崔述考虑到古书不可靠，古史不可信，但他本人攻读古书的能力与同时代的汉学家相比，不是很高的。论考证，崔述不如阎若璩和惠栋精当，通过崔述的《古文尚书辨伪》和阎若璩的《古文尚书疏证》、惠栋的《古文尚书考正》的比较，可以发现，崔述在他的考证里没有把前人对《尚书》理解的错误指出来并加以纠正。崔述的能力表现在只是找问题，但没有解决问题的能力。所以说，崔述的《考信录》从正面的建树（即提供一部上古信史）角度来看，学术价值有一定限度。但是，这部著作在破除对古代伪书的迷信上，成绩是相当出色的。崔述对三代先王的怀疑。的确是很有勇气。他的怀疑基本打乱了传统的三皇五帝系统。关于五德与五帝关系的看法，崔述也有首创之功。崔述考辨伪《古文尚书》，提出了六证，较有条理地考辨出《古文尚书》是伪书。他尽管不知道阎若璩、惠栋、段玉裁对《尚书》的考辨，但是却与他们不谋而合。崔述对《竹书纪年》的辨伪受到张宗泰的启发，但比张氏的研究更深入一层，他举了十证来说明《古本竹书纪年》有问题。崔述的《三代经界考》也有见解。崔述的贡献在于"破"而不在于"立"。"立"的方面必须要有正确的解释。如对《尚书·盘庚》三篇的解释，俞樾的《群经评议》就超过崔述的《考信录》。《盘庚篇》内有很多宝贵材料，但崔述不能利用。许多重要的历史问题，崔述无法解决，因为学术功力不够。
    三十年代，顾颉刚先生在燕京大学上课时说："只有司马迁和崔述，他们考信于《六艺》。凡《六艺》所没有的，他们都付之不闻不问。这的确是一个简便的对付方法。但《六艺》以外的东西，并不曾因他们的不闻不问而失其存在，既经有了这些东西，难道研究历史的人可以闭了眼睛不看吗？况且就是《六艺》里的材料也何尝都是信史，它哪里可以做一个审查是史料的精密的标准呢？所以他们的不信百家之言而信《六艺》，乃是打破了大范围的偶像而崇拜小范围的偶像，打破了小势力的偶像而崇拜大势力的偶像，只挣得'以五十步笑百步'的资格。"（《中国上古史研究讲义》，中华书局1988年版）"考信于六艺"即考信于六经，这是崔述怀疑古史、辨伪考信的准绳。这个方法，如梁启超所说，"盖'考信于六艺'，固视轻信'不雅驯之百家'较有根据。"（《中国近三百年学术史》）崔述以经书为标准来判定历史资料的可信性，对他来说，经书作为考信的标准，理由有二：（1）从史学来讲，它们近古；（2）从道德来说，它们代表圣人。怀疑要有条件、立足点，否则就没有价值。儒家经典在中国传统社会里有着不可估价的意义，六经为载道之书，是历来儒家的共同看法，尤其为宋学的程朱学派所强调。无论是宋儒还是清儒对儒家经典的研究和理解，其目的无非是在于揭示深藏在经典中的圣人之"道"。因而，崔述在当时的历史环境下（也是他的内在限制），取六经为考证古史的准绳，是很为自然的。
    儒家经典本身及对它的种种注疏在长时间的历史疏远化过程中，其内容发生了极其复杂的变异过程；这其中就包括经典本身和不同时期的注疏的差异。对于这种差异，崔述很敏锐地注意到了。顾颉刚先生指出："从前人以为传记即是经，注、疏必得经义，把两千余年陆续发生的各家学说视为一件东西。而崔述自幼就形成了'不以传注杂于经'的一个考信的基础方法。"（《崔东壁遗书序》）在六经仍被视为权威的时代，他首先对后人注疏产生怀疑，继而扩展到六经中的某一部分。这与清代汉学家所宗师的郑玄的调和态度不同。不过崔述发现的只是经与传之间的矛盾。其实不仅经与传有矛盾，经与疏有矛盾，经的内部也有矛盾。崔述由于是理学底子出身，只敢破传，却不敢破经。晚读《考信录》发现，崔述的考证常常不是先从怀疑开始，而是在目的未能达到时，才开始怀疑，有些像荀子所说，"信信，信也。疑疑，亦信也。"这可以说是以其疑而坚其信。崔述的疑古也是遵循这个原则。崔述对《诗》、《书》甚为迷信，缺乏分析观点，对其中晚出部分也十分相信，如对《甘誓》、《汤誓》、《禹贡》各篇，他都盲目相信。崔述的怀疑精神到了五四时期为胡适、顾颉刚先生所继承和发展，演变为对"普遍性的经典"的怀疑，这当然是时代条件所决定的。晚认为直到这时才出现标志学术史的"革命性的变化"（此处借用Ban jaming Elman的话"revolutionary change"）。
    胡适认为，崔述之所以与其他汉学家不同在于他考查上古历史时，推翻秦汉百家之言而直接回到六经。胡适总结了崔述著述的基本方法："一是'反而求之六经'，一是'先儒笺注，必求其语所本，而细核之'。"（《科学的古史家》）我觉得这很类似于欧洲中世纪末期希腊教会根据语法-历史的原则去解释《圣经》本文的方法，即要让本文解释本文自身。古书在流传中，一次又一次地被曲解或发生误差的原因是每一个人都是以自己的认识接受知识，再以自己的认识和价值来传授知识。崔述认为应尽量往最古的材料上找证据，在辨伪中，崔述认为只重视第一手材料，第二、第三手材料是次要的。可是史学研究中也有所谓"间接性证据"。在古代史研究中，经常出现由于缺乏第一手材料而使用第二手材料的现象。只要采取慎重态度，第二手材料仍然是具有史料价值的。虽然司马迁在写作《史记》时采用大量第二手材料，但是两千年后王国维的甲骨文研究证实了《殷本纪》中的商王世系。崔述的疑没有建立在认识的理性基础上，他力图根据可信的东西推演到不可信的东西。但问题在于所谓可信的东西是否真的可信？崔述认为经书是最可信的，因此造成他不能对《尚书》、《诗经》作层次的分析，他多次引用《商颂》，而历来学者对《商颂》一直有争论。由于信经，在《夏考信录》里崔述把《尚书》的《洪範》、《尧典》、《禹贡》篇都当做夏代的原始作品，其实这些篇很明显是战国时期的东西。崔述认为可靠的材料只是《诗》、《书》、《论语》、《左传》。他认为只有儒家经典，或第一手材料才是可信。在他看来，材料越古就越可信。崔述不仅不相信汉人，还不相信战国诸子的著作。这种绝对否定的态度必然导致对诸子中大量有价值的史料的忽视。在《考信录》中，崔述对伪书采取怀疑和否认的态度，他不能认识到伪书的价值，如在天文学方面。崔述对真的材料尚不能发挥其用处，何况假的材料？