明确反对“缙绅以图优免”。[43]在乡绅的配合下，耿橘出台了以八十五区为基础的，“高区浚河、低区筑岸、各随民便”区内派浚总方针，[44]并以“水利不论优免”为原则，解决了在浚河工程派浚的问题。
    当然，高乡干、支河的统一派浚，并不意味着工程上不分主次先后，耿橘在开河法最后一法特别强调仍须先开干河，工程进行一半时，马上筹备支河疏浚，防止耽误支河的疏浚，进而破坏干河疏浚的成果，这就是“干河甫毕刻期齐浚支河”之法。[45]可见，区内派浚法兼顾了干支河道，从费用分配和工程操作上同时避免了偏浚干河的积弊。业食佃力的原则，主要是解决包括浚河工程在内的低乡日常筑圩活动，《全书》中分析了常熟圩岸失修的五大原因，阐明业主出本，佃户出力即“业食佃力”的重要性。[46]
    此外，耿橘在“筑岸法”中所总结的筑圩方法承前启后，影响深远。如在明代小圩盛行的情况下，耿橘提出了并圩、联圩的技术，其技术以及对大圩规模的论证，直接为20世纪新中国成立后太湖地区联圩工程提供了重要参考。
    万历常熟治水虽然有强势改革派的主导，亦不乏一些乡绅的支持，然而改革中许多措施因触及乡绅豪户的利益，也会遭到他们的反对。例如在疏浚常熟东境的重要支河李墓塘和横浦时，就遇到了新法与旧例间的抵触问题。徐、归二大姓是当地权势，徐氏居横浦边，归氏近李墓塘，两姓田产则在两塘一带交错。两塘相比，李墓塘浚费是横浦的三倍，此前李墓塘每有开浚之举，常由“二姓分股任之，大小难易不均不平，百姓啧啧久矣”。耿橘认为：“论族较氏，江左之俗弊。今为地方持平法，惟论田起夫，开河以济田也。开里睦则里睦之田任之，开衡浦则衡浦之田任之，通开则通两河之田任之，吾何知有归、徐哉？举大工，兴大众，未有不平其心、平其政而能令众志输服者。即有强梗，又何避焉？查徐氏之田，居里睦者七、衡浦者三，归氏之田，居衡浦者七，里睦者三，而工力则两河大小不相侔耳。以本河之田为本河，法之至平，而情之至顺，吾民其各化其偏鄙耶！里睦旧名李墓，衡浦旧名横浦，今易之，里党雍睦，如衡之平，此吾之所以望吾民也。”[47]耿橘易市名而求和睦，强调照田派役之公平，反对大姓以权势掌控支河派浚。然而，最终在各大市镇所处区图中浚支河，实际上仍须由大姓主导。细读钱岱给耿橘的回书，可以发现，在奚浦经营钱市的钱氏支持官方按区派浚的同时，也提到“只照都分尽派治生名下，治生另行通融，计算分派弟男子姪，总之了治生一户事而后止”，也就是说，照田起夫的同时，宗族中散户的田产归并到大族总户头上，这就意味着大户对于市镇的水利派浚有很强的主导性，一些控制市镇的大姓，常由此舞弊。为此，耿橘下令严禁大户科派市民开河：“本县疏浚水利，皆止开市镇之河，略借市廛之民力耳，况市井之民，取利锱铢，何堪奸豪大户仗役吞鲸也，深可痛恨。”[48]
    经过耿橘的努力，不少占据市镇的大户与官方配合，完成了市镇水道的疏浚工作，譬如上述徐氏与归氏各浚里睦塘与衡浦，[49]何氏、管氏浚何家市、管家市一带的横沥、湖漕等河道。⑩其实，有明一代，许多乡村河道的水利事业是在当地权势大户主持下进行的，清代太仓境内璜泾镇的镇志就提到：“水道通则田畴治，百货集，土之肥瘠因焉。镇之盛衰系焉……漕塘自元明以来，久为通津。明代大姓刘氏、赵氏家于其旁，屡出资疏浚。今则仅成沟形，惟穿山东南通七浦者。”[50]总体看来，耿橘在常熟的整套治水政策和实施方法，针对明末江南治水的实际情况，在理论上是完美的。然而改革中打击面较大，虽然拥有较强势的行政权力，然而最终还是因为诸多羁绊，无法展开全县境八十五区全面治水的计划。此外，由于缙绅势力占据许多市镇和乡村，各水利区间治水成效实际上是不平衡的。崇祯年间，常熟人陈三恪在所撰私志《海虞别乘》中便叹道：“蓝阳虽刻覆，而有展采错事之才，设非缙绅之沮其开浚也，必矣，何至今尚阻塞乎？盖缙绅之田产广连阡陌，其子恐计亩输供，划计授父，百方阻之，至今尚受其害，不二年，缙绅之子暴死，而其父寻继之，孤寡持家，田产殆尽，讵可谓无天道哉！缙绅故慷慨德义人也，而其子误之，惜哉！”[51]
    区内治水即使取得一时的成效，由于乡村权势的发展，也常常出现积弊泛起的现象。其实，耿橘自己就意识到，八十五区治水的机制不足以支持诸如白茆河等大的干河的工程，尽管“本县凡有浚筑之事，惟于该区中调设，民果不足，给之官帑，不得混行派扰以拂民情而摇众志”，然而，“若白茆大工，自昔一府通开，其动通县也，又不可执一论矣”，[52]所以，对于白茆塘这条关系着常熟县整体水利成效的干河的疏浚，耿橘只能慨叹曰“今以一邑而肩六府之工，工钜而力单，故侯谓，必多历年所始克成”。[53]万历《常熟县志》的纂修者张应武在其所撰《水利论》中也指出，要解决嘉定县境内通海河道，“是须庙堂主张，六郡协力，非一邑之所能必也”。[54]在明末，政区间的治水协作始终是个棘手的问题。
    尽管大业未竟，昙花一现的万历常熟治水还是为后世树立了楷模，耿橘的治水体系几乎成为继郏亶之后另一个名垂江南水学史的标板。可贵的是，耿橘的体系旨在辨明一个县级政区内高、低乡微地貌差异，制定相应的具体治水方案和技术方案，并通过水利区划单元的划定，确立统一的经费调配和工程运作机制，具有很强的针对性和长远的价值。在《常熟县水利全书》颁布以后，许多后续的常熟县志将八十五区水利全图作为常熟县舆地蓝本之一，作为县政运作的重要参考系。其他的州县则从许多方面利用耿橘的治水体系进行水利实践。万历常熟治水对于高低兼治的有限实践，为17世纪太湖以东已经完全分离、难以统筹的高、低乡水利带来了一丝曙光。
    16世纪江南水利的危机，在嘉靖均田均役改革之后变得更为突出，因为这场规模较大的改革旨在解决15世纪以来土地开发的制度性积弊，通过扒平官民田税则，减少田则等级，使土地在合法前提下的开发成本趋于接近。然而，许多人户在改革中舍弃税则升高的田地，形成土地“积荒”；另一方面，地方权势对滩荡和河道的非法占垦有增无减，此前东北港浦已经持续淤塞，到此时许多支河更是迅速消亡。16世纪下半叶，高乡地区出现了水网密度下降、主要依靠东西向的干河泄水的局面，面对水利新形势，州县政府则采取了“强干堰支”的策略，用公帑专浚干河，借助市镇的财力维护市镇通渠、民运要道，除此之外，不究水利。
    从16世纪开始，还有一个势不可挡的变化趋势，即棉业的发展。太湖以东特别是高乡地区的棉植，早在13世纪已经出现，但真正形成规模则是在16世纪。高乡植棉普及的动力，首先在于水环境的变化，由于棉植对灌溉要求不高，因此较好地适应了高乡河道淤塞的形势；其次在于赋役折征改革和市场机制，使得高乡棉植不仅可完国课，又可图货利。高乡棉业的兴起，又反过来对各种机制的调整造成较大的影响。万历年间嘉定县的“漕粮永折”，就是基于棉植发展以及棉业市场变化而推行的改革。这场从折棉到折银、从试折到永折的改革，解决了完成钱粮原额的困境，也减少了漕粮收兑中的舞弊行为，避免在赋税负担下再度出现“积荒”田地。在水环境变化和商业发展的新趋势下，高乡州县既需要整合官方财力和民间劳力，统一治理各自辖境内的农田水利，又需要疏通商业交通所依赖的跨境水道。在万历年间赋役体制货币化的趋势下，用贴银助浚的方式，为解决跨境水利协作难题提供了可能。