十二年正月，同治帝亲政。六月十一日，奕譞在份奏折中称：“去年系军机大臣拟旨，现在乃天子当阳，迥不相侔。”（注：《晚清宫廷实纪》第126页。）奕炘阅后，不胜震悚，令章京办奏折辩明其事。朱学勤加以劝阻，奕炘不答应。李鸿藻又力加劝阻，奕炘仍不答应。（注：吴底坻：《蕉廊脞录》卷1，第25页。）仍然递了自辩奏折，认为奕譞系未悉当时办理情形，奕譞既有此奏，他不得不再渎天听。（注：《清代通史》下册，第867页。）
    同年九月，同治帝秉承慈禧的意旨，下令重修圆明园。十三年七月十六日，由奕炘领衔，有10馀人连署，递上《敬陈先烈请皇上及时定志用济艰危折》。十八日，同治帝召见奕炘等，阅奏折未数行，便曰：“我停工何如！尔等尚有可（何？）哓舌？”奕炘曰：“不止停工一事，容臣宣诵！”遂将折逐条讲读，同治帝大怒曰：“此位让尔何如？”文祥闻之，伏地一恸，喘息几绝，乃先命扶出。二十七日，同治帝召见奕炘，询微行一事，闻之何人？奕炘说“臣子载澄”对。同治帝又怒及载澄。（注：吴汝纶：《桐城吴先生日记》，《时政》6，第12页。 ）二十九日，同治帝召见奕炘等，与奕炘等往复辩难，指责奕炘离间母子、把持政事，决定停园工，修三海。将朱谕一道，历数奕炘过失，革去亲王世袭及载澄之贝勒，交文祥等。文祥等请见，同治帝不许。文祥等递奏片请改动，同治帝亦不许。（注：《翁文恭公日记》。）八月初一日，又有朱谕：尽革奕誴、奕炘、奕譞、文祥、宝鋆、沈桂芬、李鸿藻等之职，称其“朋比谋为不轨。”（注：《越缦堂日记》。）慈禧和慈安闻讯赶至宏德殿，对群臣说：“念恭亲王有任事之勤，一切赏还。（注：《翁文恭公日记》。）形成了“两宫垂涕于上，皇上长跪于下”的局面。（注：《桐城吴先生日记》，《时政》6，第12页。）奕炘、载澄的爵秩都赏还了， 奕誴、奕譞、文祥、宝鋆、沈桂芬、李鸿藻等当然也就不用罢官了。
    同年十二月初五日，同治帝病死。慈禧决定由奕譞之子载湉继承皇位。慈禧与慈安再度垂帘听政，为光绪朝之始。二年五月初四日，文祥病死。年59岁。清廷派奕炘之子载澄奠醊，谥以“文忠”。次日，奕炘又亲临哭祭。婉惜失去了最重要的助手。在此前后，僧格林沁、贾桢、翁心存、周祖培、曹毓瑛、赵光、恒祺、崇纶、朱学勤等均先后死亡。军机处增加了沈桂芬、王文韶，为奕炘集团的新成员。四年二月二十九日，黄体芬奏参尚书董恂，指责他在总理衙门语言举止为众论诋訾，目为奸邪。清廷诏旨，斥黄体芳措词过当，交部议处。（注：《翁文恭公日记》。）五年，崇厚贸然与俄国订和约，朝野哗然，被罢官羁禁。（注：《清史稿》第41册，第12477页。）六年，董恂已74岁，清廷命户部尚书董恂毋庸在总理衙门行走。（注：董恂：《还读我书室年谱》卷2，第47页。）十二月三十日，沈桂芬病死。 （注：《翁文恭公日记》。）奕炘又失去了一个重要助手。八年正月二十四日，察典懿旨下：户部尚书董恂，年力就衰，著开缺。（注：《还读我书室年谱》卷2，第55页。）十一月，王文韶乞养，罢官。（注：《清史稿》第21册，第6304页。）奕炘又失去了一个重要助手。九年二月二十四日，奕炘已经患病7个多月，今日销假，受到慈禧太后的召见，并且对他“抚慰甚至，仍赏假一个月。”此后，也经常请假不能办公。（注：《翁文恭公日记》。）七月二十三日，法国迫使越南签订《顺化条约》，明白宣布：“越南认依大法国保护越南及东京。”（注：李鸿章：《李文忠公电稿》卷1，第33页。）八月十七日，奕譞至军机处商议对抗法国办法。事前，他已写信给奕炘，主张向法国新任公使言明：“彼若开衅，偿款即由彼认。”意在大张声势，其言甚壮，但是，军机处工作人员无赞成者，不但不赞成，并从而疵议之。奕譞因无支持者，只得略坐而去。八月二十二日，清廷命彭玉麟往广东会同督抚办理海防。左宗棠、李鸿章办理南、北洋防务。吴大澄带吉勇3000人来天津，以防法国军舰寻衅。（注：郭廷以：《近代中国史事日志》。）十月，奕譞致函翁同龠，对奕炘领导的总理衙门发动攻势，他写道：“夷怕民，民怕官，官怕总（总理衙门），总怕夷，……此关打破，百事可成！我之不振，在乎悠乎于平日，仓卒于临时，以俯就为妙策，以发愤为盲谈，二十载驹光，因循浪掷，实为可惜！谈舍炮台而讲清野，舍船费（此指铁甲）而练民团，彼以整，我以散，头头设伏，处处邀截，彼之火药有尽，我之刀矛无穷，加以炸器惊其马，水军抢其船，进无所获，退无所归，似乎一两仗后，彼气自馁矣。”（注：《奕譞致翁同龠函稿》，《近代史资料》，总87号。）十月二十六日，奕譞致书奕炘，提供海防3条办法：1. 炮台用土兼避开花炮法；2.沿海买地一条，挖坑设伏与陆战；3.津郡乡团。奕炘以廷寄的形式寄给北洋大臣李章，令其赶办，没有说明这是奕譞提供的办法。（注：《翁文恭公日记》。）二十九日，御史吴峋指责军机大臣皆疾老瘦累，请派醇王奕譞赴军机处稽核，别简公忠正大，智略果敢之大臣出任军机大臣。奕炘、翁同龠等皆自责奉职无状。慈禧称：当此时，汝等不忍辞，亦不敢辞。（注：《翁文恭公日记》。）
    十年正月初九日，法国占越南建昌府。（注：《近代中国史事日志》。）正月十八日，有奏折，又言奕炘等军机大臣不能称职，应当别简。二十日，翁同拜访奕譞，奕譞总以未能对法国大举为恨，但是，“语亦无归宿。”二月初三日，请奕譞至军机处，商京防事。二十一日，有电报，言北宁失守，不战而遁。光熙条陈，有责军机大臣语。三月初四日，因为本年十月初十是慈禧50岁生辰，奕炘提前几个月，述奕誴语，为十月进献请旨，极琐细不得体。慈禧说本不可进献，何用请旨？且边事如是，尚顾此耶？意在责备。奕炘犹刺刺不已，竟跪至一个半钟头，几乎站不起来了。次日，慈禧重申昨天说过的话，奕炘。誴对答的话皆浅俗语，总求赏收礼物。慈禧说心好则可对天，不在此末节，以为尽心，责备中有沉重语。翁同龠忍无可忍，越次言道：惇亲王、恭亲王宜遵圣谕，勿再琐屑。这样，两王才叩头之后，匆匆退出。翁同龠认为“天潢贵胄，亲藩重臣，识量如此，”实在可叹。初八日，慈禧召见军机大臣，称边防不靖，疆臣因循，国用空虚，海防粉饰，不可以对祖宗！初九日，慈禧至寿庄公主府第祭奠，与奕譞商量罢斥奕炘等军机大臣事。又连日召奕譞商量。（注：《翁文恭公日记》。）十三日，公布慈禧懿旨：“恭亲王等，始尚小心匡弼，继则委蛇保荣，近年爵禄日崇，因循日甚，每于朝廷振作求治之意，谬执成见，不肯实力奉行，屡经言者论列，或目为壅蔽，或劾其委靡，或谓簋不饬，或谓昧于知人。”（注：《晚清宫廷实纪》第134页。）朱谕称：“恭亲王奕炘，大学士宝鋆入值最久，责备宜严，姑念一系多病，一系年老，兹特录其前劳，全其末路，奕炘着加恩仍留世袭罔替亲王，赏食亲王全俸，开去一切差使，并撤去恩加双俸，家居养病。宝鋆着原品休致。”其他军机大臣李鸿章、景廉、翁同龠均退出军机处。任命世铎、额勒和布、阎敬铭、张之万、孙毓汶为新的军机大臣。当时，奕炘是53岁。宝鋆为78岁。接着，慈禧又命新任军机大臣遇有紧要事件，会同醇亲王商办。（注：《晚清宫廷实纪》第132页。）奕炘集团正式结束。 由奕譞集团取而代之。
    咸丰十年（1860年），英法联军侵及北京，咸丰帝率亲信大臣逃往承德，将奕炘留下，与侵略者办理交涉，不料，这样一来，却给奕炘创造了机会，迅速形成了奕炘集团。咸丰十一年，咸丰帝病死。赞襄政务大臣要垄断政权，排挤皇太后和奕炘，奕炘集团高举“垂帘听政”大旗，发动祺祥政变，一举击败赞襄政务大臣，掌握了内政、外交大权。慈禧太后、醇王奕炘等认为奕炘集团朋比蒙蔽，尾大不掉，一心要设法予以削弱，屡次发难，虽然也大大地震撼了奕炘集团，却未能从根本上改变由奕炘集团掌握内政、外交大权的格局。随着时间的推移，奕炘集团重要成员频频死亡，也有的因年老休致。直至光绪十年（1884年），在中法战争期间，慈禧太后才决心罢去奕炘的一切职务、令宝鋆休致，使奕炘集团宣告结束。奕炘集团主持清朝中央政府达24年之久。最后由奕譞集团取而代之。