一、明修《元史》的缺陷及清代前期学者对元史的考证与补作
    洪武二年（1369）二月，朱元璋下诏修撰元史，说："近克元都，得《十三朝实录》。元虽亡国，事当记载。况史记成败、示劝惩，不可废也。"（《明洪武实录》卷39）于是，以李善长为监修，宋濂、王袆为总裁。当年二月开始编写，八月就写完了除顺帝以外的本纪、志、表、列传共159卷。第二次重开史局， 是在洪武三年（1370年）二月，到七月便完成了顺帝一朝的纪、志、表、传，并把两次所修合在一起加以编排，成为包括本纪47卷、志58卷、表8卷、列传97卷在内的，计210卷的官修《元史》，记载了自太祖成吉思汗元年（1206年）至顺帝至正二十八年（1368年），约160余年的历史。
    《元史》这部书，因成书仓促，纂修者又不懂蒙古文，使用材料受到很大局限，所以书中存在很多缺陷，如：本纪部分，因编撰者未见《元朝秘史》（原名《蒙古秘史》，蒙文名《忙豁仑·纽察·脱卜察安》），对太祖、太宗、定宗、宪宗四朝，叙事极其简单。志的部分，缺《艺文志》，使当时的著作无处存目。表的部分，《宰相表》或有姓无名，《诸王表》或有封号无人名。列传部分，由于译名不一，竟然有一人而分撰两传，或两人而合为一传。其中重复疏舛，前后矛盾，张冠李戴等谬误，层出不穷。
    《元史》修成不久，朱元璋就命解缙撰《元史正误》，该书藏于秘府，未传布于世。参与《元史》撰修的朱右，写了《元史补遗》。永乐年间，胡粹中又撰《元史续编》16卷，该书叙事起自世祖至元十三年（1276年），终于顺帝至正二十八年（1368年），仿照《通鉴纲目》体例，编年系事，对《元史》缺漏的一些政治事迹有所补充。万历年间，陈邦瞻撰《元史记事本末》27卷，对元代的重大政治、经济事件及科举、律令等制度，历法、学校等文化成就均有叙述，但史料多取自《元史》，史实考证亦有不当之处。此外，明代学者冯从吾，还撰有《元儒考略》4卷， 记载了元代儒学之士82人的事迹及学术成就，可补《元史·儒学传》的不足。明代学者的上述工作，都带有补正和改编《元史》的性质。但总的看来，成就不高，对纠正明修《元史》的舛误，收效甚微。明末清初，孙承泽撰《元朝典故编年考》10卷。其书前8卷取元代朝廷事实，分代编辑，材料取自《元史》及元人文集。第9卷录《元朝秘史》，他是当时学者中最早重视此书的人。第10卷附辽金遗事。该书基本上局限于典故编年，并未对《元史》作系统改编。
    清朝前期学者对《元史》进行改编，较早问世的著作，是康熙进士邵远平所著的《元史类编》。邵远平的高祖邵经邦，曾于明嘉靖年间撰《宏简录》，意在续郑樵《通志》，但仅完成唐宋部分。邵远平续以元代，故称其书为《元史类编》。该书凡42卷，仍用纪传体，但仅有纪传，而无表志。作者将入主中原前的太祖、太宗、定宗、宪宗列为《世纪》，类似于《魏书》的《序纪》及《金史》的《世纪》。由于此书不作表志，凡天文、地理、历律、制度等皆按年编入本纪，诏令亦入本纪，奏疏则入列传。作者补写了部分列传，又仿照《唐六典》及杜佑《通典》的自注体例。采用夹行小注，于史实有所补缺辨异。清代前期学者考证《元史》的著作，以乾隆进士汪辉祖的《元史本证》较为系统。全书50卷，3700余条，其中"证误"23卷，1800余条；"证遗"13卷，1000余条；"证名"14卷，900余条。凡《元史》中先后记载舛误，音读歧异之处，均以表、传为主，援彼证此，一一为之厘正。所录专以《元史》本身的纪、传、表、志之文为参证，不更旁引他书，故曰《元史本证》。此书学术价值较高，揭示了《元史》中存在的大量牴牾，很有说服力。
    清朝乾嘉时代，历史考据学发达。钱大昕的《廿二史考异》于宋辽金元四史，用功较深，元史尤为专门。《考异》中涉及四史的部分有34卷，其中《元史考异》就占15卷之多。钱大昕研究元史的贡献，主要有下列五个方面：
    首先，他深刻地分析了《元史》质量不高的原因。一是在上者督责过严，操之过急。两次开局，时间均极短促，第一次计188日，第二次计143日，前后合计仅331日。"古今史成之速，未有如《元史》者；而文之陋劣，亦无如《元史》者。盖史为传信之书，时日促迫，则考订必不审。有草创而无讨论，虽班马难以见长。"（《十驾斋养新录》卷9《元史》条）二是修史者草率从事，主编失职。作为总裁的宋濂、王祎，皆以古文名世，"本非史才，所选史官，又皆草泽迂生，不谙掌故，于蒙古语言文字，素未谙习，开口便错；即使假以时日，犹不免秽史之讥，况成书之期又不及一岁乎？"（《潜研堂文集》卷13《答人问》）钱大昕能从君、臣两个方面，时间与史才两个因素来综合考察分析，其认识是全面的，也是辩证的。
    第二，用以史证史的方法，剖析《元史》的缺陷。如：元初开国功臣中，木华黎、博尔忽、博尔术、赤老温等四人，"首称四杰，而赤老温无传"。"丞相见于表者，五十有九人，而立传者不及其半。太祖诸弟，止传其一，诸子亦传其一。太宗以后，皇子无一人立传者。"再如："《太祖纪》十年，木华黎攻北京。金元帅寅答虎乌古伦以城降。按《东平王世家》作乌古伦寅答虎。乌古伦者，寅答虎之氏，非两人也。史臣不辨姓名，颠倒其文，遂若别有一人。"还有因译音无定字，而将一人写成两个名字的，如列传中的"布智儿"即本纪《宪宗纪》里的"不只儿"。金元之际有三个李全，修史者考辨不细，以致出现"事误"、"字误"的现象（见《十驾斋养新录》卷9《元史》、《太祖纪》、《不只儿即布智儿》、《李全事误》、《李全字误》诸条）。本证法的关键，是在抓住史书本身的自相矛盾。钱大昕运用这一方法十分娴熟，对元史考订产生了重大影响。汪辉祖《元史本证》中，凡标明"《考异》云"的地方，均是采用钱大昕《元史考异》的成果。