受赛仓出走事件的影响，黑错寺与拉卜楞寺的关系也进一步激化起来。黑错寺始建于1673年，1710年成为拉卜楞寺的属寺。因黑错寺的讲辩师多为一世赛仓的弟子，二世赛仓活佛出走后，黑错寺极力摆脱拉卜楞寺的控制。《循化志》记载：
    拉卜楞寺僧加木样，又名扎木养，不甘，于三十七年八月呈控。青海都统伍、同知张春芳未及细查，但照旧令拉卜楞寺选放。黑错不遵，拉卜楞寺僧又控。都统……令各管各寺……其后，都统伍离任，加木养又翻控……议令法台由郡王选放，不得仍放拉卜楞寺僧。而加木样不遵断出结，复控督宪……议以黑错寺与拉卜楞寺蒙古喇嘛本无干涉，番民公共香火，延请法台，自应听从民便……加木样未遂所欲，以审断不公，复控。青海移咨查讯……至五十四年，遂自放管事，逐出拉卜楞寺所放法台。加木样又控，经厅营会禀饬司查案，议详……应照从前各管各寺，咨明理藩院查照，并咨青海都统将加木样严加管束。(18)
    由此可见，在黑错寺与拉卜楞寺的冲突中，清政府的基本措置就是各管各寺，用这一方法来抑制拉卜楞寺势力的扩张。而黑错寺则因为与拉卜楞寺的冲突不断，紧随德尔隆寺之后，走上了亲隆务寺的路线。
    1845年4月间，陕甘总督布彦泰追查反清藏族首领束奴脱巴，进军到黑错寺地方。“黑错四沟番族胆敢纠集马步队一千七、八百人分股迎敌，先后拒毙官、土兵丁数十名”(19)，布彦泰委派总兵站柱、知府庄俊元等添加兵力，前往黑错寺兴兵威慑，逼迫交出束奴脱巴等人。因该寺交出6名并非指名索要之人，站柱、庄俊元率兵沿那沙庄、灭力迭上庄开始屠杀。随后，清军继续增调军队，经过岔口，焚庄毁寺，藏民在清军优势兵力和火炮的攻击下遭到失败，大部分投往拉卜楞寺，由拉卜楞寺带至清军大营投降。(20)事后，本来拉卜楞寺可以借机将黑错寺的管辖权收回，然而清政府在分化瓦解的政策指导下，并未将处理黑错寺的善后事宜托付给拉卜楞寺。相反，可能由于沙沟寺从中转寰，隆务寺出面应承，于是即由“隆务具结承保，前督宪布、青海达责归隆务管束”(21)。自此，黑错寺正式成为隆务寺院集团中的重要一员。
    其次，通过册封拉卜楞寺的竞争对手，将其纳入国家政治秩序，来抑制拉卜楞寺。清政府在扶持拉卜楞寺的同时，还根据将甘青蒙藏地区条块分割的原则，册封其他的大活佛世系，提高其地位，赋予其在国家政治秩序体系内的合法地位，实现互相之间的制衡，防止一家独大局面的出现。如为了提高隆务寺的地位，1767年，清朝授予三世夏日仓活佛“隆务呼图克图班智达”封号，赐银印。(22)为了进一步增强隆务寺的抑制能力，嘉庆年间，西宁办事大臣那彦成等人还以隆务寺昂在驱逐河北藏族部落方面做出贡献为借口，奏请：“查此次用喇嘛办理番情较为得力，嗣后循化各族，即责令隆务寺昂喇嘛根惇甲木错稽查约束。倘有不遵者，随时禀报惩办。”(23)从而使隆务寺通过昂之手获得了在循化厅所辖藏区广泛活动的能力，在拉卜楞寺向西发展方面设置了一个难以回避的障碍。
    不过，到同治、光绪年间，德尔隆寺内部出现裂痕，反拉卜楞寺联盟呈现出瓦解趋势，为拉卜楞寺向东渗透提供了契机。为了解决这个问题，清朝首先应蒙古王公所请，批准三世赛仓于1872年朝贡同治皇帝，赐封他为“护国奉教禅师”。(24)紧接着，在1875年处理卡加因与隆哇争夺曼隆部落的武装冲突案件时，陕甘总督左宗棠遂令河州镇沈玉遂前往镇压。事后，沈玉遂“以番性崇信佛教，选择素为番众敬服之寺僧岁仓(今称赛仓)令其总管番族”(25)，并由左宗棠发给执照。赛仓活佛世系正式成为清朝授封的区域性政教首领，统领北起土门关南至合作之间、西至达麦长石头的大夏河领域段。这就在拉卜楞寺向东发展的道路上设置了一道屏障。
    再次，严格控制寺院所属教民，不准随意抢占，也不准各寺所属教民随意改宗。这似乎是一项主要针对拉卜楞寺所实施的政策。同治、光绪年间德尔隆寺内部出现的裂痕，主要表现为卡加寺与沙沟寺之争。卡加寺寺主江洛活佛为了在斗争中取得优势，主动倒向拉卜楞寺。而拉卜楞寺方面亦认为这是一个向东扩张，并进而瓦解德尔隆寺集团的绝佳时机，积极予以支持。这不仅与清朝的基本政策相违，亦为地方政府所不乐见。1889年，循化厅同知密禀陕甘总督，强调：“卑属西南两番其势宜分万不宜合，分则族各一心，其势易制，一经拉卜楞寺合并不独将来边患莫测，抑且差徭贡粮均为所霸持。”(26)限制拉卜楞寺扩张之意溢于言表，从宗教、民族两个方面达到“涣散其势”的目的。其实，地方政府早就多次以“不准蒙古喇嘛图占朝廷粮番”为借口，谕令拉卜楞寺不得私自扩张势力。如1876年就曾“谕拉卜浪(楞)寺护国禅师加木样呼图克图知悉……仰俟转禀中堂批示请领外，合行谕饬，谕到该加木样呼图克图遵照，刻将所管番族照旧约束，不许额外加增族分”(27)。1890年，循化厅同知在处理卡加寺与沙沟寺的冲突时，再次强调：“照依乾隆、道光、光绪以来旧案旧规，各管各寺，此百年绥靖之良规，实边民亿万百姓之厚福。……拉卜楞寺所属各番既严禁隆务、沙沟侵吞，而隆务、沙沟所属之黑错、卡家、隆哇、各拉布拉番族自有专辖责任。”(28)
    拉卜楞寺虽然在总体上得益于清朝众封多建的宗教政策，实际上也不可避免地身陷其中，受到制约。不管拉卜楞寺怎样拥护中央政府、怎样灵活地协调与地方政府高层的关系，都无法摆脱王朝国家基本宗教政策的框架。1891年，循化厅同知在上西宁办事大臣的禀文声称：“查拉布塄(楞)设自康熙年间，其初甚微，近则南连川境，西接藏疆，绵袤数千里。每得一处，即设置僧官，逐去土司，厚敛资财，是以寺日强富。……所以道光二十六年，前宪鉴及于此，将黑错径归数百里之外隆务总管，不归该寺管辖。光绪元年，前督宪左将卡加归沙沟总管，亦不归该寺管辖。十五年白土坡之案，蒙我宫保恩宪远鉴边情，赏发执照，将卡加、隆哇各族仍归沙沟总管，不准归该寺管辖。远近无不仰颂我宪神明，遥鉴烛及隐微，深得安边驭番妙策：盖保卫沙沟即所以保卫边境，以分强势，并非情向沙沟也。”(29)可见，抑制快速成长的拉卜楞寺，实际上已经是从中央政府到基层政府的比较统一的认识和行动方针。