1664年7月10日，清廷授予施琅靖海将军、福建水师提督，命令以承恩伯周全斌、太子少师左都督杨富为副，率领原郑军水师部众，准备进攻台湾。是年阴历十一月间，施琅首次率领舟师，乘北风起航，前往攻打台湾，不料船队在海面遇到南来飓风，不能行进，无功而返。“舟师行至洋面，骤起飓风，难于逆进而还。”①
    (三)第三次跨海征战：施琅率军再次渡台失利(1665年)
    第一次进攻台湾行动受挫后，施琅将此情况奏报朝廷。清廷谕令施琅：准予伺机进取，“勿以日久为虑”。为此，施琅开始整军备战，计划于来年春季再次渡台。此次渡台，他吸取了前一次教训，准备利用南风行军。1665年5月10日，施琅开始发兵渡台，自铜山(东山)起航，进入海峡。但是，开船3日，由于风轻浪平，船队不能行进，只好返回铜山。第4日再次放洋，又遇到东风来袭，船队无法逆风航行，不得不再次取消进攻台湾计划。施琅事后奏报说：“乃于本月二十六日会同众伯、总兵官等，率领所有舟师开驾，驶入外洋。时因风轻浪平，驶行三昼夜，尚难于前行。二十八日，暂且依山泊船汲水。二十九日，再行开驾，又遇东风迎面扑来，迫于无奈，返回寥罗(即料罗)。”②
    (四)第四次跨海征战：施琅率军第三次渡台惨败(1665年)
    施琅再次率领军队渡台失利后，天气一直不好，“连日朔风呼啸”。好不容易等到北风停止，于5月22日下令船队向料罗海面集结。然而，又遇到恶劣天气，“海上浪翻潮涌”，船只根本无法在料罗江面停泊。在这种情况下，施琅只好下令船队返回金门，暂避风浪。一直等到5月30日，天气放晴，施琅才率领船队向澎湖方向前进。次日中午，施琅船队到达澎湖口，“骤遇狂风大作，暴雨倾注，波涛汹涌，白雾茫茫，眼前一片迷茫。”海面顿成黑暗，施琅船队来不及撤回，“皆被巨浪凌空拍击，人仰船倾，悲号之声，犹如水中发出，情势十分危急。”③这场突如其来的风暴把清军船只的桅樯折断，船帆撕成碎片，船舱漏水，船队只能随风飘荡，损失很大，连施琅自己的指挥船也被吹到了广东省潮州海面，直到10天后才返回厦门。靖南王耿继茂题报说：“十七日午时，船驶过澎湖口时，骤遇飓风大作，巨浪排空，各船纷纷飞散，仅有都司石丰等探信四、五船，紧随将军坐船前行，其余各船相继落伍。将军号令暂且撤回，但因怒涛山高，不及相顾，难于前行。各船遂纷纷飘散至大担、浯屿、镇海、靖卫等处湾泊。”④
    经历此次失败后，朝廷对于施琅进攻台湾的能力和忠诚均有所怀疑。当施琅再次请求整军备战时，朝廷颁发谕旨，将施琅调到京师，安置起来，完全搁置了进军台湾的军事计划。
    (五)第五次跨海征战：施琅率军第四次进攻台湾成功(1683年)
    1683年7月8日，施琅在福建铜山(今东山)誓师，率领官兵24000余名，分别乘坐大鸟船、赶缯船、双帆艍船共530余艘，以右营游击蓝理为先锋，乘南风分三路向澎湖进击。次日，清军到达澎湖第二大岛西屿西南边的猫屿、花屿、草屿，夜泊澎湖南大门外八罩岛。驻守澎湖的郑军哨船发现后，立即禀报刘国轩。
    是时，郑军大将刘国轩镇守澎湖，集结的总兵力达到20000余人，并有大、中、小战船200余艘。此外，在娘妈宫、风柜尾、鸡笼山、四角山、内堑、外堑、西屿头、牛心湾、醵屿等处，添筑炮台14座。在便于登陆的地段，还筑造了二十多里的女墙壕沟短墙，严阵以待。当刘国轩得知施琅船队到达，立即命令各守将把大炮移到海岸，以防清军战船寄泊，并传令各将领把战船停泊于娘妈宫前内堑、外堑、东峙、西峙各要口，准备迎战。宣毅左镇邱辉请求乘清军远航疲惫、立足未稳之机，主动出击。刘国轩认为自己的炮城布置严密，清船无处可泊，只待风暴突起，将清军彻底击溃，拒绝采纳邱辉的意见。“当此六月时候，一旦风起，则彼何所容身？乃以逸待劳，不战，可收全功也。”时值天色黄昏，清军战船湾泊八罩以西的水坟澳。邱辉又欲进攻，刘国轩仍然坚信，他的军队利在相持，清军利在速战。数日内必有大风，等待自然力量的出现，继续按兵不动。
    10日晨，施琅率军直取澎湖本岛，两军在澎湖海面开始接战。清军先锋蓝理率七艘战船冲阵，击沉和焚毁郑船数艘。右标营千总邓高匀指挥5艘战船，击沉郑军3艘战船。时值潮水盛涨，施琅部下战船争先，互相冲撞，不成序列。有几艘战船被风刮到炮台附近，郑军乘机齐出包围。施琅亲督战船冲入刘国轩船阵，与兴化镇吴英前后夹攻，救出被围船只。因天色将晚，施琅将清军战船收拢后，在西屿洋中抛锚。邱辉第三次建议，乘胜连夜出击，刘国轩寄希望于暴风，再次坐失战机。经过一天的激战，郑军损失战船16艘，兵将2000余。施琅右眼负伤，损失与刘国轩部相当。
    11日晨，施琅率舟师驶回八罩水垵澳湾泊，再次严申军令，部署作战计划。12日，施琅率师出战，总兵吴英攻取虎井屿、桶盘屿。13日，施琅率罗士珍、张胜、何应元、刘沛、曾成等坐小赶缯船，深入郑军腹地内堑、外堑侦察。14日、15日，施琅用赶缯、双帆艉船分作两股，佯攻内堑、外堑，麻痹郑军。战斗双方互有胜负。16日，施琅率军向刘国轩部发起总攻，最终击溃刘国轩军队，取得澎湖大捷，一战成名。
    (六)第六次跨海征战：施世骠与蓝廷珍率军进攻台湾(1721年)
    1721年2月，台湾知府王珍风闻民间有歃血结盟事，滥捕无辜民众200余人，处以极刑，激起当地民众的义愤。朱一贵与黄殴等于5月14日在凤山县境内罗汉门宣布起义，得到当地民众的响应。起义军迅速壮大至30万人，除淡水外，台湾岛几乎全部被起义军控制。台湾叛乱的消息传到大陆，闽浙总督满保兼程赶赴厦门，调集水师提督施世骠和南澳总兵蓝廷珍出师讨伐。正当清军调兵遣将之时，朱一贵起义军内，杜君英、杜会三父子因图谋王位不成而作乱，并率部下几万人出走，起义军力量因此削弱。施世骠与蓝廷珍受命之后，立即率师攻击澎湖，并于7月10日在鹿耳门趁大潮登陆，激战七日，占领台湾府城。起义军退守诸罗，再遭清军蓝廷珍所部伏兵袭击。7月29日，朱一贵因杨旭、杨雄出卖，被清军俘获。1722年2月3日，朱一贵和其他义军被俘首领在北京就义。此次清军作战极为顺利，“一战拔鹿耳，再战复安平，三战、四战定鲲身……遂收府治，七日之内复我台疆。”⑤