国民党政府此次对上海总商会的整顿，尚未使其完全丧失原有独立性。因为总商会并非真正由国民党政府直接接收，只是将原正副会长和会董解职，在改选之前仍由35名商董组成总商会的临时委员会管理会务。临时委员会则依然按照以往的惯例领导总商会从事各项活动，甚至继续干预政治事务，因而引起国民党当局对上海总商会乃至全国各商会的忌恨，意欲将商会全部撤除。1927年11月，国民党上海特别市党部转发国民党中央商人部通告，向上海总商会发出威胁说：“旧有商会组织不良，失却领导商人之地位，本部拟于第三次全国代表大会时提出议案，请求撤销全国旧商会，以商民协会为领导之机关”（注：转引自徐鼎新、钱小明《上海总商会史（1902-1929）》，上海社会科学院出版社1991年版，第390页。）。这不仅关系到上海总商会的命运， 且直接涉及全国商会的存废，因此上海总商会向全国各地的总商会发出通电，提出于当年12月15日在上海召开各省商会联合大会，专门讨论商会存废问题。
    12月中旬，各省商会联合大会在沪如期举行。由于这次会议事关商会的存亡绝续，不仅各省商会非常关注，共有100余名代表出席， 且连国民党当局也甚为重视，对商会的动向予以严密戒备，蒋介石、戴季陶、孔祥熙等一批国民党要员都曾亲临会场。蒋介石还亲自训话，要求商会放弃独立自主的活动，接受国民党政府的“指导”。但上海总商会领导人冯少山却在发言中对国民党政府试图以御用的商民协会取代商会的阴谋，进行了含沙射影的反击。其间，上海总商会还提出议案，阐明“商民不能过问捐税，则中饱无从剔除”，要求将捐税“统交商会保管”，其与国民党政府的设想完全相左。另外，大会发表的宣言，也仍号召“商人积极参预政治，以符合全民政治之实际”，这显然又是针对蒋介石的专制独裁统治，继续宣传“全民政治”，维护商会的合法独立地位（注：参见徐鼎新、钱小明《上海总商会史（1902-1929）》，上海社会科学院出版社1991年版，第392-393页。）。
    在上述第一阶段有关商会存废问题的争论中，一方面由于商会的抵制，另一方面国民党内部高层之间对于是否撤除商会的意见不一致，未能制定统一的政策。再加上其他方面的一些原因，使得这一时期的商会尚得以保存。特别是1928年8 月国民党政府工商部颁布修订后的新《商会法》及《商会法实施细则》，又从法律上肯定了商会的地位。所以，从表面上看第一阶段的争论以商会的获胜而暂告结束。但是，这一局面并未能维持多久。
    在此期间，上海总商会仍积极为商界请命，干预国民党政府的有关政策，并要求参预政治。1928年12月，国民党政府财政部宣布将已经决定的裁厘日期推延，并对16种产品征收特种消费税。上海总商会旋即邀请所属各团体集议讨论，认为此举系变相征收厘税，坚决表示反对。接着，以上海总商会暨80多个工商团体的名义致电国民党政府，表明其态度；另又发表《反对特种消费税宣言》，公开指责国民党政府强行征收特种消费税这一“恶税”，系“压迫民族，阻害民生，剥夺民权”的行径，坚持表示要“誓死力争”（注：《反对特种消费税宣言》，《商业月报》第9卷，第2号。）。1928年10月，上海总商会还曾要求国民党政府批准全国商会联合会选派5名代表， 列席立法院会议并阐述工商界的意见。国民党上海市党部对总商会的这一要求加以指责和警告，总商会则声称党部无权管辖商会，并反唇相讥上海市党部“罔法灭理，藉党专政”（注：《民国日报》1929年3月22日。）。
    上海总商会这种桀骜不驯的态度及其行动，自然为实行集权统治和一党专政的国民党政府所不容。因此，在1929年3月15日至28 日举行的国民党第三次全国代表大会上，上海市党部的执行委员陈德征、潘公展再次提出废除商会。由于商会与其他工商团体的强烈反对，加之国民党内部宁桂集团的冲突导致“三大”会议中断，废除各级商会的议案未在这次会上通过。但是，国民党上海当局并未就此善罢甘休。 又在当年5月召开的国民党上海市执委会第17次常会上，议决呈请国民党中央解散上海总商会。不久，国民党政府即以“把持商运，破坏革命”的罪名，下令通缉会长冯少山和总商会常务委员石芝坤。与此同时，国民党第三届中央执行委员会第七次常务会议还通过了统一上海特别市商人团体组织案，并成立了一个商人团体整理委员会，由商整会负责登记商会及商民协会会员，草拟统一团体之章程，筹备统一团体组织程序。在商整会成立会上，国民党的一批要员，包括上海市长张群等人均亲自出席，各工商团体的代表则以“属员”的身份参加，接受训导。
    此次所谓整理上海商人团体，是国民党当局赤裸裸的专制独裁方式，用另一手法强使民间商人团体尤其是商会接受其控制的花招。整理委员会虽有虞洽卿等商董参加，但完全系国民党一手操纵，由国民党中央和上海市党部严密监控，整理过程也“依法令之规定，应受主管行政官厅之监督”，每月都必须将有关进展情况呈报国民党中央及其所在地的高级党部。国民党上海特别市党部另行颁布的上海商会改组条例，更是明确规定整理之后新成立的商会，必须“服从当地国民党的指示和命令，并受当地执政机构管辖”（注：徐鼎新、钱小明：《上海总商会史（1902-1929）》，第397-398页。）。类似的情况，在清末和民初都是不曾有过的。
    经过这次历时一年多的强行整顿，上海总商会以及其他民间工商团体都遭受到国民党当局的沉重打击。此前，上海的商人团体共有257 个，其中隶属总商会者77个，隶属南市商会（即县商会）者32个，隶属闸北商会者3个，隶属商民协会者71个， 未隶属上述各系统的商人团体有56个，另还有国货联合团体和商人同乡团体18个。整理之后，获国民党当局承认的团体仅为170个， 其余均被撤消（注：据《上海总商会史（1902-1929）》和《旧中国民族资产阶级》两书所述，此次整顿前的上海商人团体为261个，但与各类团体相加的数字不符。 本文所记总数为257个，系按以上两书所列各类商人团体的具体数字相加得出。）。
    民间商人团体数量的减少还只是表面现象，如果这些商人团体能够继续保持原有市民社会团体的独立自治特征，并仍然在某些方面一定程度地发挥制衡国家的作用，其后果将不会有多么严重，至多只是使市民社会的发展遭受暂时的挫折。问题在于，这些保留下来的商人团体，也已在很大程度上丧失了独立自治的市民社会特征，在许多方面都直接受到国民党政府监督和控制。上海总商会原本是市民社会特征最为突出的商人团体，影响也最为显著，此次整顿后虽然于1930年6月21 日成立了一个新的上海市商会，但却与原来的上海总商会完全不能同日而语。在新上海市商会的成立大会上，原总商会成员所占代表名额不及三分之一，而与国民党关系密切，听从其指挥的王延松、骆清华等一批人，并非真正代表上海的工商界，却在国民党的有意安排下得以把持了上海商会的领导权。由这样一批人控制的上海市商会，自然不可能保持原来上海总商会那样的独立自主性及其显著影响，更谈不上具有市民社会的特征，而只会成为在许多方面迎合国民党当局的附庸。
    不仅如此，其他地区的民间商人团体也都不同程度地受到打击，其结果可以说与上海的商人团体大同小异，丧失了原有的市民社会特征。当时，国民党政府对民间商人团体的整顿，并不限于上海一地，而是在全国范围普遍进行，甚至连海外华商组织的中华商会也不例外。因此，整个近代中国的市民社会在国民党政府的专制统治摧残下，从此都陷于一蹶不振的处境。
    1930年，国民党政府还曾下令取消商民协会，规定工商各业均统一隶属于工商业同业公会与商会的组织之下。而同业公会与商会则均须按照国民党政府旨意进行整顿后重新组建。到1933年6月底，全国21 个省市向国民党政府实业部备案的工商同业公会共计4185个。商会经过整顿后数量较前大为减少，据全国商会联合会1930年10月报告的国内外商会数，国内共有2246个，国外的中华商会也有50个。整顿之后的商会数，截至1933年8月底，国内正式向实业部备案的仅407个，海外的中华商会23个，暂准备案的，国内商会为173个，海外23 个（注：《中国经济年鉴》下册，M5-42页，转引自黄逸峰等《旧中国的民族资产阶级》，第372页。）。与整顿以前的商会数相比，减少了三分之二还多。
    与此同时，国民党为实施“一党专政”和“以党治国”，还竭力限制人民集会、结社、言论和出版自由。1930年7月， 国民党中央常务会议又发布了“修正人民团体组织方案”，严格规定任何民间团体必须“接受中国国民党之指导，遵守国家法律，服从政府命令”。另还对民间团体的集会也作出了强制性的规定：“除例会外，各项会议，须得当地高级党部及主管官署之许可，方可召集”（注：黄逸峰等：《旧中国的民族资产阶级》，第372页。）。于是， 从表面上看在此之后虽然还存在着一部分民间团体，但实际上其言论和行动都受到国民党政府的钳制，根本不可能像过去那样在许多方面发挥民间团体制衡政府的作用，而只能受政府的控驭，在政府允许的范围内开展极为有限的活动，稍有逾越即会遭到镇压。例如1930年7 月间全国商会联合会曾两次呈请举行全国会员代表大会，并一度获国民党政府工商部准允，但国民党中央党部却从中干涉，借口全国商会联合会的要求与“修正人民团体组织方案”不符，强行将工商部批准原案也予撤消，使全国商会联合会代表大会陷于流产（注：《工商半月刊》，第2卷第15号，“工商消息”。）。 在此之后，有些地区的商人也曾一度作出有限的抗议，但在国民党政府的高压之下未能获得明显的效果。例如1931年12月上海各业公会曾联名发表《对于上海市商会问题重要宣言》，公开抨击上海市商会自1929年以后被国民党庇护的“独裁余孽之少数无赖商蠹盘踞”，“把持商运，包办选举，强奸会员意志，阿谀宁府权要，勾结党棍，排斥异己。”并宣告“以后对于上海市商会之接收与改组，倘未经我各业公会代表大会合法议决之许可，以任何之名义与行动，概予绝对否认”（注：引自徐鼎新、钱小明：《上海总商会史（1902-1929）》，第399页。）。 这篇宣言的言词颇为激烈，不仅将予头直指国民党控制的上海市商会，而且对国民党的“一党专政”也表示了强烈的不满，因此在国民党当局的阻挠下无法公开见诸报端，并招致镇压。上海各业公会代表联席会议曾于1931年被军警强行解散，即是缘于这一原因。随后各业公会又曾散发《告各界人士书》，控告国民党当局“摧残我民主精神，剥夺我民权自由”，但仍然只会引起国民党当局的更深忌恨和进一步的镇压，难以像以往那样达到制约政府的作用。
    综上所述，由于国民党南京国民政府建立之后，采取强制手段对市民社会团体进行整顿和改组，并对保存下来的民间团体实施严格的监督与控制，使这些团体大都丧失了原有的市民社会特征。因此，近代中国自清末萌生发展而形成的市民社会雏形，受到极为严重的摧残，可以说已遭到国家的强制性扼杀。如同一位深入研究过江浙财阀与国民党政府之间相互关系的美国学者就上海的情况所说的那样：“对上海资本家来说，国民党统治的第一年是一个灾难。……他们在1927年以前十年中在上海所享有不受政治控制的局面，因近似‘恐怖的统治’而突然结束了。”（注：帕克斯·M·小科布尔：《江浙财阀与国民政府，1927 -1937》，南开大学出版社1987年版中译本，第26页。）令人遗憾的是，近代中国的市民社会在当时尚未发展到能够真正抵御国家强制扼杀的程度，只能步步退缩而最终遭致厄运。