第三，用金石碑传，考订元史，其文其事，均信而有征。如：《元史·太祖纪》云："十年（乙亥）四月诏张鲸总北京十提控兵，从南征、鲸谋叛伏诛，鲸弟致遂据锦州，僭号汉兴皇帝。"钱大昕《考异》卷86云："案《史进道神道碑》，丙子，锦州渠帅张致叛，丁丑，从王提大军攻拔之，张致伏诛，此纪书致叛于乙亥，讨平于丙子，皆差一年。盖沿元明善所撰《木华黎世家》之误，当以碑为据。《史枢传》，父天安，丁丑从讨叛人张致，平之。正与碑合。"这种以碑证史，又以史证碑的方法，开创了文物与文献互证的新途径。在《十驾斋养新录》卷9《刘敏传》条中，他说："刘敏，字有功，宣德青鲁人。按元好问《大丞相刘氏先茔神道碑》云：世居宣德县北乡之青鲁里。青鲁非县名，当删。碑称字德柔。以小字某行，岂有功其小字欤，抑以赐名玉出干为小字欤？"他在以碑证史时，能下结论的则下结论，未能遽下断语的，则仅作猜测以存疑。这正是钱大昕治学的严谨之外。
    第四，努力学习蒙古语言文字，注意发掘运用蒙古史料。钱大昕深知语言文字是治史的重要工具，除了精通汉文外，他还通蒙古文。昭梿《啸亭杂录》卷7 《钱辛楣之博》条云："近时考据之儒，以公为巨擘焉。又习蒙古语言，故考核金、元诸史及外藩诸地名，非他儒之所易及者。"在《潜研堂金石文跋尾》卷19的元碑《皇太后懿旨碑碑阴跋》中，钱大蝗记录了他识读该碑碑阴蒙古文书的经过。他还指出："碑阴有额，乃蒙古篆文。蒙古字创于帝师八思巴，其篆文未审何人所制。"在《养新录》卷9《蒙古语》条中，他记录了元人以本国语命名，或取颜色，或取数目，或取珍宝，或取形相，或取吉祥，或取物类，或取部族，亦有以畏吾语命名及以俗语命名等现象。对蒙古族早期的重要历史文献《元朝秘史》，钱大昕极为重视。在《潜研堂文集》卷28，《跋元秘史》一文中，他说："元太祖创业之主也，而史述其事迹最疏舛，惟《秘史》叙次颇得其实，而其文俚鄙，未经词人泽润，故知者鲜，良可惜也。"他认为："论次太祖，太宗两朝事迹者，必于此书折其衷与。"钱大昕最初看到的《元朝秘史》，是从《永乐大典》中抄出的15卷本。后来，他又看到了12卷本的抄本。在《廿二史考异》中，钱大昕对这部书屡加引用，终于引起了清代学者对此书的重视，有力地推动了元史的研究。
    第五，在深入研究的基础上，钱大昕打算私家重修元史，且已完成了部分稿子。钱氏的《元史稿》今已失传，仅留下了《元史氏族表》1卷及《补元史艺文志》4卷。《元史氏族表》从乾隆十八年（1753年）七月起稿，到四十五年（1780年）五月完成，前后近三十年。该表体例仿《新唐书·宰相世系表》，汇集元代世系可考的家族而作。取材除正史、杂史外，兼采文集、题名录、碑刻等多种史料，凡蒙古、色目有族姓可考的，皆顺序胪列。似异而实同的，加以归并；似同而实异的，则加以厘正；同一族姓之下，每支按世系分列成表，使读者一目了然。钱大昕认为："元之蒙古、色目人，命名多溷，非以氏族晰之，读者茫乎莫辨，几如瞽者之无相，往往废书而叹矣。故此表尤为是史不可少之子目。"（见《元史氏族表》黄钟跋）。《补元史艺文志》采用经、史、子、集四部分类法，每部各为一卷，其中再分子目。在序中，钱大昕对元朝的图籍收藏情况作了概括性的叙述。他说："元起溯漠，未遑文事，太宗八年（1236年）始用耶律楚材言，立经籍所于平阳（今山西临汾）编集经史。世祖至元四年（1267年）徙置京师，改名宏文院。九年（1272年）置秘书监，掌历代图籍并阴阳禁书。及大兵南伐，命焦友直括宋秘书省禁书图籍。伯颜入临安（今浙江杭州），遣郎中孟祺籍宋秘书省、国子监、国史院、学士院图书，由海道舟运至大都。秘书所藏，彬彬可观矣。"元代刻书很多，各地纷纷呈进，成为"一时嘉话。"可惜至正年间，"儒臣撰《秘书监志》，仅记先后送库若干部、若干册，而不列书名。明初修史，又不列艺文之科，遂使石渠东观所储，漫无稽考。兹但取当时文士撰述，录其都目，以补前史之缺，而辽金作者，亦附见焉。"钱大昕的《补元史艺文志》，不仅有功于元史研究，而且推动了清代学者对辽、金、元三史艺文志的补作。
    赵翼对元史的研究，虽不如钱大昕精审，但他善于用归纳的方法，抓细重大问题作札记，所言往往切中要害。如：《廿二史札记》卷29，《金元二史不符处》、《宋元二史不符处》、《元史自相歧互处》、《元史人名不画一》诸条，均揭示了《元史》的疵病，反映了《元史》修撰中的问题。卷30之《元世祖嗜利黩武》、《元初诸将多掠人为私户》等条，说明了元代重要的社会政治问题。《元制百官皆蒙古人为之长》条，揭示了元代的种族歧视，指出有元一代，非蒙古人而为丞相者，除契丹人耶律楚材、回回人哈散外，"汉人止史天泽、贺惟一耳。"《色目人随便居住》条与《陔余丛考》卷18《元制蒙古色目人随便居住》条，文字略有异同，均反映了当时民族迁徙及互相联姻的史实。讨论史法与史实并重，是赵翼《廿二史札记》的特点。在元史研究方面，《札记》卷29重点讨论史法，卷30重点讨论史实，同样反映了这种特点。
    清代前期学者对元史的考订与补作，虽然取得了不少成绩，但总的说来，是以微观研究为主，以考证见长。至于宏观研究，总揽全局，重新改作，则还有待于后人的继续努力。